导读:本文包含了类群线粒体论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:线粒体,单倍型类群,喉鳞状细胞癌,基因测序
类群线粒体论文文献综述
佘永川,罗志强,艾文彬,石大志,敬前程[1]（2018）在《线粒体基因组单倍型类群与喉鳞状细胞癌的相关性研究》一文中研究指出目的检测常见线粒体基因组(mtDNA)单倍型A、B、C、D、F、G、M在正常人群及喉癌患者中的分布频率,探讨mtDNA单倍型与喉鳞状细胞癌(laryngeal squamous cell carcinoma,LSCC)发病的相关性。方法选取2013年12月~2015年12月80例LSCC患者作为实验组,同期选取健康体检者74例作为对照组(normal control,NC),提取两组病例的全血DNA,经PCR-扩增、基因测序,划分单倍型及其子单倍型,计算mtDNA单倍型及其子单倍型在不同组的分布频率,运用SPSS 20.0统计学软件进行统计分析,P<0.05为有统计学意义。结果mtDNA单倍型B及D4在LSCC组的分布频率高于NC组(P﹤0.05),且与临床分期无关(P>0.05)。结论mtDNA单倍型B和D4可能是LSCC的风险因素,可以作为LSCC发病的基因筛查参考指标。(本文来源于《中国耳鼻咽喉颅底外科杂志》期刊2018年05期）
王子慧[2]（2018）在《叁种蛾类线粒体基因组及双孔次目（鳞翅目：有喙亚目）相关类群的系统发生分析》一文中研究指出双孔次目是鳞翅目、有喙亚目下的一个全变态昆虫类群,全世界已知种类超过157 000多种,包括全部的蝶类和大多数的蛾类,占全部鳞翅目种类的99%左右。该类昆虫分布十分广泛,与人类的生产和生活活动密切相关,在自然生态系统中占有极其重要的位置。另外,其中的一些类群已成为昆虫学和进化生物学相关领域重要的研究对象和模式生物。然而,迄今为止,有关双孔次目各主要类群间的整体系统发生关系格局尚不明晰,一些类群的系统学地位等问题还存在很多争议,特别是基于形态学和分子生物学的一些研究结果还远未达成共识。昆虫的线粒体基因组是大小为15~19 kb的共价闭环分子,通常包含13个蛋白质编码基因(PCG)、2个rRNA基因,20余个tRNA基因和一个非编码的AT富集区(AT-rich region)。由于它分子量相对较小,携带较为丰富的遗传信息,母系遗传等特点,现已被广泛运用于昆虫其他动物类群的系统分类学的研究中。为了进一步解析双孔次目及其内部有关类群的系统发生关系,本研究新测了3种蛾类(玉带斑蛾、铅斑钩蛾和白缘寡夜蛾,分属于斑蛾总科,钩蛾总科和夜蛾总科)的线粒体基因组全序列,结合已知的其他双孔次目昆虫代表种类的线粒体基因组序列数据,对它们的线粒体基因组结构和组成做了详尽的比较分析;另外,根据13个蛋白质编码基因的核苷酸序列数据,运用贝叶斯演绎法(BI)最大似然法(ML)重建了双孔次目共72个代表种类的系统发生树,以此探讨它们主要类群之间的系统发生关系。与此同时,结合GenBank中已知有关基因序列数据,以贝叶斯演绎法、最大似然法和邻接法(NJ)法的方法重建了3个总科(斑蛾总科,钩蛾总科和夜蛾总科)内部有关类群代表种群间的系统发生关系。线粒体基因组比较分析的研究结果显示,玉带斑蛾、铅斑钩蛾和白缘寡夜蛾的线粒体基因组长度分别是15 383bp、15 564bp、15 320bp。3个完整的线粒体基因组都包括13个PCGs、22个tRNAs、2个rRNAs和一段非编码的AT富集区。其中铅斑钩蛾和白缘寡夜蛾线粒体基因组的基因排列顺序和方向和已知的大多数其他双孔次目昆虫物种一致。但是玉带斑蛾的tRNA~(Glu)和tRNA~(Ser)(AGN)基因发生了重排现象,这种现象同样出现在斑蛾科唯一一个已经公布的线粒体基因组全序列中(黑眉赤心锦斑蛾,NC_025761.1)。由于大多数双孔次目昆虫这两个基因顺序为tRNA~(Ser)(AGN)-tRNA~(Glu),且由重链编码,而在已知的2个斑蛾中基因顺序为t RNA~(Glu)-tRNA~(Ser)(AGN),且由轻链编码,因而,笔者推断这一结构特征可能是斑蛾科线粒体基因组的独特衍征之一。