导读:本文包含了核基因组论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因组,线粒体,叶绿体,转录,拟南芥,密码子,基因。
核基因组论文文献综述
盛文涛,周劲松,贡继尚,李袁飞,饶友生[1]（2019）在《基于芦笋全雄品种核基因组序列的SSR标记开发及特征分析》一文中研究指出在天门冬属中,芦笋是全球重要的蔬菜作物,质嫩味美,营养丰富。随着芦笋种植规模的不断扩大,对芦笋品种的产量和品质提出了更高的要求。开发芦笋基因组中的分子标记,有助于开展芦笋遗传多样性分析、遗传图谱的构建、分子标记辅助选择育种等工作。本研究中基于课题组发表的全雄品种(编号:SAMN04606231)细胞核基因组测序数据(NCBI登录号:GCA_001876935.1,累计总长为1 187 538 024 bp),利用MISA程序(https://webblast.ipkgatersleben.de/misa/)识别和定位SSR位点,利用Primer 3(http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/)软件对搜索到的SSR位点两端设计引物,随机合成100对引物进行多态性引物筛选,再从多态性引物中选取易扩增、多态性高的引物,对10种天门冬属芦笋野生近缘种和20份栽培品种基因组进行扩增,检测引物的通用性,并进行UPGMA聚类分析。经检测,在芦笋基因组中共获得了375 435个SSR位点,平均每1个基因有13.57个SSR位点,其中二、叁核苷酸重复基序分别为155 458个和91 010个,占总SSR位点数的65.64%。在二核苷酸重复基序中,TA/AT所占比例最高,占41.4%,CG/GC所占比例最低,占4.6%;在叁核苷酸碱基重复基序中,TGT/ACA所占比例最高,为15.6%。在挖掘的重复类型中,随机选取100个基序重复次数在20～60之间的SSR位点进行引物设计与合成,在30份天门冬属材料中进行PCR扩增分析,从中筛选出62对具有多态性的SSR引物,其中有27对引物在研究的芦笋品种种质资源间表现出多态性,将芦笋栽培品种与近缘野生类群划分为两大类群。可见,芦笋基因组SSR标记的开发,不仅可以用于芦笋栽培品种DNA指纹图谱分析,而且为天门冬属不同种的遗传图谱构建、遗传多样性分析、重要性状的遗传机制解析、分子育种等研究奠定基础。(本文来源于《中国园艺学会2019年学术年会暨成立90周年纪念大会论文摘要集》期刊2019-10-21）
秦桢,侯夫云,张安,李爱贤,董顺旭[2]（2019）在《甘薯近缘种叁浅裂野牵牛核基因组密码子分析》一文中研究指出叁浅裂野牵牛(Ipomoea trifida)是甘薯的亲缘关系较近野生种之一.分析了叁浅裂野牵牛的32 264个具有完整编码框的核基因组基因,长度为165～15 273个核苷酸.根据基因在根、茎、叶中的表达量,选择1 382个低表达基因和1 644个高表达基因.利用CodonW软件分析发现,总基因的密码子有效数(ENC)为53.04,低表达基因的为52.80,高表达基因的为52.01.在总基因、低表达基因和高表达基因中分别发现了3个、9个和5个高频密码子.对低、高表达基因密码子的偏好性分析发现,高表达基因的进化速度低于低表达基因的.研究丰富了植物基因密码子理论,为转基因研究中密码子的优化提供了依据.(本文来源于《江苏师范大学学报(自然科学版)》期刊2019年03期）
