牦牛死亡结构域蛋白(FADD)基因克隆与生物信息学分析

论文摘要

死亡结构域蛋白（FADD）是在生物细胞里起到信号转导作用的一种蛋白,在胚胎发育、细胞凋亡过程中发挥重要的生物学活性。实验以成年母牦牛的卵巢RNA为模板,利用RT-PCR技术克隆牦牛FADD基因,并进行了生物信息学分析。结果表明:牦牛FADD基因CDS区长度630 bp,编码209个氨基酸,蛋白分子式C996H1632N300O307S7,整个蛋白质带负电荷,总共原子数量3 242;分子质量23.0 ku,半衰期30 h;理论等电点6.11;消光系数18 240;不稳定指数49.08,属于不稳定蛋白;脂肪系数104.64,平均亲水系数-0.168,预测FADD蛋白为亲水蛋白。系统进化树表明,牦牛与哺乳动物亲缘关系近,与鱼亲缘关系最远,符合物种进化规律。FADD蛋白质的二级结构α螺旋、自由卷曲、β-转角和延伸链,占靶蛋白的比例分别为71.29%、22.97%、3.83%和1.91%,与三级结构相符。牦牛FADD蛋白有13.0%位于细胞核、52.2%位于细胞质、8.7%位于细胞外、13.0%位于线粒体、4.3%位于高尔基体和8.7%位于细胞骨架。该研究成功克隆出牦牛FADD基因CDS区,为进一步研究其功能提供了一定理论依据。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 实验动物
•   1.2 主要试剂和仪器
•   1.3 RNA的提取和c DNA的合成
•   1.4 引物的设计与合成
•   1.5 基因克隆及测序
•   1.6 FADD基因的生物信息学分析
• 2 结果与分析
•   2.1 RNA提取结果
•   2.2 牦牛FADD基因扩增和核苷酸序列分析
•   2.3 牦牛FADD进化树与同源性分析
•   2.4 牦牛FADD蛋白基本理化性质分析
•   2.5 牦牛FADD蛋白信号肽和编码产物亲/疏水的预测
•   2.6 牦牛FADD蛋白二级结构和三级结构预测
•   2.7 牦牛FADD细胞定位
• 3 讨论
• 4 结论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 马瑶,何向东,夏忆,陈莹,字向东

关键词: 牦牛,基因,生物信息学分析,基因克隆

来源: 中国草食动物科学 2019年06期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,畜牧与动物医学

单位: 西南民族大学动物科学国家民委重点实验室

基金: 国家重点研发计划项目(2018YFD0502303),教育部特色专业建设项目(TS11126)

分类号: S823.85;Q811.4

页码: 7-11

总页数: 5

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