基于蛋白互作网络分析SNRPB在肝癌发生中的作用

论文摘要

本研究旨在探讨SNRPB影响肝细胞癌发生的分子机制及其与患者预后的关系。利用Oncomine数据库分析SNRPB基因在肝细胞癌中的表达水平,从GEO数据库GSE14520中筛选出与SNRPB共表达的基因,STRING构建蛋白互作网络,Cytoscape识别网络模块进行聚类分析,Kaplan-Meier法分析SNRPB基因表达与肝细胞癌预后的关系。Oncomine数据库中3个数据集均显示SNRPB在肝细胞癌组织中高表达,SNRPB共表达基因构建的蛋白互作网络中识别出3个网络模块,GO分析发现网络模块中涉及基因主要参与有丝分裂细胞周期和G1/S有丝分裂细胞周期的转变等生物过程,KEGG分析发现网络模块中涉及基因主要参与细胞周期和DNA复制等信号通路,此外肝细胞癌中SNRPB基因表达水平与患者预后相关。上述结果表明,SNRPB可能通过调控细胞周期信号通路影响肝细胞癌的发生,可以作为一个候选的肝细胞癌临床预后标志物和潜在的治疗靶点。

论文目录

• 1 结果与分析
•   1.1 SNRPB在肝细胞癌组织中高表达
•   1.2 GSE14520中筛选SNRPB共表达基因
•   1.3 SNRPB共表达基因蛋白互作网络构建
•   1.4 网络模块1的GO分析和KEGG分析
•   1.5 网络模块2的GO分析和KEGG分析
•   1.6 网络模块3的GO分析和KEGG分析
•   1.7 SNRPB表达与肝细胞癌预后的关系
• 2 讨论
• 3 材料与方法
•   3.1 数据集的获取
•   3.2 GSE14520中筛选SNRPB共表达基因
•   3.3 蛋白质相互作用网络构建与网络模块筛选
•   3.4 GO分析和KEGG分析
•   3.5 生存分析
• 作者贡献

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 李康智,王小燕,莫之婧

关键词: 肝细胞癌,小核糖核蛋白相关蛋白,蛋白互作网络,细胞周期

来源: 基因组学与应用生物学 2019年10期

年度: 2019

分类: 基础科学,医药卫生科技

专业: 肿瘤学

单位: 桂林医学院生物技术学院

基金: 国家自然科学基金地区基金(31660317),广西高校中青年教师基础能力提升项目(2018KY0407)共同资助

分类号: R735.7

DOI: 10.13417/j.gab.038.004673

页码: 4673-4679

总页数: 7

文件大小: 3255K

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