紫花报春苣苔差异表达基因分析及离子转运蛋白基因挖掘

论文摘要

石灰土及红壤中栽培的紫花报春苣苔的叶片生长性状及元素含量存在差异,为了从分子水平上揭示造成这种差异的原因,本研究采集在两种土壤中生长的紫花报春苣苔植株的叶片进行转录组测序,利用公共数据库注释获得的Unigene,对差异表达基因进行GO及KEGG富集分析,以挖掘离子转运蛋白基因。研究结果表明紫花报春苣苔叶片的转录组测序共得到176 491个Unigene,N50值为1 718 bp,Unigene主要以大于500 bp的片段为主,GO功能及KEGG分类显示紫花报春苣苔的叶片基因表达谱主要与细胞,细胞成分,细胞器组成,蛋白质翻译,物质的合成与代谢相关联。对656个差异表达基因进行GO、KEGG功能富集分析及基因功能注释发现,有231个差异表达基因分别被富集到了77条KEGG的Pathway中,获得了与离子转运有关的差异表达基因共18个,分属于11个类别,在红壤中主要以下调表达为主,这些基因的下调表达及基因间的相互作用可能使两种土壤中紫花报春苣苔叶片的生长性状产生差别。本研究对于从分子水平上揭示紫花报春苣苔引种实验的适应机制,以及紫花报春苣苔的引种保护和开发利用具有重要意义。

论文目录

• 1 结果与分析
•   1.1 紫花报春苣苔叶片转录组数据的组装
•   1.2 紫花报春苣苔Unigene的功能注释及分类
•     1.2.1 紫花报春苣苔的Unigene在公共数据库中的注释
•     1.2.2 紫花报春苣苔的Unigene的GO功能注释
•     1.2.3 紫花报春苣苔Unigene的KEGG功能分类
•   1.3 紫花报春苣苔差异表达基因分析
•   1.4 紫花报春苣苔离子转运相关的差异表达基因挖掘
• 2 讨论
• 3 材料与方法
•   3.1 试验材料
•   3.2 RNA的提取，转录组测序及Unigenes的功能注释
•   3.3 紫花报春苣苔基因表达水平分析
•   3.4 紫花报春苣苔差异表达基因分析及离子转运蛋白基因挖掘
• 作者贡献

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 刘合霞,李博

关键词: 紫花报春苣苔,差异表达基因,离子转运蛋白,引种试验

来源: 分子植物育种 2019年24期

年度: 2019

分类: 农业科技

专业: 园艺

单位: 玉林师范学院生物与制药学院,桂林师范高等专科学校

基金: 桂林师范高等专科学校2017年度桂北特色药资源研究中心科研项目(KYA201705),2018年度广西中青年教师基础能力提升项目(2018KY0917)共同资助

分类号: S682.19

DOI: 10.13271/j.mpb.017.008029

页码: 8029-8038

总页数: 10

文件大小: 744K

下载量: 154