叁种蛾类的PCGs大多都以标准的ATN作为起始密码子,只有COI基因以CGA作为起始密码子;并且大多数PCGs都以标准的TAA为终止密码子,只有少部分PCGs以不完整的T或TA为终止信号。玉带斑蛾、铅斑钩蛾和白缘寡夜蛾的线粒体基因组中均存在基因间隔区和重迭区,间隔区分别有15个、20个和16个,长度由1到58 bp不等;基因重迭区分别是8个、8个和7个,长度由1到8 bp不等。另外,叁种蛾类的线粒体基因组的核苷酸组成都有明显的AT偏倚现象,A+T含量远高于G+C含量,均在80%左右。本文报道了钩蛾总科内第一条线粒体基因组全序列数据,首次将该总科的线粒体基因组全序列运用于双孔次目的分子系统学研究中,根据获得的ML和BI系统发生树,重新探讨了双孔次目各主要类群的系统发生关系,并重点探讨了叁个总科在双孔次目中的系统发生地位。研究结果显示:双孔次目16个总科的系统发生关系为(谷蛾总科+((巢蛾总科+细蛾总科)+((曲须蛾总科+卷蛾总科)+(((木蠹蛾总科+网蛾总科)+斑蛾总科)+(麦蛾总科+((凤蝶总科+弄蝶总科)+(螟蛾总科+(钩蛾总科+(蚕蛾总科+(夜蛾总科+尺蛾总科))))))))。本研究还利用不同的线粒体基因序列数据和不同的建树方法重建了斑蛾总科、钩蛾总科和夜蛾总科的系统发生树。基于ND1、16S rRNA和12S rRNA基因组合序列数据重建的斑蛾总科的BI树显示:斑蛾总科的系统发生关系为((带翅蛾科+短体斑蛾科)+(刺蛾科+(((蝶蛾科+榕蛾科)+拟斑蛾科))+斑蛾科));斑蛾科内四个亚科的系统发生关系为(斑蛾亚科+(小斑蛾亚科+(Callizygaeninae+莹斑蛾亚科)))。基于COI和ND1核苷酸序列数据,以最大似然法(ML)和邻接法(NJ)重建的钩蛾总科系统发生树显示:钩蛾总科的系统发生关系为((凤蛾科+(圆钩蛾亚科+波纹蛾亚科))+(山钩蛾亚科+钩蛾亚科))。基于13个PCGs核苷酸序列数据,重建的夜蛾总科ML树和BI树显示:夜蛾总科系统发生关系为(舟蛾科+(裳蛾科+(瘤蛾科+(尾夜蛾科+夜蛾科))),并且毒蛾科聚在裳蛾科内部。(本文来源于《安徽师范大学》期刊2018-05-01）
陶丽琳[3]（2017）在《线粒体DNA单倍型类群与HBV感染和临床结局相关性研究》一文中研究指出[目的]以慢性HBV感染人群、H]BV自限性感染人群和健康人群为研究对象,获取其线粒体DNA控制区的遗传变异和单倍型类群信息;明确研究组间线粒体DNA变异位点和单倍型类群的分布情况,分析不同人群变异位点和单倍型类群的差异。结合临床数据,探讨候选线粒体DNA突变和单倍型类群与HBV易感性和感染结局的相关性。[方法]我们首先测定了来自云南省第二人民医院肝病内科和体检中心的234例HBV自限性感染人群的外周血的线粒体DNA控制区序列,整合本课题组前期获得的272例慢性HBV感染人群和312例健康人群线粒体DNA控制区序列进行分析。将所获得的数据和修订后的剑桥参考序列(revised Cambridge Refrence Sequence;rCRs)进行比对,我们记录了所有个体线粒体DNA控制区的种系突变信息。根据突变信息,我们参考已发表的世界人群线粒体DNA系统关系发育树,将研究对象的线粒体DNA数据划分到特定的单倍型类群中。通过X2检验,我们对慢性HBV感染人群、HBV自限性感染人群和健康人群线粒体DNA控制区突变和单倍型类群的分布频率进行统计分析。结合临床相关信息,对线粒体DNA单倍型类群的分布频率与临床特征的相关性进行了分析。[结果]1线粒体DNA控制区研究结果:通过对来自云南省第二人民医院肝病内科和体检中心的272例慢性HBV感染者、234例HBV自限性感染者和312例健康对照者外周血线粒体DNA测序,获得818份线粒体DNA控制区全长1124bp测序序列,慢性HBV感染组共计280个多态性位点,HBV自限性感染组共计272个多态性位点,健康对照组共计297个多态性位点;其中慢性HBV感染组与健康对照组重迭多态性位点共计194个,慢性HBV感染组特异位点85个;慢性HBV感染组与HBV自限性感染组重迭多态性位点共计230个,慢性HBV感染组特异性位点50个;HBV自限性感染组和健康对照组重迭多态性位点共计168个,HBV自限性感染组特异性位点104个。