导读:本文包含了基因芯片分析论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:法洛四联症,microRNA,基因芯片,microRNA靶点预测
基因芯片分析论文文献综述
朱雨捷,朱湘玉,顾雷雷,张颖,倪梦瑶[1]（2019）在《法洛四联症microRNA差异表达谱与临床胎儿基因芯片结果的功能及通路分析》一文中研究指出目的对法洛四联症胎儿组织差异microRNAs(miRNAs)表达谱进行生物信息学分析,并和我院临床胎儿基因芯片结果进行比对,以期从整体水平揭示miRNAs在法洛四联症中的作用。方法我们从GeneExpressionOmnibus(GEO)数据库上搜索法洛四联症相关的miRNA数据集(GSE35490),并基于R语言limma包筛选特异性miRNAs(P值<0.05,|log2Fold Change(FC)|值>1),利用计算方法预测这些miRNAs作用的靶基因与我院27例法洛四联症胎儿的基因芯片数据进行比较取靶基因交集,将这些靶点在通路数据库中进行富集统计分析。结果数据集筛选出29个差异的miRNAs,和基因芯片的交集筛选出2841个靶基因,最终富集出可能和法洛四联症相关的20条GO功能和11条反应通路。结论法洛四联症是一个复杂疾病,尽管不同的miRNA功能和作用机制不同,在通路层次上我们可以系统地注解它们的功能和作用。(本文来源于《中国优生与遗传杂志》期刊2019年11期）
童也,武振方,王宇翔,徐海栋[2]（2019）在《类风湿关节炎滑膜巨噬细胞基因芯片分析》一文中研究指出目的:寻找并分析类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的关键基因,从而更好地理解RA的潜在发病机制。方法:采用表达谱的综合分析方法鉴定RA滑膜液巨噬细胞中差异表达基因(differential expression genes,DEGs)。利用功能注释、蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络构建以及寻找核心基因,探讨DEGs在RA中的潜在生物学作用。在GSE17755数据集中对鉴定的DEGs在RA外周血中的mRNA表达水平进行验证。结果:与对照组相比,RA患者滑膜液巨噬细胞中共找出489个DEGs,其中上调基因359个,下调基因130个。DEGs在炎症反应调节、趋化因子受体结合、肿瘤坏死因子信号通路等方面均有较显着的富集。STAT1、CXCL10、FPR2、ITGAM、PPBP、IRF7、CCL5、OASL、OAS3、IRF1是DEGs的PPI网络中的核心基因。在GSE17755数据集中检测除FPR2之外的9个核心基因的mRNA表达情况,结果表明,与正常人相比,RA患者外周血细胞中STAT1、PPBP、OASL的表达水平明显上调,ITGAM、IRF7、CCL5、IRF1有下调的趋势。结论:STAT1与OASL等基因在RA疾病中可能发挥重要作用。(本文来源于《江苏大学学报(医学版)》期刊2019年05期）
刘莹[3]（2019）在《基因芯片法与常规检测法在食源性疾病中的应用对比分析》一文中研究指出目的对比分析基因芯片法与常规检测法在食源性疾病中的应用效果。方法收集2016年4月到2018年8月收治的诊断为食源性疾病的患者98例为研究对象,收集患者的新鲜粪便,根据检测方法不同分为对照组与观察组,观察组应用基因芯片法进行病原菌的检测,对照组则应用常规培养法进行病原菌的检测。,观察比较两组的病原菌检测阳性率和检测时间等相关指标。结果在98例患者中,观察组采用基因芯片法检测出病原菌58例(副溶血弧菌9例,痢疾杆菌32例,沙门菌10例,大肠埃希菌2例,金黄色葡萄球菌5例),病原菌检出率为58.2%。对照组采用常规培养法检测出病原菌32例(副溶血弧菌5例,痢疾杆菌19例,沙门菌4例,金黄色葡萄球菌4例),病原菌检出率为32.7%。基因芯片法和培养法对病原菌、痢疾杆菌的检出率差异存在统计学意义(P<0.05)。观察组采用基因芯片法用于食源性疾病患者的病原菌检测时间明显短于常规培养法,差异有统计学意义(P<0.05)。结论基因芯片技术能够快速检出食源性疾病病原菌,可以替代常规培养法对病原菌进行检测,在食源性疾病的早期诊断和治疗中具有重要的临床价值。(本文来源于《食品安全质量检测学报》期刊2019年19期）