赵祎婧[3]（2019）在《核基因组编码lncRNA MALAT1通过异常穿梭调控肝癌细胞线粒体代谢—凋亡—自噬的机制研究》一文中研究指出研究背景:肝细胞癌是在世界范围内最常见的肿瘤之一,其死亡率在全球范围内排第叁。每年约有434000新发病例。HCC的发生与肝炎病毒感染、肝脏纤维化等因素密切相关,而在此发生过程中,炎症和氧化应激产生的活性氧ROS发挥了重要作用。此外,HCC细胞OXPHOS系统异常不仅使其能量代谢功能异常,而且会进一步增加ROS的产生,ROS通过氧化修饰和激活Ras/Raf、MAPK、P38等信号通路促进HCC的发展。因此,OXPHOS系统的损害和过量的ROS的产生是HCC发生发展中的重要因素。线粒体代谢重编程被认为是新一代肿瘤的新兴重要特征之一。线粒体作为重要的细胞应激传感器,是OXPHOS系统产生ATP、ROS以及触发细胞凋亡级联反应等一系列过程的重要执行者。在20世纪30年代,“Warburg效应”的提出奠定了线粒体在肿瘤代谢改变中的重要作用。近年来线粒体代重编程被认为是肿瘤发生发展生存的重要环节。肿瘤能量代谢缺陷,特别是线粒体缺陷,与癌症的发生或发展密切相关。最近的报道表明,在线粒体中也存在核编码的lnc RNA,这些lnc RNA与转录因子和表观遗传调节因子一起协同调节线粒体基因表达和线粒体功能。在最新的研究中,MALAT1(转移相关肺腺癌转录物1)被发现高度富集在肝细胞癌Hep G2的线粒体中。MALAT1是一种高度保守的核编码的lnc RNA,参与多种人类肿瘤的侵袭转移。MALAT1是如何穿梭到线粒体中,富集于线粒体中,MALAT1是否调节线粒体功能,MALAT1又是如何参与肿瘤线粒体重编程至今尚未被阐明。目的意义:1.验证lnc RNA MALAT1是否通过穿梭转运蛋白运输至线粒体内,从空间上联系起主要调控作用的核基因和半自主调控的线粒体基因。2.验证MALAT1是否参与肿瘤细胞线粒体代谢,是否参与线粒体mt DNA的复制与转录,以及其如何对线粒体基因组进行表观遗传学等修饰过程,以及其是否干预线粒体结构的重塑、代谢功能的重编程、氧化还原信号改变、线粒体凋亡、线粒体自噬等,从而影响HCC的发生发展。3.从理论上为MALAT1调控机制的研究提供新维度,为线粒体与细胞核的对话方式提供新线索,从应用策略上探索线粒体中MALAT1作为HCC新的肿瘤分子标志物和治疗靶点可能性,为HCC的诊断和靶向治疗研究提供新的思路。方法:1.在肝细胞癌细胞系Hep G2和正常肝细胞系HL7702进行线粒体的提取,以及RNA测序,以发现在肝细胞癌和正常肝细胞中差异表达的线粒体富集的lnc RNA。2.通过“RNA逆转录相关捕获测序”(RAT-seq),RNA免疫沉淀(RIP),荧光原位杂交(FISH)探索与MALAT1起相互作用蛋白和DNA,以及可视化MALAT1在线粒体中的分布。3.通过sh RNA的方法沉默MALAT1后,使用Seahorse代谢检测仪,ATP检测试剂盒,mito SOX染色,线粒体SOD活性检测试剂盒,lysotracker染色,流式细胞仪(Annexin V/7-AAD染色),免疫印迹和电子显微镜来检测MALAT1敲低细胞系的代谢,ROS量,线粒体自噬,细胞凋亡和线粒体形态变化。4.通过sh RNA稳定干涉MALAT1的表达,并通过CCK-8实验、Transwell小室实验、疤痕形成实验和平板克隆形成实验,评估MALAT1对肿瘤细胞增殖、肿瘤克隆形成能力、肿瘤细胞周期、肿瘤细胞凋亡、肿瘤细胞迁移等的影响。结果:1.通过线粒体-RNA转录组测序与FISH相结合,我们发现核基因组编码的与肿瘤转移相关的lnc RNA MALAT1富集在Hep G2细胞的线粒体中。2.使用RAT-seq方法,我们发现MALAT1 lnc RNA与线粒体DNA的多个位点(MT-RNR1,MT-RNR2,MT-COX2,MT-ND3,MT-CYTB)相互作用。3.RIP和RNA测序表明:RNA结合蛋白Hu R介导MALAT1由细胞核向线粒体的转运。此外,发现线粒体跨膜蛋白线粒体载体2(MTCH2)与MALAT1相互作用,表明MALAT1可能通过MTCH2进入线粒体内部。4.