导读:本文包含了分子数据论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:转录,分子,数据,玻色子,核仁,引物,线粒体。
分子数据论文文献综述
周志军,李秀敏[1]（2019）在《以提升研究生数据分析能力为目标导向的《分子进化生物学》教学改革》一文中研究指出研究生教育的核心就是研究方法的传授、研究能力的培养。主要介绍了在分子进化生物学课程教学过程中,引导学生将一些前沿研究案例的数据分析过程进行复盘,以激发其学习兴趣,拓宽学术视野,快速提升数据分析能力的思路和做法。实践证明,该方法不仅能够加快科研成果向教学内容转化,学生的数据分析能力提升以后,还可促进本专业科研水平的提高,真正做到科研与教学相互促进,共同发展。在今后的教学过程中具有一定的推广价值。(本文来源于《高教学刊》期刊2019年21期）
王月,王鹏斐,袁冬,刘嘉[2]（2019）在《557例牙周炎组织转录组数据中组织蛋白酶S表达的分子及临床特征》一文中研究指出目的:探究组织蛋白酶S(CTSS)在牙周炎中的作用。方法:从GSE10334获得90例牙周炎患者的转录组数据,从GSE16134获得120例患者的转录组数据,观察牙周炎组织中CTSS的m RNA水平及免疫细胞浸润情况。用CIBERSORT方法检测牙龈组织中的免疫细胞浸润情况,R package、SPSS22.0和GraphPad Prism 5用于统计分析和图形表示。结果:牙周炎患者感染部位的CTSS转录水平明显高于未感染部位。通过全面的生物信息学分析,发现CTSS在牙周炎免疫反应中起到关键作用。在牙周炎感染的牙龈组织中,浆细胞、记忆B细胞、M2巨噬细胞、静息CD4记忆T细胞和静息肥大细胞是最丰富的细胞。此外,CTSS与免疫细胞浸润,特别是浆细胞、中性粒细胞和活化树突状细胞显着正相关。结论:牙周炎患者感染的牙龈组织中CTSS表达水平显着升高,CTSS表达水平与牙周炎患者的局部免疫应答和免疫细胞浸润密切相关,提示CTSS可作为牙周炎诊断和治疗的新靶点。(本文来源于《2019年中华口腔医学会老年口腔医学专业委员会第十四次全国老年口腔医学学术年会论文汇编》期刊2019-10-15）
张洪源,刘光辉,王洋,刘悦,白丽[3]（2019）在《基于数据挖掘和整合药理学对中药桃仁治疗冠心病的分子机制探讨》一文中研究指出目前,中医药研究普遍存在整体与局部、宏观与微观、体内过程与活性评价脱节,建立能反映中医药整体特色的研究新策略和新方法,成为中医药现代化的当务之急。基于整合药理学视角,探索桃仁治疗冠状动脉粥样硬化性心脏病(Coronary atherosclerotic heart disease,CHD)的作用机制。测得3个桃仁所含活性化合物成分,通过网络药理学分析模块,以"节点连接度"的2倍中位数为卡值,选取中药靶标-疾病基因互作网络的核心节点;在此基础上,计算"节点连接度""节点紧密度"和"节点介度"等3个拓扑结构特征值,从而筛选出桃仁治疗CHD的核心靶标,膜联蛋白A2;基于基因本体数据库GO和KEGG通路数据库,确定药物靶标基因所编码蛋白质的分子功能、细胞内定位及其所参与的生物学反应和通路。结合富集计算,预测桃仁治疗CHD可能通过内分泌系统、免疫系统、循环系统、信号转导、催乳素信号通路、能量代谢、催乳素信号通路等发挥作用。结论与现有研究结果有一定呼应,探索出的新靶点、新通路,也可为桃仁治疗CHD进一步验证性研究提供理论依据。(本文来源于《中华中医药学刊》期刊2019年08期）
聂国兴,汪曦,周传江,孟晓林,张建新[4]（2019）在《基于形态学和分子系统学数据分析河南省鱼类新纪录种—北鳅》一文中研究指出2016年4月至2017年10月,河南省鱼类资源调查队在河南省鱼类资源普查时,分别在林州、辉县、汝州等地采集到14尾鲤形目条鳅亚科鱼类,综合采用传统形态学结合分子系统学方法确定其为北鳅Lefua costata,为河南省新纪录种,标本保存于河南师范大学水产学院鱼类标本室.对该鱼的主要形态鉴定特征、分布区域、生存环境及生活习性等方面做了初步分析.该鱼在我国内蒙古、辽河、黑龙江水系、河北、山东济南等地均有相关记录.此次河南省境内采集到北鳅,扩大了该鱼在我国分布范围,也为后续基础研究提供了重要依据.(本文来源于《河南师范大学学报(自然科学版)》期刊2019年05期）