通过对818条序列进行了单倍型类群的划分,其中700条序列(慢性HBV感染人群231例,HBV自限性感染人群207例,健康人群262例)划分入14种单倍型类群,分别为M*、M7、M8、C、D、D4、D5、A、R9、F、F1、B、B4、B5。未归入以上14种单倍型类群者共118例(慢性HBV感染人群41例;HBV自限性感染人群27例;健康人群50例)。结合前人的数据进行主成分分析,结果显示我们研究的慢性HBV感染人群、HBV自限性感染人群和健康人群来源一致。2对mtDNA控制区突变位点进行X2检验,慢性HBV感染人群和健康人群突变位点分布的分析显示慢性HBV感染人群携带m.151C>T的突变频率(2.12%)显着低于健康人群(7.37%);慢性HBV感染人群和HBV自限性感染人群的突变位点分布分析显示慢性HBV感染人群携带m.146T>C、m.310C>T、m.310+C、m.523-524AC/del 的突变频率(15.81%,20.22%,70.22%,41.18%)显着高于HBV自限性感染人群(8.54%,11.54%,53.85%,25.64%),慢性HBV感染人群携带m.315+C、m.16274C>T突变频率(5.88%,3.30%)显着低于HBV自限性感染人群(26.92%,7.26%);对HBeAg阳性和HBeAg阴性慢性HBV感染人群的突变位点进行分析显示HBeAg阳性人群携带m.16266C>T的突变频率(9.68%)明显高于HBeAg阴性人群(2.38%)。3 mtDNA单倍群类型分布频率分析,结果显示慢性HBV感染人群携带单倍群类型D5的分布频率(8.09%)明显高于健康人群(3.20%);慢性HBV感染人群携带单倍群类型D5的分布频率(8.09%)明显高于HBV自限性感染人群(3.84%);健康人与HBV自限性感染者、HBeAg阳性与HBeAg阴性慢性HBV感染者中单倍型类群分布无差异。4对携带mtDNA单倍型类群D5和非携带单倍型类群D5的慢性HBV感染人群、HBV自限性感染人群、健康人群、HBeAg阳性和HBeAg阴性慢性HBV感染人群进行一般临床特征分析,结果显示叁组研究对象性别、年龄和肝功能指标无差异;5从性别层面上对男女分别进行单倍型类群分布频率的比对,发现各组间单倍型类群分布无差异。[结论]1线粒体DNA多态性位点m.151C>T在健康人群中的频率显着高于慢性HBV感染者,提示该位点变异可能是慢性HBV感染的潜在保护因素,即未携带该突变的健康人群可能对HBV易感;2 多态性位点 m.146T>C、m.310C>T、m.310+C、m.523-524AC/del 在慢性 HBV感染人群中的频率明显高于HBV自限性感染人群,提示该变异位点可能是HBV持续感染的潜在危险因素;慢性HBV感染者携带m.315+C、m.16247C>T突变频率显着低于HBV自限性感染者,提示该变异位点可能与HBV清除相关;3多态性位点m.16266C>T在HBeAg阳性人群的突变频率明显高于HBeAg阴性人群,提示m.16266C>T变异可能与HBV慢性感染结局不同相关。4 mtDNA单倍型类群D5可能是HBV持续感染的危险因素,且与性别、年龄肝功能无关。(本文来源于《昆明医科大学》期刊2017-05-01）
李兴安,牛庆生,薛运波[4]（2016）在《西方蜜蜂的线粒体DNA细胞色素氧化酶亚基-Ⅰ～细胞色素氧化酶亚基-Ⅱ富含A+T非编码区单倍型类群(续)》一文中研究指出续《中国蜂业》2016年第10期因此,根据A.m.的COI-COII NC单倍型类群分析的原始数据,A.m.非洲世系为DraI RFLP谱图表征的3个COI-COII NC单倍型类群(表1)。在A.m.进化过程中,阿尔卑斯山以北直至乌拉尔山的宽阔地域及其比邻的突尼斯、摩洛哥、撒哈拉沙漠(本文来源于《中国蜂业》期刊2016年11期）