敲除MALAT1诱导线粒体功能的多种异常,包括线粒体氧化磷酸化(OXPHOS)减弱,ATP产生减少,mt DNA拷贝数降低,线粒体ROS合成减少,线粒体SOD酶活性增强,线粒体自噬减弱和线粒体凋亡途径的激活。5.MALAT1对细胞增殖、克隆形成、细胞周期并未产生明显影响、MALAT1敲除后Hep G2细胞侵袭、迁移能力明显下降。结论:本实验通过线粒体转录本高通量测序首次鉴定了线粒体中存在的大量行发现的核编码RNA,揭示了lnc RNAs作为细胞器间信号传导分子的新生物学功能。本研究提示细胞器之间lnc RNA异常穿梭或是参与细胞恶性转变的重要机制。研究发现核基因组编码lnc RNA MALAT1相比正常肝细胞HL7702,高度富集在肝细胞癌Hep G2细胞的线粒体中。揭示了在肝细胞恶性转化中,MALAT1参与细胞核与线粒体异常穿梭的新调节机制。本研究证实MALAT1影响线粒体DNA转录复制的机制:MALAT1与线粒体的多个位点(MT-RNR1,MT-RNR2,MTCOX2,MT-ND3,MT-CYTB)相互作用,敲除MALAT1后影响线粒体基因组复制,线粒体基因组结合区域Cp G3的甲基化水平,引起线粒体基因转录水平降低。除此之外,本研究揭示MALAT1穿梭的可能机制:MALAT1结合蛋白Hu R,Hu R具有携带RNA出细胞核的功能,Hu R或介导MALAT1由细胞核向线粒体的转运。此外,发现线粒体跨膜蛋白线粒体载体2(MTCH2)与MALAT1相互作用,表明MALAT1可能通过MTCH2进入线粒体内部。同时本研究阐明敲除MALAT1诱导线粒体多种功能异常:包括线粒体氧化磷酸化(OXPHOS)减弱,ATP产生减少,降低mt DNA拷贝数,线粒体ROS合成减少,线粒体SOD酶活性增强,线粒体自噬减弱和线粒体凋亡途径的激活。(本文来源于《吉林大学》期刊2019-06-01）
支永强[4]（2019）在《拟南芥核基因组与大麦叶绿体基因组RNA编辑的鉴定与分析》一文中研究指出RNA编辑是指DNA转录形成RNA过程中碱基发生改变的现象,其可能发生于RNA转录过程或者前体RNA转录后加工过程,一般以后者为主。RNA编辑通过对转录本的再修饰,丰富了基因表达方式,直接或间接地调节了基因表达水平,是丰富遗传信息、参与生命活动调控的重要方式。基于高通量测序的RNA-Seq技术的发展和各种生物信息工具的研发使得大规模鉴定基因组中的RNA编辑事件成为可能,但目前相关研究主要集中在人类和模式动物中,在植物领域的研究还比较少。鉴于此,本研究以拟南芥核基因组和大麦叶绿体基因组为研究对象,在检索、收集大量的RNA-Seq数据的基础上,利用RES-Scanner软件对拟南芥核基因组和大麦叶绿体基因组的RNA编辑事件进行了系统的预测与鉴定分析,以期初步明确植物核基因组和细胞器基因组RNA编辑的组成和特征,为进一步开展植物RNA编辑的生物学功能研究奠定基础。主要取得了如下结果:(1)利用拟南芥生殖生长阶段的84个转录组数据,以拟南芥基因组为参考,共鉴定到26,231个RNA编辑位点;经过去冗余和注释后得到1,886个unique位点;各染色体长度和该染色体上的转录本数目与RNA编辑事件的数目成正比;在拟南芥核基因组中,绝大多数的RNA编辑发生在CDS区域(1468;77.84%),此外intron区域(178;9.44%)、3’UTR(123;6.52%)、5’UTR(105;5.57%)以及ncRNA区域(12;0.64%)也存在一定的编辑位点,但是CDS区域以及外显子区域内RNA编辑事件的发生频率在拟南芥不同发育时期有所不同,组织活跃度高的时期或样本,其基因编码区的RNA编辑事件频率也越高。