黎东海,赵萍[5]（2019）在《基于转录组数据的齿缘刺猎蝽微卫星分子标记开发》一文中研究指出【目的】齿缘刺猎蝽Sclomina erinacea是我国猎蝽科天敌昆虫常见种类,其不同地理种群存在明显形态差异。本研究旨在利用已经获得的齿缘刺猎蝽转录组数据筛选微卫星位点,为齿缘刺猎蝽种群遗传多样性和遗传分化研究开发可靠的微卫星分子标记。【方法】基于高通量测序技术平台Illumina HiSeq~(TM) 2000获得齿缘刺猎蝽转录组数据(42 215条unigenes),利用MISA软件进行搜索发掘SSR标记;利用Primer Premier 3软件设计SSR引物,从中随机选取54对SSR引物,利用PCR技术在中国齿缘刺猎蝽9个地理种群上进行验证。【结果】利用MISA软件搜索到微卫星位点2 395个,它们分布在2 107条unigenes上,其主要重复类型是叁核苷酸重复(占总SSR的44.43%),其次是二核苷酸重复(占总SSR的40.08%),再次是四核苷酸重复(占总SSR的12.94%)。利用Primer Premier 3软件成功设计出2 000余对SSR引物。随机选取的54对引物对9个齿缘刺猎蝽不同地理种群进行的SSR位点PCR扩增结果表明,共有16对引物较好地扩增出目的片段。【结论】研究表明利用齿缘刺猎蝽转录组数据可以大量发掘微卫星分子标记。本研究为进一步开展齿缘刺猎蝽的种群遗传学研究奠定了基础。(本文来源于《昆虫学报》期刊2019年06期）
季莉丽[6]（2019）在《基于形态和分子数据的不同飞翔能力蝗虫的比较研究与适应进化》一文中研究指出本文使用显微CT对8科52种蝗虫进行了拍摄,得到雌雄共95个个体的叁维立体图像,通过图像测得所有蝗虫的翅长、体长、总体积、中胸背纵肌体积以及后足股节的体积,并对它们进行了比较分析。同时联合了Genebank上80种蝗虫以及本研究自测序1种蝗虫的线粒体DNA数据,初步探讨了蝗虫在飞行能力上的适应进化。所获得的结论如下:1.蝗虫体内与飞行能力相关的最大的肌肉是中胸背纵肌,独立存在于胸部正中央,它的发达程度,决定了蝗虫震动翅的能力,即是否在空中有通过运动上升高度的能力。无翅和翅侧置两种翅退化严重,明显不具有飞行能力的蝗虫,都不具有中胸背纵肌;而具有飞行能力的蝗虫大部分都有中胸背纵肌。中胸背纵肌最发达的蝗虫是癞蝗科的宽纹蠢蝗,其体积占总体积的1.78%。2.以后足股节与体积比代表跳跃能力的发达程度,拍摄立体图像的蝗虫中后足股节占总体积的比例在2.1%-19.6%之间。将蝗虫分为具有中胸背纵肌和不具有中胸背纵肌两组,两组蝗虫相对翅长有明显差距,后足股节的体积比差距不大,证明跳跃能力与飞行能力不直接相关。3.将所有雌虫与雄虫的数据进行比较,得知雌性相对翅长较短,有几种蝗虫雄性是长翅,雌性就变成了短翅。但肌肉发达程度明显较雄性偏高。4.通过30种已拍摄3D图像的蝗虫线粒体DNA的13种编码蛋白进行的Ka/Ks分析,以30种蝗虫分为无中胸背纵肌/有中胸背纵肌、后足股节发达/后足股节不发达两种组合比较,得知两种组合皆是运动能力不发达一方Ks值较高,证明运动能力弱的一方种群分布范围较小,拥有更多的遗传漂变所以同义突变率较高。5.通过Ks,Ka与Ka/Ks叁者综合分析,得知影响飞行能力的基因为nd4l与nd6,其中nd6基因的Ka/Ks值与中胸背纵肌的体积接近显着负相关,即随着体积上升,nd6的Ka/Ks值下降。同时影响后足股节发达程度的基因有nd2,nd4,nd4l与nd6,只有nd4l与nd6与后足股节的发达程度呈接近显着或者显着的负相关。说明nd4l与nd6两种基因与蝗虫的运动功能极其相关。6.