扩增区域对鲊广椒细菌MiSeq测序的影响

论文摘要

在使用引物27F/338R、338F/806R和515F/907R分别对细菌16S rRNA基因的V1～V2区、V3～V4区和V4～V5区进行扩增的基础上,采用MiSeq高通量测序评价扩增区域对鲊广椒细菌多样性分析结果的影响。结果发现,扩增16S rRNA基因V4～V5区的非特异性序列所占比例显著偏低（P<0.05）,而扩增V1～V2区样品细菌的Chao 1指数显著偏高（P<0.05）。虽然扩增16S rRNA基因的V3～V4区会导致Cyanobacteria（蓝细菌门）和Pediococcus（小球菌）相对含量显著偏高（P<0.05）,但不同扩增区域扩增出的同一样品其微生物群落结构无显著差异（P>0.05）。在对鲊广椒细菌多样性进行解析时,建议选择引物515F/907R扩增16S rRNA基因的V4～V5区。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料与试剂
•   1.2 仪器与设备
•   1.3 方法
•     1.3.1 样本采集及DNA提取
•     1.3.2?PCR扩增及产物纯化
•     1.3.3 文库构建及MiSeq高通量测序
•     1.3.4 序列质控
•     1.3.5 生物信息学分析方法
•     1.3.6 核酸登录号
•   1.4 数据统计分析
• 2 结果与分析
•   2.1 基于非特异性扩增及序列长度的引物对MiSeq测序的影响
•   2.2 基于各分类学地位相对含量的引物对MiSeq测序的影响
•   2.3 基于群落结构的引物对MiSeq测序的影响
• 3 结论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 王玉荣,杨成聪,葛东颖,尚雪娇,张振东,郭壮

关键词: 鲊广椒,引物,扩增区域,测序,细菌多样性

来源: 食品科学 2019年10期

年度: 2019

分类: 工程科技Ⅰ辑,基础科学

专业: 生物学,轻工业手工业

单位: 湖北文理学院食品科学技术学院鄂西北传统发酵食品研究所

基金: 湖北文理学院教师科研能力培育基金项目(2017kypy051)

分类号: TS201.3

页码: 134-140

总页数: 7

文件大小: 1356K

下载量: 170