(2)拟南芥核基因组RNA编辑的特征分析发现,共存在12种碱基突变模式,其中四种为优势类型,分别为:G->A、C->T、T->C和A->G;进一步对这四种优势编辑类型所在位点上下游10nt碱基进行碱基偏好性分析发现,嘌呤间编辑和嘧啶间编辑的碱基偏好性并不相同;CDS区域内的RNA编辑导致1,514个密码子发生了变化,其中有759个同义编辑,733个非同义编辑,还有22个stop-gain类型的无义编辑;非同义编辑主要改变了编码蛋白的序列信息,而对氨基酸疏水性的影响较小;对stop-gain和非同义编辑相关基因进行GO富集发现,这些基因主要富集于物质代谢与能量运输,参与了对拟南芥生殖生长阶段生命活动的调控。(3)对RNA编辑引起的序列变化的生物学功能进行初步分析,发现拟南芥3’UTR区域内的RNA编辑事件使原有的miRNA-mRNA对发生了变化。其中,5个位于miRNA结合区域内的RNA编辑事件导致3个miRNA结合区域失效;位于结合区域外的RNA编辑事件新形成9个miRNA-mRNA对,这直接影响了miRNA对ACA1、HPR、UBP24、CUE1、AT1G02150等基因的表达,表明RNA编辑通过影响miRNA和mRNA的结合,间接调控基因表达水平。此外,拟南芥5’UTR区域内有6个编辑位点发生在Kozak序列中,其中5个编辑位点对翻译不利,对应转录本表达量均有降低。(4)利用16个大麦叶转录组,采用上述流程,对大麦叶绿体基因组总的RNA编辑进行了分析。结果共鉴定到422个大麦叶绿体RNA编辑事件,经过去冗余和注释后得到106个unique位点,其中101个为新鉴定到的;这些编辑位点中,77个位于CDS区域,3个位于intron区域,26个位于基因间隔区域;位于基因区的80个编辑位点分布于37个基因中。大麦叶绿体RNA编辑事件共9种编辑类型,其中C->T占有绝对的数量优势。(本文来源于《西北农林科技大学》期刊2019-05-01）
芦超[5]（2018）在《奥科特比蜢的线粒体基因组、转录组及核基因组探查研究》一文中研究指出奥科特比蜢是蜢总科昆虫的一个具有代表性的物种,但是奥科特比蜢的分子信息十分匮乏,这对奥科特比蜢的分类地位研究、功能性研究是极大的阻碍。而基因组和转录组研究是当前了解物种进化关系和生命过程等重要生物学问题的主要数据来源。因此本文使用高通量测序技术对奥科特比蜢的线粒体基因组和转录组做了详细的分析,并对其核基因组情况进行了探查研究以补充奥科特比蜢的分子数据。主要研究结果如下:1、线粒体基因组研究(1)奥科特比蜢线粒体基因组全长15,628bp,共包含37个基因,包括13个蛋白编码基因、2个rRNA基因和22个tRNA基因,另外还有一个A+T富集区(控制区)。全线粒体基因组呈现出明显的A+T偏好性。(2)13个蛋白编码基因中有9个由J链编码,4个由N链编码。所有编码基因的起始密码子都是典型的ATN型起始密码子:终止密码子分两类一种是完全终止密码子,包括TAG和TAA两种,另一种是不完全终止密码子,仅有一个碱基T。密码子使用频率最高的是UUA,最低的是CGC;氨基酸组成中最多的是Leu,最少的是Cys。(3)22个tRNA中,除了 trnSACN缺少DHU臂外,其余的tRNA均为典型的叁叶草型结构,反密码子与大多数昆虫一致。两条rRNA基因二级结构均与蝗亚目其他昆虫相一致,仅有个别区域存在茎环缺失;D-loop区发现poly-T(T-strech)序列,可以形成茎环结构,与线粒体基因组复制起始有关。(4)基于线粒体COI基因使用最大似然法构建了蜢总科的系统发育树,结果为(((Morobidae+＋Epsactidae)+(Chorotypidae+Eumastacidae+Thericleidae),支持奥科特比蜢所属枕蜢科的单系性,并且枕蜢科与莫蜢科构成姐妹群。2、转录组研究(1)通过高通量测序共获得6.6G的数据,通过转录组从头拼接方法,共获得48,831 条Unigenes,总长度 49,475,997bp,平均长度为 1,103bp,N50值为 1,799bp。