将80种已有线粒体DNA数据的蝗虫以是否具有飞行能力分为两组比较,两组蝗虫的线粒体基因组全长存在显着差异,不具飞行能力组为14977bp-15932bp,具飞行能力组是15443-16259bp,具体到每一部分分析,可知在蛋白编码区、tRNA、rRNA的全长和AT所占比率比较稳定,没有显着差异。而AT富含区无论是长度还是AT含量都具有显着的差异。不具飞行能力组的AT富含区平均长度短于具有飞行能力组,且具有较少的AT含量。7.计算80种蝗虫每一种蝗虫13个蛋白编码基因各自的Ka,Ks值进行比较,不具飞行能力组与具有飞行能力组相比,nd2、atp8、cox3、nd3、nd5、nd4和nd1这7种基因的Ka/Ks值较低,cox2、nd4l与nd6这3种基因的Ka/Ks值较高。其结果与30种蝗虫的Ka/Ks分析一致,是nd4l与nd6这两个基因进化速率的区别主要由Ka的区别决定,说明在自然突变率相等的情况下,nd4l与nd6在不具飞行能力组保存了更多的突变。(本文来源于《河北大学》期刊2019-06-01）
宋欣雨[7]（2019）在《基于组学大数据的药物重定位预测和癌症共识分子亚型辨识》一文中研究指出随着基因测序、高通量基因芯片和低成本转录组等技术的快速发展,积累了大量的有关药物扰动、基因沉默和癌症的多组学数据(基因组、转录组、蛋白质组以及代谢组等),这些海量数据不仅深刻影响了生物学基础研究,也为药物重定位、癌症分子分型等应用研究的发展提供了重要机遇。此外,近年来机器学习特别是深度学习技术的飞速发展,深度学习在计算机视觉、语音识别和自然语言处理等方面得到了成功应用。药物大数据和深度学习的结合将为包括药物研发在内的生物医学各领域提供新的发展机遇。本研究的主要内容包括两部分:一是基于转录组大数据和深度学习的药物重定位预测,二是基于多组学数据融合的癌症共识分子亚型辨识的Web计算实现。在第一部分研究中,本文基于LINCS计划中药物刺激下细胞反应的转录组大数据构建了不同治疗属性的药物诱导的基因共表达网络,对这些网络进行拓扑性质和生物学功能分析发现存在一个核心的基因共表达网络DGCN。DGCN基因的共表达关联关系可以用于探究药物诱导下的基因表达模式,从而帮助研究者更深刻地理解药物的作用机制。接下来,利用LINCS计划中L1000数据集的药物扰动和基因沉默的转录组大数据和深度学习构建深度神经网络DNN模型,系统地进行药物-靶标关联关系预测。通过交叉验证发现DNN模型比其它预测算法的准确率更高,而且预测的药物-靶标关联关系显着富集在其它相关数据库。在第二部分研究中,本文利用TCGA、ICGC和TARGET国际大型计划的癌症多组学数据和多个聚类算法搭建了癌症共识分子亚型辨识Web计算工具COMSUC。COMSUC弥补了数据来源自于不同的测序平台、预处理过程和聚类方法等不同导致的分子亚型不一致的缺陷。COMSUC实现了多种应用场景、多种聚类算法,能够展示和输出发表级别的分析结果。以辨识肾上腺皮质癌ACC的共识分子亚型为案例,展现了COMSUC在癌症共识分子亚型辨识方面的实用性。本研究展示了转录组及多组学数据融合的计算分析在药物重定位预测和癌症共识分子亚型辨识方面的应用。本文的主要创新点主要包含以下叁个方面:第一,构建了药物诱导的基因共表达网络,该网络有助于研究人员更加深入理解药物的作用机制。第二,将深度学习方法引入到药物重定位领域,提高药物-靶标关联关系预测的准确率。第叁,搭建了包含多个组学数据和多个聚类方法的癌症共识分子亚型Web计算工具,该工具能够融合多个组学和多个聚类方法产生的不一致聚类结果,从而发现一致的癌症共识分子亚型和相关的诊断生物标志物,有助于做出针对性的医疗诊断。(本文来源于《军事科学院》期刊2019-05-31）
