缺血性心肌病差异表达基因的生物信息学分析

论文摘要

目的·应用生物信息学方法探讨缺血性心肌病(ischemic cardiomyopathy,ICM)中差异表达的相关基因,构建竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络。方法·从基因表达数据库中下载数据集,筛选出ICM样本与正常样本差异表达的mRNA和长链非编码RNA(lncRNA),并进行GO(Gene Ontology)功能分析和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路分析。分析差异表达的m RNA和lncRNA,运用生物信息学方法进行miRNA预测分析,构建ceRNA调控网络。结果· GO功能分析和KEGG通路分析结果表明,差异表达基因在代谢途径、氧化磷酸化、细胞外基质受体相互作用等通路显著富集,并与内质网应激、纤维化、胶原的分解代谢过程、炎症反应功能密切相关。构建了ICM lncRNA相关的ceRNA调控网络,包含26个mRNA、2个lncRNA和15个miRNA。结论·采用生物信息学方法能够有效分析ICM差异表达的基因,并成功构建了缺血性心肌病ceRNA调控网络。

论文目录

• 1 材料和方法
•   1.1 数据获取
•   1.2 数据预处理和lncRNA重注释
•   1.3 差异mRNA和差异lncRNA筛选
•   1.4 差异表达m RNA的功能富集及通路分析
•   1.5 lncRNA和m RNA协同表达关系预测
•   1.6 lncRNA功能预测
•   1.7 miRNA预测及ceRNA网络构建
• 2 结果
•   2.1 差异表达基因的基本信息统计
•   2.2 差异mRNA的功能富集及通路分析
•   2.3 LncRNA和m RNA协同表达关系预测
•   2.4 LncRNA功能预测
•   2.5 miRNA预测及ceRNA网络构建
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 张鹏,常争艳,杨磊,薛松,连锋

关键词: 缺血性心肌病,差异表达基因,长链非编码,生物信息学,竞争性内源

来源: 上海交通大学学报(医学版) 2019年07期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,心血管系统疾病

单位: 上海交通大学医学院附属仁济医院心外科,同济大学附属第十人民医院病理科

基金: 国家自然科学基金(81873461),上海交通大学医工交叉研究基金（YG2015MS51）,专科疾病临床“五新”转化项目(16CR3086B)~~

分类号: R542.2;Q811.4

页码: 698-705

总页数: 8

文件大小: 4650K

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