(2)通过对长度大于300bp的36,149条Unigenes进行功能注释,最后共得到20,727条被注释的基因,其中19,178条基因注释到Nr数据库、10,818条基因注释到Swiss-Prot数据库、6,761条基因注释到COG数据库、13,287条基因注释到KOG数据库、18,530条基因注释到eggNOG数据库、14,670条注释到Pfam数据库。GO聚类分析共得到有注释信息的基因8,737条,KEGG通路分析共得到由注释信息的基因8,604条。但仍有15,422条基因并未得到注释,这些基因可以作为未来基因资源发掘的主要来源。(3)GO聚类分析结果显示,8737条Unigenes被分到生物过程、分子功能和细胞组成叁个功能类别当中,分别获得20,819个、10,726个和12,273个注释信息;通过KEGG pathway注释,得到了与天然免疫系统化学信号分子传递通路相关的基因,其中有 23 个基因与 JAK-STAT信号通路(Jak-STAT signaling pathway,ko04630)有关,17 个基因与 MAPK 信号通路(MAPK signaling pathway-fly,ko04013)有关。(4)对所有Unigenes进行表达量的计算,在表达量最高的前20个基因中,大部分是与细胞骨架构成相关的蛋白基因,包括肌动蛋白、肌球蛋白、原肌球蛋白、肌钙蛋白、副肌球蛋白、微管蛋白;还包括一些与电子传递链相关链的蛋白基因,如细胞色素氧化亚基I、ADP/ATP载体蛋白,因为它们重要的生理功能,所以需要一个较高的表达量以维持细胞正常运转。(5)对所有Unigenes进行SSR的预测,最后识别出6,129个简单重复序列,总长度达到95,715bp,其中最短的为lObp,最长的重复序列则达到了 216bp。包括单核苷酸重复4,038个、二核苷酸重复1,105个、叁核苷酸重复691个、四核苷酸重复25个、五核苷酸重复1个、六核苷酸重复2个,复合型核苷酸重复252个、串联重复15个。(6)线粒体转录组作图研究结果显示,15,628bp长度的线粒体基因组中,仅D-loop区37个位点没有reads比对上,覆盖度为99.76%。所有基因中表达水平较高的是 16S-rRNA、COI,较低的是 ND4L、ATP8。在 ATP8/ATP6、ND4/ND4L 之间有碱基重迭,说明存在双顺反子转录。3、通过基因组探查研究,预估奥科特比蜢的基因组大小约为6.12G,重复率为81.61%,杂合度为0.22%,基因组情况较为复杂。GC_depth分布图结果显示,奥科特比蜢基因组并没有明显的GC偏向性,但由于杂合导致GC_depth分布图分成了两层。_奥科特比蜢的线粒体基因组、转录组及基因组序列信息的获得,为以后进一步研究蜢总科这一类群的昆虫提供大量具有价值的信息;为掌握和利用奥科特比蜢潜在的基因资源,及直翅目昆虫的分类研究,功能性研究提供重要的基础。(本文来源于《陕西师范大学》期刊2018-05-01）
贾克利[6]（2018）在《石刁柏核基因组NUPTs组成和染色体定位研究》一文中研究指出在植物中,质体DNA向核基因组的转移是一种普遍的遗传物质水平转移现象,转移到核基因组的质体DNA称为核质体DNA(Nuclear plastid DNA,NUPTs),NUPTs在核基因组中的插入可以引起核基因组变异及染色体结构重排,是基因组及染色体组演化的重要推动因素之一。石刁柏(Asparagus officinalis)为雌雄异株经济作物,具有2n=20条染色体,同型XY性染色体决定性别,其染色体组处于演化的不稳定阶段。但是哪些因素引起了石刁柏染色体组的不稳定尚不清楚。因此,本文利用生物信息学及分子细胞遗传学技术对石刁柏核基因组中的NUPTs进行注释及分析,对包括Y染色体在内的不同染色体上的NUPTs分布模式进行中期染色体定位。主要结果如下:1、生物信息学分析表明,石刁柏核基因组中共有2,239个NUPTs序列的插入,总长度为565,970 bp,占核基因组的0.047%。