吾热卡西·艾麦提[8]（2019）在《LHC Drell-Yan数据对部分子分布函数的影响》一文中研究指出PDFs不仅是粒子物理的最重要部分,而且还对对撞机物理和高能物理方面不可缺少。没有PDFs就没有强子-强子的理论计算,无法理解强子结构。虽然在低能情况下可以用现在的部分子分布函数来确定标准模型基本粒子的质量,耦合常数,希格斯粒子的质量,W玻色子的质量等等问题,可是在研究中微子问题,W玻色子的非对称性及超对称粒子方面不能使用PDFs偏差大于理论值的部分子分布函数。若我们使用现在的部分子分布函数,则会出现PDFs偏差大于总理论值的现象。这毫无疑问是个错误,所以我们需要精确度如此高的部分子分布函数。大型强子对撞机(LHC)上的LHCb探测器通过质心能量为8 TeV的质子-质子对撞实验测量了pp→Z~*+X→e~++e~-+X过程的微分散射截面和总散射截面。该实验数据对于确定奇异夸克部分子分布函数的精确度方面有重要意义。本文中使用Resbos及CT14nnlo部分子分部函数计算了此过程的重求和(Resummation)的总散射截面及微分散射截面,计算到微扰二阶近似(NNLO)并与LHCb实验结果进行比较。为了获取误差小于实验总误差的部分子分布函数,用ePump来更新CT14nnlo部分子分布函数。结果显示新的奇异夸克部分子分布函数在能量尺度为1.3 GeV,10~(-6)<x<0.2的范围内不确定度有明显减少。实验数据对能量尺度为100 GeV的奇异夸克部分子分布函数没有明显的影响。(本文来源于《新疆大学》期刊2019-05-20）
何融泉[9]（2019）在《大数据先验模式构建膀胱癌非编码RNA全景图谱及SCARNA12的分子机制研究》一文中研究指出数据先验的理念正在改变各行各业的行为模式,其中以临床大数据为支撑的人工智能医疗在临床影像学、临床病理学等诊断疾病上展示出了超高的诊断效力。值得一提的是,生物组学大数据在个性化分析复杂性疾病中展示出独特的优势,有利于研究者深入全面了解疾病的概貌,发现个性化信息,为基础实验研究和临床治疗策略提供更加精细的指导,这也进一步巩固了组学技术近年来在精准医疗领域不可撼动的地位。然而遗憾的是,大数据先验模式在实验生物学领域推广却较为缓慢。国际大型生物组学大数据计划已经积累了海量数据,组学检测成本的降低使得生物学数据呈指数增长,利用好组学大数据,不仅能够为实验生物学节约研究成本,而且能够研究者提供更加多维全面的信息,达到缩短研究周期,推动基础实验更加高效地发现问题和解决问题。膀胱癌是严重威胁人类健康的一种恶性肿瘤类型,但目前对膀胱癌分子机制的研究依然不清,导致临床预防、监测和治疗捉襟见肘。组学大数据让人们认识到非编码RNA在控制基因表达,转录、转录后修饰和信号转导等诸多方面的重要性,大量非编码RNA已被鉴定为主要肿瘤类型中的致癌驱动因子和肿瘤抑制因子。遗憾的是,目前缺乏针对膀胱癌转录组学大数据多水平个性化高精度地分析。本论文利用大数据先验和实验学后验的模式对膀胱癌两种小分子事件进行研究。在大数据先验部分构建了研究较为成熟的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和目前研究相对空白的核仁小分子RNA(small nucleolar RNA,snoRNA)表达全景图,同时也首次构建了膀胱癌mRNA以及本课题组感兴趣的卡哈尔体(Cajal body,CB)相关核小分子RNA(Cajal body small nucleolar RNA,scaRNA)的相关转录因子全景图及可变剪切表达全景图,在此过程中提供了若干计算分析框架。在实验后验部分通过对多细胞系水平及临床肿瘤组织水平RT-qPCR验证,CRISPR-Cas9敲低实验,mRNA高通量测序,原位杂交,裸鼠成瘤及RNA纯化染色质分离技术(ChIRP)等实验手段,对数据先验的结果进行了生物学意义的验证。第一部分工作获取了TCGA数据库中膀胱癌最新注释共13,918个lncRNA的测序表达数据,构建了膀胱癌中差异lncRNA表达(differentially expressed lncRNAs,DELs)谱,通过系统地整合预后信息,更新并构建了膀胱癌DELs预后预测模型。新预后模型在预测肿瘤患者预后、肿瘤大小、淋巴结浸润和病理分期上较单一指标效果提升显着,值得一提的是,该指数可成为膀胱癌预后独立的影响因素。