李兴安,牛庆生,薛运波[5]（2016）在《西方蜜蜂的线粒体DNA细胞色素氧化酶亚基-Ⅰ～细胞色素氧化酶亚基-Ⅱ富含A+T非编码区单倍型类群》一文中研究指出西方蜜蜂(Apis mellifera)的线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)细胞色素氧化酶亚基-(Icytochrome C oxidase subunit Ⅰ,COⅠ)~细胞色素氧化酶亚基-Ⅱ(COⅡ)富含A+T非编码区(AT-rich noncoding region,NC)属于高变异DNA序列,既呈现mtDNA长度变异又呈现mtDNA序列变异,它作为mtDNA多态性标记广泛地应用于A.m.地理亚种的DraⅠ酶限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,DraⅠ RFLP)分析和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)分析。在本文中,A.m.非洲世系mtDNA的28种DraⅠ RFLP谱图被归纳为3种COⅠ-COⅡ NC单倍型类群,即P_0、Q元件组成类群,P_1、Q元件组成类群以及P_2、Q元件组成类群;A.m.西部欧洲世系mtDNA的90种DraⅠ RFLP谱图被归纳为1种COⅠ-COⅡ NC单倍型类群,即P、Q元件组成类群;A.m.东部欧洲世系mtDNA的25种SNP谱图被归纳为1种COⅠ-COⅡ NC单倍型类群,即Q元件组成类群;A.m.亚洲世系mtDNA的29种DraⅠ RFLP谱图被归纳为3种COⅠ-COⅡ NC单倍型类群,即P_0、Q元件组成类群,P_0'、Q元件组成类群以及P_1'、Q元件组成类群。本文综述了这个研究进展。(本文来源于《中国蜂业》期刊2016年10期）
蔡必扬[6]（2016）在《线粒体DNA单倍型类群与急性缺血性卒中短期预后的相关性研究》一文中研究指出第一部分线粒体DNA单倍型类群对缺血性卒中严重程度的影响目的：建立急性缺血性卒中队列,分析不同线粒体DNA单倍型类群之间卒中严重程度是否存在差异。方法：从南京卒中注册系统提取2009年12月到2013年10月期间注册的急性缺血性卒中患者,患者入组条件包括：①诊断为急性缺血性卒中,并有CT或MRI作为诊断依据；②首次发生的缺血性卒中；③年龄≥18岁；④汉族；⑤入院美国国立卫生院卒中量表(National Institutes of Health Stroke Scale, NIHSS)评分在5-20之间；⑥同意入组本研究并且留有血标本。排除标准：①卒中前有重大疾病病史将影响预后评估；②发病前有影响到NIHSS评分的情况；③有家族遗传病病史；④缺乏记录入院时NIHSS评分；⑤血标本质量不足以基因分型。收集人口学、脑血管病危险因素、实验室指标、病因亚型TOAST分型。卒中严重程度采用NIHSS评分。选取线粒体DNA叁个片段m.15901-m.l6497、m.42-m.385、m.10400-m.10915使用Sanger法测序。应用MitoTool软件1.1.2版,参考PhyloTree.org数据库16版,对入组患者进行相应的单倍型类分,据此分组,分析对比临床资料。结果：本研究共入组303个病例。其中属于线粒体DNA单倍群A者有22例(6.6%),单倍群B者41例(13.5%),单倍群D者64例(21.1%),单倍群G者16例(5.3%),单倍群M7者25例(8.3%),单倍群M8者27例(8.9%),单倍群N9者19例(6.3%),单倍群R9者40例(13.2%),其余较少比例的单倍群者共51例(16.8%),合并为“其它单倍群”组。各单倍群间,年龄(P=0.525)、性别(P=0.138)、高血压病史(P=0.260)、糖尿病史(P=0.653)、房颤史(P=0.912)、吸烟史(P=0.305)、饮酒史(P=0.638)、血清甘油叁酯(P=0.458)、血清总胆固醇(P=0.747)、高密度脂蛋白胆固醇(P=0.846)、低密度脂蛋白胆固醇(P=0.903)、病因亚型TOAST分型(P=0.466)未见显着的统计学差异；多组入院NIHSS评分对比,Kruskal-Wallis检验显示出至少有两组有显着统计学差异(P=0.049),事后分析NIHSS评分总体水平最高组为单倍群G组(10[7.25-12.75]),而最低组为单倍群R9组(6.5[5-8.75]),而两组之间无显着统计学差异(P=0.012,Bonferroni校正P=0.187)。