一种用于“自顶向下”质谱数据分析的软件及其在蛋白质光解离质谱中的应用

论文摘要

随着完整蛋白质离子碎裂技术的发展及其在自顶向下（Top-down,TD）蛋白质组学中的运用,蛋白质裂解的碎片质谱可提供更加丰富的碎片信息,因此,开发新的算法用于碎片离子的自动分析,已经成为自顶向下蛋白质组学中非常重要的任务。本研究开发了一个应用于分析自顶向下质谱数据的软件（Nan Kai Top-Down, NKTD）,其主要特点是采用"由一到多"式的寻找同位素峰簇的方法,实现了对重叠谱峰的自动解析。算法对已识别离子进行数据后处理和分析的结果有利于研究蛋白质离子在不同碎裂技术下产生的碎片离子信息。利用此软件对泛素蛋白离子在红外多光子解离（IRMPD）和紫外光解离（UVPD）两种裂解方法下的数据进行分析,结果表明,泛素蛋白离子在UVPD方法下产生的碎片离子种类非常丰富,其裂解位点覆盖率也远优于IRMPD方法。更为重要的是,在自顶向下质谱学中,这两种裂解方式具有良好的互补性。

论文目录

• 1 引 言
• 2 实验部分
•   2.1 仪器与试剂
•   2.2 实验方法
•     2.2.1 样品制备
•     2.2.2 FT-ICR高分辨质谱
• 3 算法设计
•   3.1 数据库的建立
•   3.2 实验谱峰寻找
•   3.3 谱峰匹配
•   3.4 数据处理
•   3.5 软件操作界面
• 4 结果与讨论
•   4.1 碎片质谱解析
•   4.2 碎片质谱数据分析
• 5 结 论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 周敏,石莹莹,张凯林,张先燚,孔祥蕾

关键词: 自顶向下,蛋白质,谱峰识别,红外多光子解离,紫外光解离

来源: 分析化学 2019年08期

年度: 2019

分类: 工程科技Ⅰ辑

专业: 化学

单位: 南开大学化学学院元素有机化学国家重点实验室,安徽师范大学物理与电子信息学院,天津大学精密仪器与光电子工程学院,南开大学天津化学化工协同创新中心

基金: 国家自然科学基金项目(Nos.21627801,21475065)资助~~

分类号: O657.63;O629.73

DOI: 10.19756/j.issn.0253-3820.191209

页码: 1153-1170

总页数: 18

文件大小: 4328K

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