导读:本文包含了复合区间作图论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:区间,标记,家系,性状,林木,同胞,数量。
复合区间作图论文文献综述
马超[1]（2015）在《林木QTL复合区间作图统计方法及其在杨树上的应用》一文中研究指出QTL复合区间作图法自提出以来就由于其稳定的理论基础和较好的检测效力得到广泛的应用,它不仅保留了区间作图法的优点,还充分利用了基因组上其他标记的信息,可以同时检测到多个QTL并有较高的精确度。近年来不断有研究者在复合区间作图法的基础上进行改进,以达到能够检测多种QTL效应、提升QTL检测的准确度、用复合区间作图法来寻找动态性状等目的。但这些方法都只针对近交群体(回交群体、F2群体等),对于林木这样的异交群体来说,简单的套用近交群体的QTL作图方法会大大降低作图精度,因此,有必要建立一个适合林木自身特性的QTL复合区间作图统计方法。本研究针对林木二倍体全同胞家系,考虑了可能出现的所有QTL类型(QQ?Qq、Qq?QQ、Qq?Qq、qQ?Qq、1 2 3 4Q Q?Q Q),并将全同胞家系中所有的标记分离类型(1:1,1:2:1,1:1:1:1)和连锁相类型(c?c,c?r,r?c,r?r)考虑到模型中,建立了林木F1代复合区间作图统计方法,利用EM算法得到模型中未知参数的极大似然估计。根据模拟的结果可看出,该模型能够较为准确的估算出QTL的位置和效应,并且误差均方根也较小,说明模型在定位QTL和参数估计方面有明显的效力。采用逐步回归法来确定拟合在模型中作为背景标记的标记个数,以保证所有的标记都是最优标记。模型共有四个可控因素:群体大小,遗传力水平,背景标记的个数以及定位时所开的窗口大小。模拟实验证明这四个可控因素都会在一定程度上影响QTL定位的精确度。在群体大小和遗传力水平确定的情况下,需要根据实际情况考虑背景标记的个数以及窗口大小,以使QTL定位的最终结果较为精确。采用建立的复合区间作图统计方法分析一组杨树的实际数据,材料为美洲黑杨与小叶杨的高密度遗传图谱,采用双亲及其子代的树高和胸径数据进行QTLs定位研究。最终找到了8个与树高有关的QTLs,其中有6个来自母本美洲黑杨,联合可解释表型变异的51.1%,2个来自父本小叶杨,联合可解释表型变异的30%;找到了7个与胸径有关的QTLs,其中5个来自美洲黑杨,联合可解释表型变异的30.7%,2个来自小叶杨,联合可解释表型变异的39.7%。利用R语言编写了林木全同胞家系复合区间作图程序包——FsQTLCIMmap_1.0。该程序包可对全同胞家系群体进行QTL作图,适用于含有多种标记分离类型以及连锁相未知的全同胞家系群体,可进行相应的统计分析。R语言操作简单,方便大家使用。(本文来源于《南京林业大学》期刊2015-06-01）
郎咸业[2]（2012）在《林木数量性状基因位点复合区间作图法及软件开发》一文中研究指出林木作为多年生异花授粉植物，具有遗传杂合度高，生长周期漫长等复杂的生物学特性，它很难或者根本不可能产生近交系，也就无法直接将近交系中的数量性状基因（QTL）定位统计方法直接应用到林木中来，使得当前所开发的绝大多数QTL定位软件均不太适应于林木，从而导致林木分子数量遗传学的发展较为缓慢。因此，如何能进行深层次的林木数量性状研究是当前林木功能基因组学的一个重要课题。本文基于由各种分离类型的分子标记构建的林木遗传连锁图谱，建立了利用林木杂交F1代群体进行林木复合区间QTL作图的统计分析模型。同时开发了与之相对应的统计计算软件，软件严格按照林木特性要求和复合区间作图方法的步骤而设计，主要包括opendata()、GenerateMarkType()、QtlCimMap()、Single()和FreqRecomABQ()等多个子函数。使用置换表型数据的方法来确定LOD的临界值以判断基因组上某个位置是否是QTL。通过计算机随机模拟，验证了林木复合区间统计模型及其软件对相关数据计算的准确性。最后，对杨树生根性状进行QTL定位，发现在杨树第3个连锁群第11个标记区间13cM处存在一个控制杨树生根性状的QTL。本研究为林木育种工作者精确地进行林木QTL定位提供了一个强有力的分析工具。(本文来源于《南京林业大学》期刊2012-06-01）