广义线性模型分析显示,线粒体DNA单倍型类群对入院NIHSS评分无显着影响(P=0.057),在校正年龄后(P=0.200)或在校正全部影响因素后(P=0.102)仍然未见统计学意义。结论：线粒体DNA单倍型类群并不影响缺血性卒中常见危险因素的水平和分布。本研究中未观察到线粒体DNA单倍型类群与卒中神经功能缺损程度有显着相关,说明不同的线粒体DNA单倍型类群未造成缺血性脑卒中严重程度的差异。第二部分线粒体DNA单倍型类群对缺血性卒中短期神经功能预后的影响目的：根据发病14天的NIHSS变化(对比入院时)和发病14天的改良Rankin量表(modified Rankin Scale, mRS)评分,分析不同神经功能预后组、不同临床预后组中预测因子的差异；评估线粒体DNA单倍型类群对缺血性卒中短期神经功能预后(NIHSS评分变化)及临床预后(mRS评分)的影响。方法：从南京卒中注册系统中提取303例患者(同第一部分),根据入院及发病14天的NIHSS变化评估预后,将患者分为短期神经功能预后改善组(NIHSS评分减小2分或以上者)、稳定组(NIHSS评分减小1分或不变者)及恶化组(NIHSS评分有任意的增加)。同时收集患者住院期间应用的药物治疗情况。临床预后分组则根据14天mRS评分,将患者分为良好预后组(mRS≤2分)和不良预后组(mRS>2分)。统计分析不同组间人口学、脑血管病的危险因素、实验室指标、病因亚型TOAST分型以及住院期间用药情况的差异是否显着从而总结出短期神经功能预后和临床预后的预测因子。通过广义线性模型、Logistic回归分析评估线粒体DNA单倍型类群与缺血性脑卒中短期神经功能预后及临床预后的关联性。结果：神经功能预后分组中,改善组有162人(53.5%),稳定组有103人(34.0%),恶化组有38人(12.5%)；高血压病史(P<0.001)、糖尿病史(P=0.006)、住院期间是否应用降压药(P=0.023)、降糖药(P=0.022)、他汀类药物(P=0.019)此5个因素有显着统计学差异。等级回归分析显示,在校正年龄、高血压病史、糖尿病史、应用降压药、降糖药、他汀类药物变量后,线粒体DNA单倍型类群N9为短期神经功能预后的独立保护因素(OR= 0.39,95% CI:0.20.0.75,P=0.005),其余线粒体DNA单倍群未见显着关联性；在校正其余用药变量后N9的保护作用仍然显着(OR=0.38, 95% CI:0.20-0.74,P=0.004)。临床预后分析显示入院NIHSS评分(P<0.001)与TOAST亚型(P=0.007)为其预测因子,校正此两者及年龄叁个变量后,未见线粒体DNA单倍群与临床预后有显着关联性。结论：线粒体DNA单倍型类群N9为缺血性卒中短期神经功能预后的独立保护因素,此结果说明线粒体DNA对缺血性卒中的疾病发展及功能恢复有一定作用,具体作用仍需进一步探索。(本文来源于《南京大学》期刊2016-05-01）
佘永川[7]（2016）在《湖南人群线粒体基因组单倍型类群与喉鳞状细胞癌的相关性研究》一文中研究指出目的:检测常见线粒体基因组(mitochondrial DNA,mtDNA)单倍型A、B、C、D、F、G、M在中国湖南正常人群及喉癌患者中的分布频率,探讨mtDNA单倍型与喉鳞状细胞癌(laryngeal squamous cell cancer,LSCC)发病的相关性。方法:选取中国湖南地区散发LSCC患者80例,正常对照(normal control,NC)74例,抽取外周静脉血液经EDTA抗凝,提取全血DNA,经PCR-扩增mt DNA D-loop区及及线粒体呼吸链复合酶I编码区亚单位中的ND3、ND4L区、测序,对照剑桥标准序列找出突变位点,划分单倍型及其子单倍型,分别计算mtDNA单倍型及其子单倍型在不同组的分布频率,运用SPSS 20.0统计分析,P<0.05为有统计学意义。