鹰嘴豆(Cicer arietinum)TCP基因家族的生物信息学分析

论文摘要

TCP蛋白是植物特有转录因子家族之一,参与植物的生长发育调节过程。本研究利用生物信息学方法,通过PlantTFDB database、NCBI、CLUSTALX 2.0、GSDS 2.0、MEME和psRNATarget数据库以及MEGA 5.0等软件,对鹰嘴豆TCP基因家族成员进行分子量、等电点、染色体定位、基因保守域、保守基序、microRNA的靶位点和系统发育进化树的分析。研究表明:TCP基因可被分为ClassⅠ（PCF）和ClassⅡ（CYC/TB1和CIN）两大类,在染色体上的分布较为均匀,具有较保守的螺旋-环-螺旋结构域（Helix loop helix domain, bHLH）,含有3个Motif序列,其中每个家族成员共有的是Motif2。microRNA靶位点预测发现,TCP基因的Ⅱ类CIN亚家族中的CarTCP2和CarTCP23受miR319调控。以上结果简要概述了鹰嘴豆TCP基因家族的进化、基因结构及蛋白的生化特性,旨在为今后更好地揭示该基因在鹰嘴豆的生长发育和生理特性中的功能提供理论基础。

论文目录

• 1 结果与分析
•   1.1 鹰嘴豆TCP基因家族成员的鉴定
•   1.2 鹰嘴豆TCP基因家族进化分析
•   1.3 鹰嘴豆TCP基因的外显子/内含子结构分析
•   1.4 鹰嘴豆TCP结构域氨基酸序列比对分析
•   1.5 鹰嘴豆TCP基因保守基序分析
•   1.6 miRNAs的靶位点分析
• 2 讨论
• 3 材料与方法
•   3.1 试验材料
•   3.2 鹰嘴豆TCP基因家族系统进化及基因结构分析
•   3.3 鹰嘴豆TCP基因家族保守结构域和保守基序分析
•   3.4 miRNAs的靶位点预测
• 作者贡献

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 滕露,倪志勇,于月华

关键词: 基因家族,鹰嘴豆,生物信息学

来源: 分子植物育种 2019年22期

年度: 2019

分类: 农业科技

专业: 农作物

单位: 新疆农业大学农学院

基金: 新疆维吾尔自治区自然科学基金面上项目(2016D01A043)资助

分类号: S529

DOI: 10.13271/j.mpb.017.007313

页码: 7313-7319

总页数: 7

文件大小: 2028K

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