施季森,童春发[3]（2004）在《利用改进的复合区间作图法和F_1代群体进行杉木的QTL作图》一文中研究指出区间作图和复合区间作图最先是为近交群体而设计的QTL作图方法 ,现已得到了广泛的应用。本文将它们应用于林木的F1代群体的QTL作图 ,称为改进的区间作图和复合区间作图法。该方法考虑了林木F1代 1∶1分离位点的信息 ,不同于通常的“拟测交”作图法。采用该方法 ,本文利用两个杉木无性系句容 0号杉和柔叶杉的AFLP分子标记遗传连锁图谱对杉木的 13个数量性状进行了QTL定位。当似然比统计量的阀值取为 13 82 (对应于LOD为 3 0 )时 ,在两张杉木遗传连锁图谱上 ,共搜索到了 2 5个QTL。在句容 0号无性系遗传连锁图谱上 ,有 5个QTL分布在 4个连锁群上。在柔叶杉的遗传连锁图谱上 ,有 2 0个QTL分布在 3个连锁群上 ,其中第 6连锁群上集中了高达 13个QTL。这一新的QTL作图方法在作图精度上有了较大的提高。文中所有的计算都是使用Mathematica软件编程完成的。(本文来源于《分子植物育种》期刊2004年01期）
高用明,万平[4]（2002）在《QTL复合区间作图中标记筛选的效率及其影响因素研究》一文中研究指出高效地筛选标记 ,是复合区间作图方法定位QTLs的基础。筛选出的主效标记和互作标记 ,除了用作控制背景遗传效应外 ,在定位具有上位性效应的QTLs时 ,还将用于构筑两维搜索区间。因而 ,标记筛选的效率将直接影响QTL定位的功效和精度。通过对不同方法筛选标记的效率进行模拟研究 ,发现回归方法明显优于随机效应预测方法 ,同归方法中又以前向选择法简单有效。普通遗传力和基因型×环境互作遗传力的增加都能提高标记筛选效率 ,前者对主效应较大的QTLs影响明显 ,后者对主效应较小的QTLs作用较大。过多过密的标记会降低标记筛选效率 ,其中密度增加对标记筛选的负作用更为突出。为了缓解标记筛选效率制约QTL定位功效的缺陷 ,可以用多环境下筛选出的标记共同构建两维搜索区间(本文来源于《遗传学报》期刊2002年06期）
胡中立[5]（2000）在《对QTL复合区间作图法的一点改进》一文中研究指出提出了“分子标记的遗传编码及其复合原则”,并构造出能够反映各级 QTL 互作效应的复合标记变量 X ,X ,… ,Xk;从理论上证明了各级复合标记变量与所有标记变量 X 之间相互独立 ,并给出了各个复合标记变量对数量性状 Y的偏回归系数的遗传学期望 .基于这些理论结果 ,进而探讨了对复合区间作图的改进方案(本文来源于《武汉大学学报(自然科学版)》期刊2000年06期）
复合区间作图论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
林木作为多年生异花授粉植物，具有遗传杂合度高，生长周期漫长等复杂的生物学特性，它很难或者根本不可能产生近交系，也就无法直接将近交系中的数量性状基因（QTL）定位统计方法直接应用到林木中来，使得当前所开发的绝大多数QTL定位软件均不太适应于林木，从而导致林木分子数量遗传学的发展较为缓慢。因此，如何能进行深层次的林木数量性状研究是当前林木功能基因组学的一个重要课题。本文基于由各种分离类型的分子标记构建的林木遗传连锁图谱，建立了利用林木杂交F1代群体进行林木复合区间QTL作图的统计分析模型。同时开发了与之相对应的统计计算软件，软件严格按照林木特性要求和复合区间作图方法的步骤而设计，主要包括opendata()、GenerateMarkType()、QtlCimMap()、Single()和FreqRecomABQ()等多个子函数。使用置换表型数据的方法来确定LOD的临界值以判断基因组上某个位置是否是QTL。通过计算机随机模拟，验证了林木复合区间统计模型及其软件对相关数据计算的准确性。最后，对杨树生根性状进行QTL定位，发现在杨树第3个连锁群第11个标记区间13cM处存在一个控制杨树生根性状的QTL。本研究为林木育种工作者精确地进行林木QTL定位提供了一个强有力的分析工具。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
复合区间作图论文参考文献
[1].马超.林木QTL复合区间作图统计方法及其在杨树上的应用[D].南京林业大学.2015
[2].郎咸业.林木数量性状基因位点复合区间作图法及软件开发[D].南京林业大学.2012
[3].施季森,童春发.利用改进的复合区间作图法和F_1代群体进行杉木的QTL作图[J].分子植物育种.2004
[4].高用明,万平.QTL复合区间作图中标记筛选的效率及其影响因素研究[J].遗传学报.2002
[5].胡中立.对QTL复合区间作图法的一点改进[J].武汉大学学报(自然科学版).2000
论文知识图
