基于简化基因组测序的树莓(Rubus corchorifolius)遗传分析

论文摘要

为了比较不同树莓种间的亲缘关系远近,分析群体的遗传进化关系,开发特异性SNP标记。本试验选用23份栽培种树莓利用简化基因组测序技术SLAF-seq测序,以黑树莓（Rubus occidentalis）基因组为参考基因组进行酶切预测,对照选择粳稻（Oryza sativa spp. japonica）品种日本晴的测序数据进行比对分析。本研究共获得59.93 Mb的读长数据,读长范围在1 960 847～5 046 748之间,对照数据的双端比对效率为95.60%,酶切效率为93.52%,测序质量值Q30平均为95.07%,所有样品GC含量均值为39.16%,共获得425 402个SLAF标签,其中多态性的SLAF标签共有121 610个。获得749 811个有效单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms, SNP）,利用这些SNP对23份树莓材料完成系统进化树,群体的PCA分析,从群体结构分析结果发现这23份树莓都来源于同一祖先,只是在生长发育过程中发生了遗传分化。

论文目录

• 1 结果与分析
•   1.1 酶切方案评估
•   1.2 片段选择评估
•   1.3 简化基因组序列的产出和质量评估
•   1.4 SLAF标签和SNP分子标记的开发
•   1.5 群体遗传分析
•   1.6 PCA分析
• 2 讨论
• 3 材料与方法
•   3.1 实验材料
•   3.2 DNA的提取和检测
•   3.3 酶切建库
•   3.4 SNP标记的开发及SLAF标签的获得
•   3.5 分析23个树莓样品
• 作者贡献

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 杨光,孙兰英,段亚东,周双,张鹍,宋鹏慧

关键词: 树莓,简化基因组,测序,遗传分析

来源: 分子植物育种 2019年22期

年度: 2019

分类: 农业科技

专业: 园艺

单位: 黑龙江省农业科学院浆果研究所

基金: 中央引导地方科技发展专项项目(ZY17C07)资助

分类号: S663.2

DOI: 10.13271/j.mpb.017.007338

页码: 7338-7343

总页数: 6

文件大小: 1051K

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