NUPTs在不同染色体上的插入长度不同,Y染色体插入平均长度最长,显着高于其他染色体,每Mb基因组中有778 bp的NUPTs序列,且存在一个插入热点区域。其次,不同染色体上插入的NUPTs数量也存在较大差异,Y染色体上的NUPTs数量最多,每100 Mb基因组中有272个NUPTs,这说明NUTPs在石刁柏Y染色体上具有更多的累积。同一染色体上NUPTs的插入位置是不均匀的。对10条染色体上基因密度、NUPTs长度和转座子长度的共定位模式分析表明,石刁柏基因组中NUPTs和转座子存在显着的共定位关系,2,239个NUPTs中有1,690个NUPTs侧翼序列为转座子序列,比例达到75.5%,显着高于随机序列和转座子共定位的比例(51.6%)。对NUPTs的叶绿体基因组来源分析表明,石刁柏叶绿体基因组中的反向重复区(Inverted repeat,IR)、短单拷贝区(Small single copy,SSC)和长单拷贝区(Large single copy,LSC)均能够向核基因组转移,但是转移的频率不同,IR、LSC和SSC区来源的NUPTs频率分别为27.9个/Kb、14.6个/Kb和15.9个/Kb,这说明IR区序列更容易向核基因组转移。2、为了对NUPTs在染色体上的位置进行定位,我们将叶绿体基因组进行按照约每4,000 bp为一序列单元进行扩增,将回收纯化的序列进行中期染色体荧光原位杂交(Fluorescence in situ hybridization,FISH)。结果表明,共28个探针序列中有23个探针获得稳定的中期染色体FISH杂交信号。其中LSC区来源的15个;IR区来源的6个;SSC区来源的2个。NUPTs在染色体上的分布位置存在叁种模式,其中4个序列定位于着丝粒及着丝粒侧翼区,12个序列在染色体上弥散分布,7个序列特异分布于某特定染色体。根据NUPTs序列的来源来看,LSC和SSC区来源序列主要定位于染色体臂和着丝粒位置,IR区序列主要定位于染色体的着丝粒位置。更为重要的是,我们获得了3个Y染色体特异的NUPTs序列,主要定位于Y染色体的着丝粒区,这也说明NUPTs的插入可能参与了石刁柏性染色体的演化过程。(本文来源于《河南师范大学》期刊2018-05-01）
曹建波,张如华[7]（2018）在《柽柳核基因组微卫星反应体系的建立和优化》一文中研究指出柽柳(Tamarix chinensis Lour.)是耐盐碱的灌木或小乔木,多散生于河漫滩或在沿海滩涂形成大规模群体。对由Illumina测序开发的柽柳微卫星标记反应体系进行了正交试验设计,确定10μL SSR-PCR反应体系的各反应物浓度为Mg2+0.8 mmol/L、d NTPs 0.25 mmol/L、Taq DNA聚合酶0.5 U、引物0.5μmol/L、模板DNA 20 ng。(本文来源于《湖北农业科学》期刊2018年07期）
包文泉[8]（2017）在《基于形态、叶绿体基因组及核基因组SSR的仁用杏分类地位研究》一文中研究指出仁用杏是我国特有的生态经济型树种,也是我国六大木本粮油树种之一。仁用杏浑身是宝,被誉为“铁杆庄家”。与其他杏相比,仁用杏具有适应性强、丰产、出仁率高、营养和经济价值高等优良特点,具有极高的生态维护功能和开发利用潜力。但目前关于仁用杏的分类地位在学术界尚有争议,遗传背景不清晰,阻碍了仁用杏长期育种工程研究的进展,从而制约了这一优良遗传资源的产业化开发。本研究选取仁用杏、普通杏和西伯利亚杏,分别采用形态学分类法、叶绿体全基因组序列比对分析及核基因组SSR分析技术,对仁用杏的分类地位进行了系统研究。主要研究结果如下:1、基于形态特征的遗传多样性分析,发现仁用杏、普通杏和西伯利亚杏在叶片、花、果实、果核、核仁性状上变异类型较多且变异幅度较大,其中,变异系数最大的性状为果肉质量(0.72),最小的为叶形指数(0.05);表明我国仁用杏、普通杏和西伯利亚杏资源具有丰富的遗传变异,其中,普通杏表型变异最丰富,西伯利亚杏次之,而仁用杏遗传多样性最低。