林颖,周枫,黄利芬,张群慧,王兴君[4]（2019）在《十五项耳聋基因芯片联合一代测序检测聋儿家庭的致聋变异分析》一文中研究指出目的应用十五项耳聋基因芯片联合一代测序技术对非综合征型耳聋家庭易感基因进行检测,揭示常见的耳聋分子病因构成,并验证基因芯片技术的准确性及有效性。方法对广州市两个特殊听障机构的80组聋儿家庭(共241例)进行病史采集、听力评估,应用十五项耳聋基因芯片技术进行GJB2(c.35delG,c.176del16bp,c.235delC及c.299_300delAT),GJB3(c.538C>T),SLC26A4(c.919-2A>G,c.2168A>G,c.1229C>T,c.1975G>C,c.1174A>T,c.1226G>A,c.2027T>A和c.IVS15+5G>A)和MT-RNR1 (m.1555A>G,m.1494C>T)的检测,并用Sanger法对变异阳性家庭进行序列测定。结果在80组聋儿家庭中,基因芯片检测出GJB2及SLC26A4基因变异共62例,总检出率为25.73%(62/241),GJB2 c.235delC(34/62)与SLC26A4 c.919-2A>G(16/62)热点变异居多。Sanger法测序结果显示:携带GJB2及SLC26A4基因共73例,总检出率为30.30%(73/241),其中GJB2 49例,SLC26A4 24例;基因芯片检测出的基因变异经一代测序验证,符合率达100%;除基因芯片包含的位点外,还检测出部分GJB2 c.109G>A、c.79G>A、c.341A>G变异,及SLC26A4 c.259G>T、c.754T>C变异。结论十五项耳聋基因芯片联合一代测序技术可以提高非综合征型耳聋的变异检出率,此基因芯片准确率高,适合快速、大规模检测;广州市此特殊听障机构的耳聋相关基因热点变异仍以GJB2 c.235delC与SLC26A4 c.919-2A>G最常见。(本文来源于《中华耳科学杂志》期刊2019年05期）
李喆,谭晓虹,王明月,孙洁,柯晴[5]（2019）在《非特指型外周T细胞淋巴瘤基因芯片表达谱GEO数据库挖掘分析》一文中研究指出目的由于低发生率和异质性,非特指型外周T细胞淋巴瘤(PTCL-not otherwise specified,PTCL-NOS)在生物活动过程中很多方面仍然是未知的。本研究基于基因芯片数据采用生物信息学方法,挖掘PTCL-NOS的差异基因和相关信号通路,为进一步研究提供线索。方法从基因表达(gene expression omnibus,GEO)数据库获得2个数据集(GSE6338、GSE58445),采用基因本体论对差异基因进行功能分析。通过蛋白互作网络构建关键基因功能模块,进行京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。采用Kaplan-Meier生存曲线和Log-rank test法对关键差异基因和临床资料进行生存分析。结果查找出1 058个差异基因,其中上调基因756个,下调基因302个。KEGG通路分析显示,PTCL-NOS与趋化因子、NF-κB、PI3K-Akt、RAS以及细胞周期通路相关,关键差异基因有CDK1、CCNB1、CXCR4、CDC20、CCR1和CXCL12。生存分析显示,CXCL12与总生存率(overall survival,OS)有统计学意义的关联,P=0.018。结论 PTCL-NOS的发病机制可能涉及不同基因和通路,查找出的6个差异基因和5条信号通路可能在其中发挥重要作用。(本文来源于《中华肿瘤防治杂志》期刊2019年19期）
袁发浒,胡松,黄丽霞,黄念芳,宋文剑[6]（2019）在《基于基因芯片的TNF-α诱导骨关节炎细胞模型生物信息学分析》一文中研究指出目的骨关节炎(osteoarthritis,OA)是最常见的退行性慢性关节疾病,然而其具体的基因机制至今尚不完全清楚,通过基因芯片检测OA细胞模型的基因表达谱变化,为深入研究OA发病机制提供更多生物学依据。方法胰酶结合胶原酶分离获得小鼠原代软骨细胞,以50 ng/mL的肿瘤坏死因子α(TNF-α)孵育原代软骨细胞24 h制备OA细胞模型。收获细胞提取总RNA用于基因芯片检测,以表达差异倍数(fold change,FC)>2且P<0.01为条件筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),利用生物信息学软件对差异表达结果进行基因功能分类体系(gene ontology,GO)、KEGG通路注释分析。