结果:1、mtDNA单倍型B在LSCC组的分布频率高于NC组(17.5%vs.6.8%,P=0.04,OR=2.93,95%Cl=0.99-8.58);mtDNA单倍型D4在LSCC组的分布频率高于NC组(10%vs.0%,P=0.02,OR=1.11,95%Cl=1.03-1.62),差异均有显着统计学意义;2、LSCC组中,受试年龄≥50岁受检者mtDNA单倍型A、B、C、D、F、G、M检出率分别为(4.7%、20.9%、0%、16.3%、9.3%、7%、27.9%),受试年龄<50岁受检者,mtDNA单倍型A、B、C、D、F、G、M检出率分别为(16.2%、13.5%、5.4%、27%、13.5%、0%、27%),经统计学分析差异无显着性意义,P>0.05;3、NC组中,受试年龄≥50岁受检者mtDNA单倍型A、B、C、D、F、G、M检出率分别为(9.7%、7.3%、4.9%、26.8%、26.8%、2.5%、29.3%),受试年龄<50岁受检者mtDNA单倍型A、B、C、D、F、G、M检出率分别为(6.1%、0%、0%、9.1%、9.1%、6.1%、21.2%),经统计学分析差异无显着性意义,P>0.05;4、LSCC组中mt DNA单倍型B和D4分布频率与LSCC临床分期无相关性。结论:1湖南人群中mtDNA单倍型B和D4可能是LSCC的风险因素,可能作为湖南地区人群LSCC发病的基因筛查参考标志;2、mtDNA单倍型的分布频率在湖南人群与年龄无相关性。(本文来源于《南华大学》期刊2016-05-01）
夏雪琴,陈晓,夏琛琛,石庆会,郝家胜[8]（2016）在《基于线粒体COI和Cytb基因的中国灰蝶叁亚科主要类群间的系统发育关系分析》一文中研究指出【目的】针对中国灰蝶科中亲缘关系较近的3个主要亚科[灰蝶亚科(Lycaeninae)、线灰蝶亚科(Theclinae)以及眼灰蝶亚科(Polyommatina)],基于线粒体基因序列数据研究它们主要类群间的系统发育关系。【方法】对3亚科共53种灰蝶的线粒体COI和Cytb基因进行序列测定和序列变异分析,同时,基于最大似然法(maximum likelihood,ML)和贝叶斯法(bayesian inference,BI)等建树方法重建53种灰蝶的系统发育树。【结果】串联的2个基因共1 431 bp,其中保守位点855个,可变位点576个,简约信息位点488个;A+T的平均含量为74.5%,明显高于G+C的平均含量(25.5%)。系统树显示,灰蝶亚科以及眼灰蝶亚科均是单系发生,线灰蝶亚科则为并系群。全部灰蝶物种共分为叁大支系:灰蝶亚科为第1支系;眼灰蝶亚科与线灰蝶亚科中的旖灰蝶族(Hypolycaenini)、富丽灰蝶族(Aphnaeini)分别构成单系群并互为姊妹群,它们共同构成第2支系;线灰蝶亚科中的美灰蝶族(Eumaeini)、玳灰蝶族(Deudorigini)、娆灰蝶族(Arhopalini)和线灰蝶族(Theclini)构成第3支系,其亲缘关系为:(((线灰蝶族+娆灰蝶族)+玳灰蝶族)+美灰蝶族)。【结论】本研究涉及的3个灰蝶亚科中,灰蝶亚科是一个独立的支系,眼灰蝶亚科与线灰蝶亚科之间有较近的亲缘关系,但它们内部主要类群间的系统发育关系还需要进一步的研究。(本文来源于《昆虫学报》期刊2016年01期）
林敏平,李晓东,韦仕珍,邓维安[9]（2015）在《蚱总科昆虫部分类群线粒体COI基因序列与系统发育关系》一文中研究指出为构建蚱总科昆虫的系统发育关系,探讨蚱总科传统分类和分子系统发育关系的异同,扩增并测定了16种蚱类昆虫COI基因部分序列,结合NCBI记录,对蚱总科6科17属41种蚱的COI基因597bp序列,分别采用邻接法(NJ)、最简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)重建蚱总科的系统发育关系。结果表明:蚱总科为一单系类群,其中蚱科较为进化,其次为刺翼蚱科,其余各科在蚱总科中的位置不确定,枝背蚱科、刺翼蚱科、短翼蚱科、蚱科均不是单系类群;在属的水平上,股沟蚱属、优角蚱属、瘤蚱属是单系类群,瘤蚱属与优角蚱属形成姐妹群,其他属不是单系类群,拟后蚱属应归入蚱科;在种的水平上,细庭蚱Hedotettix gracilis、粗体蚱Tetrix grossus、日本蚱Tetrix japonica种内分化明显。(本文来源于《华中农业大学学报》期刊2015年06期）