最后,本部分在细胞系和组织样本水平对计算获取的DELs稳固性进行了部分验证。这部分工作提供了膀胱癌中DELs更为全面的解读,为lncRNA实验研究提供了详尽的参阅信息。第二部分工作利用膀胱癌组织1,232个小RNA-seq水平的数据,全面精确绘制了膀胱癌中研究空白的snoRNA表达谱。结果显示,这类目前在膀胱癌中尚未引起研究者足够重视的小分子在肿瘤组织和正常组织中的表达存在明显差异,并且数目多达230个,部分snoRNA对预判膀胱癌具有较高价值,提示部分snoRNA可能对膀胱癌的生物学行为具有重要贡献。根据数据先验的结果,我们对部分snoRNA的计算可靠性结果进行细胞和组织水平qPCR验证,为膀胱癌snoRNA研究提供了参选点依据。根据数据先验的提示,选取了与本课题组前期研究Cajal body相关,并且在膀胱癌中显着高表达以及具有较高疾病预判能力的SCARNA12进行深入研究。本部分利用real time RT-qPCR在临床膀胱癌组织和多细胞系水平验证了SCARNA12的表达水平,采用原位杂交进一步确定了SCARNA12在组织层面的分布特征。通过“表达相关基因最有可能是互相调控和影响”的理论,本课题首次构建了以SCARNA12为代表的SCARNA小分子功能分析框架,基因富集分析算法解析了SCARNA12在膀胱癌中发挥作用的主要潜在方式。第叁部分工作中,本课题首次利用CRISPR-Cas9基因编辑技构建T24细胞系SCARNA12敲低模型进行功能探索。SCARNA12敲低后,显着抑制了膀胱癌细胞生长,癌细胞停滞在G0/G1期,不能完全进入细胞周期S期,从而导致了细胞增殖速度减慢。SCARNA12对膀胱癌细胞的生长抑制也可能通过诱导凋亡而实现,SCARNA12敲低后,晚期凋亡显着增加。此外,我们还发现敲低后的T24细胞侵袭能力降低。裸鼠成瘤实验瘤体有缩小的趋势。目前,世界上尚无关于SCARNA在膀胱癌的研究方案可参考,膀胱癌中也无类似指标的研究可推测SCARNA发挥生物学功能的方式,我们首次通过实验验证了数据先验的稳固性,并全面展示了SCARNA12体内外水平的功能。第四部分工作尝试对SCARNA12的分子机制进行解读。我们首次利用RNA-seq技术在全基因组转录水平检测SCARNA12敲低前后转录组的变化。SCARNA12敲低显着影响了多达1,155个基因的表达量,并且与细胞外基质相关的通路富集频率最高,与大数据分析结果吻合,这是首次以高通量测序数据在mRNA层面阐明SCARNA12发挥功能的方式。然后,我们成功的首次使用RNA纯化染色质分离技术(ChIRP)获取了SCARNA12互作结合调控的蛋白,发现组蛋白家族成员H2AFZ(H2A histone family member Z,H2AFZ)与MYCN(MYCN proto-oncogene,BHLH transcription factor)等蛋白与SCARNA12存在物理空间位置的结合。特别意思的是,本课题首次结合转录因子算法(Binding Analysis for Regulation of Transcription,BART)发现H2AFZ与MYCN均非常可能是SCARNA12敲低以后的差异基因的上游调控的因子。在首次整合现所有公开针对组蛋白相关基因H2AFZ与转录因子MYCN ChIP-seq大数据分析时发现,H2AFZ潜在靶基因为E3泛素蛋白连接酶(deltex E3 ubiquitin ligase 3,DTX3),MYCN潜在靶基因为连接粘附分子2(junctional adhesion molecule 2,JAM2)和核因子IX(nuclear factor I X,NFIX)。这为以SCARNA12为代表的snoRNA在基因层面转录调控深入分析提供了参考标准。第五部分工作首次展示了膀胱癌细胞水平SCARNA12敲低后可变剪切事件谱以及膀胱癌大数据组织水平可变剪切的全貌。