结果原代软骨细胞经TNF-α处理后,共筛选获得8096个表达上调DEG和6413个表达下调DEG,其中有诸如基质金属蛋白酶、炎性因子、基因凋亡及成骨相关基因等已知的OA相关的差异表达基因。此外,还有Olfml1等olfactomedin超家族成员、Nf1等未见报道的与OA相关的基因,尤其发现大量细胞色素超家族成员基因的异常表达,提示线粒体相关功能基因及信号途径可能与OA进程有重要关联。结论项目从转录组水平整体分析了TNF-α诱导的OA软骨细胞模型基因表达谱变化,为进一步深入探究OA发病机制提供了新思路。(本文来源于《中国比较医学杂志》期刊2019年07期）
潘云,张莉超,高基民[7]（2019）在《基因芯片(CMA)联合核型分析在宁波地区高危孕妇产前诊断中的应用》一文中研究指出目的比较两种染色体分析技术对于同一样本异常染色体出现的频率、种类及主要产前指征的检出率和各自的优劣势。方法对353例符合侵入诊断指征的19-23w孕妇行羊水穿刺,同时进行染色体核型分析和基因芯片分析。结果在353例羊水标本中,核型分析检出30例异常核型,异常率为8.5%,基因芯片检出50例异常核型,异常率为14.2%,二者综合检出62例异常,异常率为17.6%结论两种染色体分析方法联用既能对异常核型互为验证,又能互相补充不同种类的异常核型,极大地提高了产前诊断的异常核型检出率,对减少遗传缺陷患儿的出生具有重大的社会效益。(本文来源于《中国优生与遗传杂志》期刊2019年06期）
魏佳,高嘉雪,王瑶琪,王振新,孟宪瑛[8]（2019）在《基于基因芯片的荧光分析方法在甲状腺乳头状癌相关BRAFV600E突变高灵敏及特异性检测中的应用》一文中研究指出研发了一种基于DNA芯片(DNA microarray)的荧光分析方法,并将其用于检测甲状腺乳头癌相关的BRAFV600突变。本方法采用叁链杂交体系,首先将单链DNA(ssDNA)捕获探针固定在微阵列芯片基底上,制备DNA芯片;以其为反应平台,加入ssDNA目标物与ssDNA捕获探针进行杂交;最后加入荧光分子Cy5的修饰ssDNA标记ssDNA目标物,检测荧光信号。在优化的实验条件下,本方法对BRAFV600E突变型ssDNA目标物的检测灵敏度达到亚纳摩尔级(0.25 nmol/L),且具有3个数量级的线性范围,并能够从突变型ssDNA目标物和野生型ssDNA目标物的混合物中区分出低至0.1%的BRAFV600E突变型ssDNA目标物。利用本方法对15例临床甲状腺组织样本的BRAFV600E突变水平进行了分析,实验结果与常规Sanger测序法检测结果一致,表明本方法具有良好的实用性。(本文来源于《分析化学》期刊2019年06期）
秦松林,周洋,胡威,刘伯龙,唐正[9]（2019）在《膀胱癌基因芯片生物信息分析及功能探讨》一文中研究指出目的从分子水平探讨膀胱癌的发病机制,为临床诊断及预后评估提供新思路。方法从基因芯片数据库中下载人膀胱癌的相关基因芯片数据GSE31189(包括52例尿路上皮癌和40例正常膀胱组织),使用Morpheus(software.broadinstitute.org/morpheus/)在线工具分析癌症尿路上皮组织和正常尿路上皮组织的差异表达基因,然后使用生物技术信息基因云(GCBI,https://www.GCBI.com.cn)在线分析系统进行差异表达基因信号通路富集以及差异基因之间相互作用的分析,最后选择差异基因通过细胞计数试剂盒8(CCK-8)、侵袭实验和免疫印迹法初步验证其功能。结果按q值进行排序并筛选出差异最大的前20个基因,其中膀胱癌中上调基因18个,下调基因2个。基因分类(GO)分析发现,这些差异基因主要集中在炎症反应、免疫反应,负调控凋亡过程,来自RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录负调控等多个生物学功能。信息通路(Pathway)分析结果显示,这些差异基因主要参与癌症中转录失调、代谢途径、核因子(NF)-κB信号通路等生物学过程。基因网络分析发现,CXC趋化因子受体4(CXCR4)、丝裂原活化蛋白激酶10(MAPK10)是这些基因网络的中心环节。初步体外实验表明,基质金属蛋白酶12(MMP-12)下调后,膀胱癌细胞的增殖明显减少,侵袭能力下降,细胞外调节蛋白激酶(ERK)磷酸化水平下降。结论通过多重生物信息学分析可以找出膀胱肿瘤中关键基因,CXCR4、MAPK10是膀胱基因网络中的关键环节,MMP-12在膀胱癌细胞中高表达,下调MMP-12可抑制膀胱癌细胞增殖和侵袭,它可能通过ERK途径发挥其生物学功能。(本文来源于《解剖学报》期刊2019年03期）