王啸轩,栾庆先[10]（2014）在《侵袭性牙周炎和线粒体基因单倍体类群的相关性研究》一文中研究指出目的研究侵袭性牙周炎是否和特定的线粒体基因单倍体类群相关。方法根据牙周疾病和状况的国际新分类(1999)纳入了55例侵袭性牙周炎者和50例健康对照者。提取血细胞基因组DNA,采用3对引物扩增血细胞线粒体基因组非编码区,测序并将测序结果和修订后的剑桥参考序列进行比对,分析线粒体基因的单倍体类群。用卡方检验比较各单倍体类群在两组间的分布频率,进而用logistic回归的方法分析单倍体类群和侵袭性牙周炎的相关性。结果单倍体类群A和N在侵袭性牙周炎组的分布频率高于对照组(p分别为0.022,0.004),单倍体类群M7,D和M在对照组的分布频率高于侵袭性牙周炎组(p分别为0.032,0.000和0.004)。侵袭性牙周炎和单倍体类群A,N,M7,D,M有统计学相关性。非编码区"C夹"多态性在两组间没有统计学差异。结论侵袭性牙周炎的致病机制很复杂,遗传特点尚不明确,本研究第一次发现侵袭性牙周炎可能和线粒体基因单倍体类群相关,单倍体类群A和N可能为侵袭性牙周炎的危险因素,单倍体类群M7,D和M可能为侵袭性牙周炎的保护因素。这可能为侵袭性牙周炎的遗传学研究提供新思路。(本文来源于《第十二次全国医学遗传学学术会议论文汇编》期刊2014-04-18）
类群线粒体论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
双孔次目是鳞翅目、有喙亚目下的一个全变态昆虫类群,全世界已知种类超过157 000多种,包括全部的蝶类和大多数的蛾类,占全部鳞翅目种类的99%左右。该类昆虫分布十分广泛,与人类的生产和生活活动密切相关,在自然生态系统中占有极其重要的位置。另外,其中的一些类群已成为昆虫学和进化生物学相关领域重要的研究对象和模式生物。然而,迄今为止,有关双孔次目各主要类群间的整体系统发生关系格局尚不明晰,一些类群的系统学地位等问题还存在很多争议,特别是基于形态学和分子生物学的一些研究结果还远未达成共识。昆虫的线粒体基因组是大小为15~19 kb的共价闭环分子,通常包含13个蛋白质编码基因(PCG)、2个rRNA基因,20余个tRNA基因和一个非编码的AT富集区(AT-rich region)。由于它分子量相对较小,携带较为丰富的遗传信息,母系遗传等特点,现已被广泛运用于昆虫其他动物类群的系统分类学的研究中。为了进一步解析双孔次目及其内部有关类群的系统发生关系,本研究新测了3种蛾类(玉带斑蛾、铅斑钩蛾和白缘寡夜蛾,分属于斑蛾总科,钩蛾总科和夜蛾总科)的线粒体基因组全序列,结合已知的其他双孔次目昆虫代表种类的线粒体基因组序列数据,对它们的线粒体基因组结构和组成做了详尽的比较分析;另外,根据13个蛋白质编码基因的核苷酸序列数据,运用贝叶斯演绎法(BI)最大似然法(ML)重建了双孔次目共72个代表种类的系统发生树,以此探讨它们主要类群之间的系统发生关系。与此同时,结合GenBank中已知有关基因序列数据,以贝叶斯演绎法、最大似然法和邻接法(NJ)法的方法重建了3个总科(斑蛾总科,钩蛾总科和夜蛾总科)内部有关类群代表种群间的系统发生关系。线粒体基因组比较分析的研究结果显示,玉带斑蛾、铅斑钩蛾和白缘寡夜蛾的线粒体基因组长度分别是15 383bp、15 564bp、15 320bp。3个完整的线粒体基因组都包括13个PCGs、22个tRNAs、2个rRNAs和一段非编码的AT富集区。其中铅斑钩蛾和白缘寡夜蛾线粒体基因组的基因排列顺序和方向和已知的大多数其他双孔次目昆虫物种一致。但是玉带斑蛾的tRNA~(Glu)和tRNA~(Ser)(AGN)基因发生了重排现象,这种现象同样出现在斑蛾科唯一一个已经公布的线粒体基因组全序列中(黑眉赤心锦斑蛾,NC_025761.1)。