2、仁用杏、普通杏和西伯利亚杏叶绿体基因组的测定及分析,发现西伯利亚杏叶绿体基因组最长(158224 bp),仁用杏次之(157994 bp),而普通杏最小(157951 bp),这主要是由于杏属叶绿体基因组LSC和SSC区长度差异造成;杏属叶绿体基因组均由LSC、SSC、IRa和IRb四部分组成,共含有129个基因,包括85个蛋白编码基因、36个tRNA、8个rRNA,其基因顺序与桃、樱桃、梨和烟草等一致,并未发生过重排事件。杏属叶绿体基因组SSR、SNP、indel和IR/SC边界区具有丰富的变异,可用于杏种质鉴定、群体遗传结构和系统进化研究。3、基于核基因组SSR的遗传多样性分析,发现我国仁用杏、普通杏和西伯利亚杏资源具有丰富的遗传多样性(He=0.85,I=2.20),其中,普通杏遗传多样性最高(He=0.76,I=1.64),西伯利亚杏次之(He=0.76,I=1.59),仁用杏最低(He=0.72,I=1.45)。遗传分化(Fst)和基因流(Nm)分析表明,种间Fst和Nm分别为0.07~0.12和2.14~3.18,说明种间存在中等程度的遗传分化,但此时,基因流可以防止遗传漂变引起的遗传分化(Nm>1)。分子方差分析表明,有12.41%的遗传变异来自种间,而87.59%的遗传变异来自种内。4、通过形态指标的单因素方差分析和主成分分析,发现仁用杏绝大多数形态指标大于西伯利亚杏,偏向于普通杏;其中,仁用杏与西伯利亚杏的叶片长、叶片宽、叶柄长等27个性状呈极显着或显着差异;仁用杏与普通杏的果实开裂与否、果实长、果实宽等17个性状呈极显着或显着差异。利用形态特征进行聚类分析,发现仁用杏与普通杏亲缘关系最近。5、基于叶绿体全基因组序列比对分析,发现仁用杏与普通杏、西伯利亚杏间SSR、SNP和indel等遗传变异主要发生在非编码区,其中,仁用杏与西伯利亚杏共有的SSR位点为43个,而仁用杏与普通杏共有的SSR位点为53个;仁用杏与西伯利亚杏间检测到683个SNP,而仁用杏与普通杏间检测到346个SNP;仁用杏与普通杏、西伯利亚杏分别有22和66处发生indel事件。基于叶绿体基因组77个共有蛋白编码基因对28个物种进行系统进化分析显示,杏属植物中仁用杏与普通杏亲缘关系最近。因此,无论是在叶绿体基因组非编码序列还是在编码序列,仁用杏均与普通杏较相似,亲缘关系最近。6、核基因组SSR进行的Structure分析、UPGMA关系树、NJ邻接关系树和PCoA分析结果均显示,仁用杏与普通杏亲缘关系最近;与华北地区(河北、陕西)、西北地区(陕西)、东北地区(辽宁)和华东地区(山东)普通杏具有相似的遗传背景。综上所述,仁用杏与普通杏亲缘关系最近,但是仁用杏与普通杏也具有一定的稳定差异。因此,基于表型特征、叶绿体基因组和核基因组SSR以及种下分类单元的概念,认为仁用杏可能是普通杏的一个变种。(本文来源于《中国林业科学研究院》期刊2017-04-01）
王双辉,刘芮均,兰利琼[9]（2016）在《衣藻的核基因组转化及外源基因转录分析》一文中研究指出通过珠磨法将衣藻表达载体pSP108转入到莱茵衣藻细胞壁缺陷型CC-400藻株中,经抗性筛选及PCR鉴定,获得了24个转化藻株.在抗性基因ble编码序列的中间部位和末端部位分别设计两对不同的探针引物,运用实时荧光定量PCR对转基因藻株进行外源基因转录水平的分析.结果发现:不同转化藻株外源基因的转录水平有明显差异;同一转化藻株两对探针引物,外源基因的转录水平也存在差异.说明莱茵衣藻在转化过程中,外源基因整合到基因组上的片段数量及片段长度和完整性具有不确定性.(本文来源于《四川大学学报(自然科学版)》期刊2016年03期）