周玉侠,王菊,牛婷婷[10]（2019）在《不同产前诊断指征孕妇羊水细胞基因芯片结果分析》一文中研究指出目的探讨基因芯片在不同产前诊断指征中的应用价值。方法选择226例不同产前诊断指征孕中期孕妇羊水标本,提取DNA,进行基因芯片检测。结果 226例羊水细胞羊膜腔穿刺术成功率100%,基因芯片技术检测成功率100%。不同产前诊断指征异常检出率及阳性诊断率有差异,其中NIPT高风险异常检出率较高(34.5%),产前筛查高风险异常检出率较低(14.5%)。同时本研究发现阳性诊断率为8.8%,其中NIPT高风险阳性诊断率最高(31%),超声异常阳性诊断率为10%,产前筛查高风险阳性诊断率较低(1.4%)。结论正确把握产前诊断指征,恰当运用基因芯片技术,可提高胎儿染色体异常检出率,避免染色体病患儿出生。(本文来源于《中国优生与遗传杂志》期刊2019年05期）
基因芯片分析论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的:寻找并分析类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的关键基因,从而更好地理解RA的潜在发病机制。方法:采用表达谱的综合分析方法鉴定RA滑膜液巨噬细胞中差异表达基因(differential expression genes,DEGs)。利用功能注释、蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络构建以及寻找核心基因,探讨DEGs在RA中的潜在生物学作用。在GSE17755数据集中对鉴定的DEGs在RA外周血中的mRNA表达水平进行验证。结果:与对照组相比,RA患者滑膜液巨噬细胞中共找出489个DEGs,其中上调基因359个,下调基因130个。DEGs在炎症反应调节、趋化因子受体结合、肿瘤坏死因子信号通路等方面均有较显着的富集。STAT1、CXCL10、FPR2、ITGAM、PPBP、IRF7、CCL5、OASL、OAS3、IRF1是DEGs的PPI网络中的核心基因。在GSE17755数据集中检测除FPR2之外的9个核心基因的mRNA表达情况,结果表明,与正常人相比,RA患者外周血细胞中STAT1、PPBP、OASL的表达水平明显上调,ITGAM、IRF7、CCL5、IRF1有下调的趋势。结论:STAT1与OASL等基因在RA疾病中可能发挥重要作用。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
基因芯片分析论文参考文献
[1].朱雨捷,朱湘玉,顾雷雷,张颖,倪梦瑶.法洛四联症microRNA差异表达谱与临床胎儿基因芯片结果的功能及通路分析[J].中国优生与遗传杂志.2019
[2].童也,武振方,王宇翔,徐海栋.类风湿关节炎滑膜巨噬细胞基因芯片分析[J].江苏大学学报(医学版).2019
[3].刘莹.基因芯片法与常规检测法在食源性疾病中的应用对比分析[J].食品安全质量检测学报.2019
[4].林颖,周枫,黄利芬,张群慧,王兴君.十五项耳聋基因芯片联合一代测序检测聋儿家庭的致聋变异分析[J].中华耳科学杂志.2019
[5].李喆,谭晓虹,王明月,孙洁,柯晴.非特指型外周T细胞淋巴瘤基因芯片表达谱GEO数据库挖掘分析[J].中华肿瘤防治杂志.2019
[6].袁发浒,胡松,黄丽霞,黄念芳,宋文剑.基于基因芯片的TNF-α诱导骨关节炎细胞模型生物信息学分析[J].中国比较医学杂志.2019
[7].潘云,张莉超,高基民.基因芯片(CMA)联合核型分析在宁波地区高危孕妇产前诊断中的应用[J].中国优生与遗传杂志.2019
[8].魏佳,高嘉雪,王瑶琪,王振新,孟宪瑛.基于基因芯片的荧光分析方法在甲状腺乳头状癌相关BRAFV600E突变高灵敏及特异性检测中的应用[J].分析化学.2019
[9].秦松林,周洋,胡威,刘伯龙,唐正.膀胱癌基因芯片生物信息分析及功能探讨[J].解剖学报.2019
[10].周玉侠,王菊,牛婷婷.不同产前诊断指征孕妇羊水细胞基因芯片结果分析[J].中国优生与遗传杂志.2019
标签：法洛四联症; microRNA; 基因芯片; microRNA靶点预测;