由于大多数双孔次目昆虫这两个基因顺序为tRNA~(Ser)(AGN)-tRNA~(Glu),且由重链编码,而在已知的2个斑蛾中基因顺序为t RNA~(Glu)-tRNA~(Ser)(AGN),且由轻链编码,因而,笔者推断这一结构特征可能是斑蛾科线粒体基因组的独特衍征之一。叁种蛾类的PCGs大多都以标准的ATN作为起始密码子,只有COI基因以CGA作为起始密码子;并且大多数PCGs都以标准的TAA为终止密码子,只有少部分PCGs以不完整的T或TA为终止信号。玉带斑蛾、铅斑钩蛾和白缘寡夜蛾的线粒体基因组中均存在基因间隔区和重迭区,间隔区分别有15个、20个和16个,长度由1到58 bp不等;基因重迭区分别是8个、8个和7个,长度由1到8 bp不等。另外,叁种蛾类的线粒体基因组的核苷酸组成都有明显的AT偏倚现象,A+T含量远高于G+C含量,均在80%左右。本文报道了钩蛾总科内第一条线粒体基因组全序列数据,首次将该总科的线粒体基因组全序列运用于双孔次目的分子系统学研究中,根据获得的ML和BI系统发生树,重新探讨了双孔次目各主要类群的系统发生关系,并重点探讨了叁个总科在双孔次目中的系统发生地位。研究结果显示:双孔次目16个总科的系统发生关系为(谷蛾总科+((巢蛾总科+细蛾总科)+((曲须蛾总科+卷蛾总科)+(((木蠹蛾总科+网蛾总科)+斑蛾总科)+(麦蛾总科+((凤蝶总科+弄蝶总科)+(螟蛾总科+(钩蛾总科+(蚕蛾总科+(夜蛾总科+尺蛾总科))))))))。本研究还利用不同的线粒体基因序列数据和不同的建树方法重建了斑蛾总科、钩蛾总科和夜蛾总科的系统发生树。基于ND1、16S rRNA和12S rRNA基因组合序列数据重建的斑蛾总科的BI树显示:斑蛾总科的系统发生关系为((带翅蛾科+短体斑蛾科)+(刺蛾科+(((蝶蛾科+榕蛾科)+拟斑蛾科))+斑蛾科));斑蛾科内四个亚科的系统发生关系为(斑蛾亚科+(小斑蛾亚科+(Callizygaeninae+莹斑蛾亚科)))。基于COI和ND1核苷酸序列数据,以最大似然法(ML)和邻接法(NJ)重建的钩蛾总科系统发生树显示:钩蛾总科的系统发生关系为((凤蛾科+(圆钩蛾亚科+波纹蛾亚科))+(山钩蛾亚科+钩蛾亚科))。基于13个PCGs核苷酸序列数据,重建的夜蛾总科ML树和BI树显示:夜蛾总科系统发生关系为(舟蛾科+(裳蛾科+(瘤蛾科+(尾夜蛾科+夜蛾科))),并且毒蛾科聚在裳蛾科内部。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
类群线粒体论文参考文献
[1].佘永川,罗志强,艾文彬,石大志,敬前程.线粒体基因组单倍型类群与喉鳞状细胞癌的相关性研究[J].中国耳鼻咽喉颅底外科杂志.2018
[2].王子慧.叁种蛾类线粒体基因组及双孔次目（鳞翅目：有喙亚目）相关类群的系统发生分析[D].安徽师范大学.2018
[3].陶丽琳.线粒体DNA单倍型类群与HBV感染和临床结局相关性研究[D].昆明医科大学.2017
[4].李兴安,牛庆生,薛运波.西方蜜蜂的线粒体DNA细胞色素氧化酶亚基-Ⅰ～细胞色素氧化酶亚基-Ⅱ富含A+T非编码区单倍型类群(续)[J].中国蜂业.2016
[5].李兴安,牛庆生,薛运波.西方蜜蜂的线粒体DNA细胞色素氧化酶亚基-Ⅰ～细胞色素氧化酶亚基-Ⅱ富含A+T非编码区单倍型类群[J].中国蜂业.2016
[6].蔡必扬.线粒体DNA单倍型类群与急性缺血性卒中短期预后的相关性研究[D].南京大学.2016
[7].佘永川.湖南人群线粒体基因组单倍型类群与喉鳞状细胞癌的相关性研究[D].南华大学.2016
[8].夏雪琴,陈晓,夏琛琛,石庆会,郝家胜.基于线粒体COI和Cytb基因的中国灰蝶叁亚科主要类群间的系统发育关系分析[J].昆虫学报.2016
[9].林敏平,李晓东,韦仕珍,邓维安.蚱总科昆虫部分类群线粒体COI基因序列与系统发育关系[J].华中农业大学学报.2015
[10].王啸轩,栾庆先.侵袭性牙周炎和线粒体基因单倍体类群的相关性研究[C].第十二次全国医学遗传学学术会议论文汇编.2014