可变剪切事件分析是较mRNA水平更加精确的分析,在敲低SCARNA12后共发生了多达156个显着的可变剪接事件,并且出现了6个未见任何报道的新的剪接体。结合临床膀胱癌组织水平数据,整合膀胱癌预后信息,我们发现了在9,731个基因中共检测到高达39,508个mRNA剪接事件,提示膀胱癌组织中可变剪切事件的发生并非偶然事件。其中基因细丝蛋白A(filamin A,FLNA)在组织和细胞水平均发生了外显子跳跃的可变剪接事件,并且具有预后评估的价值。这部分工作为后续膀胱癌以及SCARNA12可变剪切研究策略的制定提供了有力的证据支持。(本文来源于《广西医科大学》期刊2019-05-01）
陈红波[10]（2019）在《基于白及转录组数据的EST-SSR分子标记开发、验证及应用》一文中研究指出目的:构建白及转录组Unigenes数据库,为白及及其近缘物种的功能基因、代谢组、蛋白组及分子标记开发等研究提供坚实的资源基础。并通过已构建Unigenes文库进行白及EST-SSR分子标记的开发、验证和应用,为白及遗传多样性分析、种质资源鉴定及分子辅助育种等方面的研究奠定一定实验和理论基础。方法:首先,在已获得白及全生长时期的全组织器官转录组数据基础上,利用Trinity进行De Novo组装,并将所得全部Unigenes进行功能注释分析;随后再利用MISA及Primer 3.0在线程序分别进行EST-SSRs位点扫描和相关引物设计(每个位点设计叁对引物);并在完成白及基因组DNA提取方法及其EST-SSR-PCR体系的优化后,从中随机选取100对引物(每位点随机选取1对引物)在四份白及材料中进行种内扩增验证,并针对其中的多态性标记进一步利用两个近缘属的6份材料进行种间通用性检测;最后,选取扩增验证结果中稳定且扩增条带在预期范围内的引物对已收集的23份白及种质进行遗传多样性的评价分析。结果:1.白及Unigenes数据库构建及其功能注释分析已得白及原始转录组序列经过滤处理后共得到106,054,784条Clean reads。随后,将所得Clean reads上传至NCBI数据库(SRA:SRR7058048),并利用Trinity软件进一步组装构建得到首个包含127,261条Unigenes的白及核苷酸数据库(TSA:SUB427309),平均Unigenes长612 bp。进一步功能注解表明,共成功注释Unigene 67,494条,注释率为53.04%。2.白及EST-SSR位点挖掘及其引物标记开发利用MISA在线软件共从15,433条unigenes中检索得到EST-SSRs位点18,335个(去除复合型位点778个),平均每4.35 kb分布有一个EST-SSR位点。统计发现,本研究中白及EST-SSRs以单核苷酸重复最为丰富(9,128 49.78%),其次为二核苷酸重复(4,884 26.64%)和叁核苷酸重复(4,166 22.72%)。在各重复类型分布特征统计中发现,出现频率较高的核苷酸类型分别为单核苷酸A/T(8,996 98.55%),二核苷酸AG/CT(3,286 17.92%),其次为叁核苷酸中的AAG/CTT(1,020 5.56%)。最后,以检索出的18,335个EST-SSRs位点序列为基础,利用Primer 3.0成功设计引物25,935对。3.白及EST-SSR标记的可用性及种间通用性检测100对随机引物的可用性验证结果显示,共87对能够成功扩增,其中63对的扩增条带符合预期长度(100~300 bp),25对引物在所试材料中具有明显多态性。种间通用性扩增结果表明,其中2对标记(ZYBS-1,ZYBS-52)在蝴蝶兰属和石斛属中均能成功扩增,而ZYBS-14只能在蝴蝶兰属中扩增,ZYBS-18和ZYBS-60则只能在石斛属材料中扩增。4.白及基因组DNA提取方法优化基于以往基因组DNA提取方法的相关研究,首先选择常用的CTAB法进行白及基因组DNA提取方法的优化分析。