谢玮怡,毕燕会,周志刚[10]（2015）在《海带核基因组编码CbbX蛋白的原核表达与纯化》一文中研究指出为研究海带核基因组编码的nuc Cbb X蛋白的结构和功能,根据海带配子体核基因cbb X(Gen Bank登录号:NP_053838)设计含有酶切位点的引物,通过RT-PCR方法获得末端连接NdeⅠ、XhoⅠ酶切位点的完整ORF。序列保守性分析表明,预测的海带成熟nuc Cbb X蛋白序列含具有AAA+结构域、Walker-A和Walker-B ATP结合位点及ATP水解酶和Ru Bis Co活化酶活性相关位点。序列相似度分析表明,海带nuc Cbb X与其质体基因组编码的pt Cbb X和类球红细菌的Rs Cbb X蛋白氨基酸序列相似度均较低,分别为37.4%和36.8%,相比pt Cbb X与Rs Cbb X相似度较高为57.6%。以Rs Cbb X蛋白单体晶体结构模型为模板,预测获得的海带nuc Cbb X蛋白叁级结构中N端为一个α/β子域含有5个α螺旋和5个β折叠,C端为α螺旋子域含有5个α螺旋。为进一步研究海带nuc Cbb X蛋白晶体结构,通过双酶切和连接反应成功构建p ET28a-cbb X原核表达载体,并转化至BL21感受态细胞,获得p ET28a-cbb X/BL21重组菌株。利用终浓度为1%的IPTG进行诱导后,重组蛋白主要以包涵体形式存在,分子量为50.2 k Da,较nuc Cbb X成熟蛋白(44.7 k Da)大。重组蛋白经变性、纯化和复性后用于蛋白结晶,初步获得海带nuc Cbb X蛋白晶体。(本文来源于《华北农学报》期刊2015年02期）
核基因组论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
叁浅裂野牵牛(Ipomoea trifida)是甘薯的亲缘关系较近野生种之一.分析了叁浅裂野牵牛的32 264个具有完整编码框的核基因组基因,长度为165～15 273个核苷酸.根据基因在根、茎、叶中的表达量,选择1 382个低表达基因和1 644个高表达基因.利用CodonW软件分析发现,总基因的密码子有效数(ENC)为53.04,低表达基因的为52.80,高表达基因的为52.01.在总基因、低表达基因和高表达基因中分别发现了3个、9个和5个高频密码子.对低、高表达基因密码子的偏好性分析发现,高表达基因的进化速度低于低表达基因的.研究丰富了植物基因密码子理论,为转基因研究中密码子的优化提供了依据.
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
核基因组论文参考文献
[1].盛文涛,周劲松,贡继尚,李袁飞,饶友生.基于芦笋全雄品种核基因组序列的SSR标记开发及特征分析[C].中国园艺学会2019年学术年会暨成立90周年纪念大会论文摘要集.2019
[2].秦桢,侯夫云,张安,李爱贤,董顺旭.甘薯近缘种叁浅裂野牵牛核基因组密码子分析[J].江苏师范大学学报(自然科学版).2019
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[4].支永强.拟南芥核基因组与大麦叶绿体基因组RNA编辑的鉴定与分析[D].西北农林科技大学.2019
[5].芦超.奥科特比蜢的线粒体基因组、转录组及核基因组探查研究[D].陕西师范大学.2018
[6].贾克利.石刁柏核基因组NUPTs组成和染色体定位研究[D].河南师范大学.2018
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[10].谢玮怡,毕燕会,周志刚.海带核基因组编码CbbX蛋白的原核表达与纯化[J].华北农学报.2015
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