白菜PLD基因家族全基因组鉴定及对高温胁迫的响应

论文摘要

膜磷脂是产生胞内信号信使的重要来源,磷脂酶Ds（phospholipase D,PLDs）可以催化磷脂产生信号分子磷脂酸（phosphatidic acid, PA）,从而响应不同胁迫信号。该研究利用生物信息学方法对白菜PLD基因家族的基因成员进行鉴定及结构域分析,并采用qRT-PCR方法对不结球白菜的18个BrPLD基因的表达进行分析,以探讨不结球白菜的BrPLD基因家族对高温胁迫的响应机制。结果表明:（1）共鉴定到18个白菜PLD基因家族成员,其中有2个成员（BrPLD03和BrPLD09）的C2结构域被替换为PH/PX结构域,另有1个基因（BrPLD12）缺少了其N末端保守结构域,由信号肽代替。（2）根据编码蛋白结构域的不同,18个BrPLD基因分为3个亚类,分别为15个C2-BrPLD、2个PH/PX-BrPLD和1个SP-BrPLD;氨基酸理化性质分析发现,该基因家族编码蛋白多半为酸性蛋白;18个基因分布在除4号和7号之外的8条染色体,且呈现不均匀分布,并发现了BrPLDs蛋白Ca2+配位碱基的缺失。（3）qRT-PCR检测发现,高温处理下不结球白菜的BrPLD基因的表达量发生明显变化,各基因在耐热和热敏品种中的表达具有差异。（4）对BrPLD基因家族不同功能顺式响应元件的预测发现,所有家族基因含有光应答有关的作用元件,9个基因含有与低温有关的顺式元件,10个基因含有调控干旱相关元件,18个基因均未预测到热胁迫相关顺式响应元件。

论文目录

• 1 材料和方法
•   1.1 试验材料
•   1.2 方 法
•     1.2.1 BrPLDs基因家族的筛选和鉴定
•     1.2.2 BrPLDs基因序列分析
•     1.2.3 总RNA的提取和cDNA合成
•     1.2.4 BrPLDs表达分析
• 2 结果与分析
•   2.1 白菜PLDs基因家族的鉴定
•   2.2 BrPLDs聚类分析
•   2.3 BrPLDs氨基酸序列Ca2+配位残基的缺失
•   2.4 BrPLDs亚细胞定位以及理化性质分析
•   2.5 BrPLDs基因染色体定位及复制
•   2.6 BrPLDs对高温胁迫的响应
•   2.7 BrPLD基因的顺式作用元件
• 3 讨 论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 张艺思,刘高峰,刘路平,侯喜林

关键词: 白菜,基因家族,生物信息,高温胁迫

来源: 西北植物学报 2019年08期

年度: 2019

分类: 基础科学,农业科技

专业: 生物学,园艺

单位: 南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室农业部华东地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室

基金: 国家现代农业产业技术体系项目(CARS-23-A-06)

分类号: Q943.2;S634

页码: 1361-1370

总页数: 10

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