通过与TIANGEN植物基因组DNA提取试剂盒、ZOMANBIO植物基因组DNA提取试剂盒和SDS法叁种方法所提基因组DNA的UV光谱及琼脂糖凝胶电泳(AGE)检测结果比较得知,改良CTAB法相比其他方法提取的DNA质量和产率均较高(A260/A280=1.82,A260/A230=2.09,C_(产率)(μg/g)=160.68μg/g)。同时,EST-SSR的扩增结果亦证明改良CTAB法提取的DNA完全满足EST-SSR标记相关的扩增研究。此外,ITS2序列扩增结果表明,改良CTAB法提取的基因组DNA能够很好扩增,但在SDS法提取的DNA中不能有效扩增。5.白及EST-SSR-PCR优化体系的构建通过响应面设计法对白及EST-SSR-PCR 10μL扩增体系的叁个关键因素(模板DNA浓度、引物浓度和2×PCR mix用量)在叁水平上进行配比寻优,最终得出10μL白及EST-SSR-PCR体系中模板DNA浓度、引物浓度和2×PCR mix用量的最优配比为:1.60 ng.μL~(-1):2μM:6.98μL。验证结果表明,该优化比在10μL和25μL两种验证体系中均能扩增出稳定且背景清晰的条带,说明本研究得到的优化组合较为稳定,且完全满足白及后续基于EST-SSR的相关研究。6.所开发EST-SSR标记在白及遗传多样性研究中的应用依据引物可用性验证结果共选取52对标记,以23份供试白及为模板进行扩增,6%非变性PAGE凝胶电泳分离结果显示,其中25对具有明显多态性,共扩增位点108个,多态性位点91个,等位变异范围1-8个。GS聚类分析结果与主坐标聚类分析结果有着高度一致性,均能将23份材料归至叁个亚群(第一类群包含编号为1、2、3、4、5、6、7的七份栽培白及,第二类群包括编号为8、9、10、11、12、13、14、15的8份贵州正安县野生白及,第叁类群包含编号为16、17、18、19、20、21、22、23的8份贵州修文县野生白及)。结论:本研究利用不同生长时期的白及材料通过高通量转录本测序技术成功构建起了第一个白及转录组Unigenes数据库,并开发了EST-SSR候选引物标记25,935对,不仅为白及后续功能基因组学、代谢组学、蛋白组学及分子标记开发和利用等研究奠定了坚实的资源基础,亦为其近缘物种的相关研究提供了重要参考和新思路。同时,通过所开发标记在23份白及材料遗传多样性研究中的应用,更为后续基于EST-SSR分子标记的白及相关研究奠定了坚实的实验基础。(本文来源于《遵义医科大学》期刊2019-05-01）
分子数据论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的:探究组织蛋白酶S(CTSS)在牙周炎中的作用。方法:从GSE10334获得90例牙周炎患者的转录组数据,从GSE16134获得120例患者的转录组数据,观察牙周炎组织中CTSS的m RNA水平及免疫细胞浸润情况。用CIBERSORT方法检测牙龈组织中的免疫细胞浸润情况,R package、SPSS22.0和GraphPad Prism 5用于统计分析和图形表示。结果:牙周炎患者感染部位的CTSS转录水平明显高于未感染部位。通过全面的生物信息学分析,发现CTSS在牙周炎免疫反应中起到关键作用。在牙周炎感染的牙龈组织中,浆细胞、记忆B细胞、M2巨噬细胞、静息CD4记忆T细胞和静息肥大细胞是最丰富的细胞。此外,CTSS与免疫细胞浸润,特别是浆细胞、中性粒细胞和活化树突状细胞显着正相关。结论:牙周炎患者感染的牙龈组织中CTSS表达水平显着升高,CTSS表达水平与牙周炎患者的局部免疫应答和免疫细胞浸润密切相关,提示CTSS可作为牙周炎诊断和治疗的新靶点。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
分子数据论文参考文献
[1].周志军,李秀敏.以提升研究生数据分析能力为目标导向的《分子进化生物学》教学改革[J].高教学刊.2019
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