导读:本文包含了无内含子的论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:葡萄,无内含子基因,生物信息学,亚细胞定位预测
无内含子的论文文献综述
李傲,崔梦杰,刘众杰,陈立德,贾海峰[1]（2018）在《葡萄基因组无内含子基因生物信息学及其表达分析》一文中研究指出[目的]本文旨在研究葡萄(Vitis vinifera)无内含子基因的结构特征、功能以及表达特点。[方法]对葡萄19条染色体上4 906个(占整个基因组的13.8%)无内含子基因情况进行分析,并研究了无内含子基因的亚细胞结构、GO功能类型以及基因在不同组织的表达情况。[结果]葡萄无内含子基因数与每条染色体长度和染色体的基因总数存在正相关关系,每条染色体上无内含子基因占染色体上基因总数的1.2%~1.5%,同时无内含子基因在同一条染色体上的分布是不均匀的,更偏向富集于染色体的两端。葡萄无内含子基因的平均长度为997 bp,比总基因的平均长度短,是总基因长度的1/5。葡萄无内含子基因的亚细胞定位表明,基因产物分布在叶绿体上的数最多,线粒体上几乎没有。基因功能预测结果表明,葡萄无内含子基因主要为生长因子、转录调控、电压门控离子通道以及结构蛋白4种,其中更多参与生长调节。葡萄无内含子基因在不同组织中的表达水平低于有内含子的基因。[结论]葡萄无内含子基因与有内含子基因相比长度较短,表达水平较低。(本文来源于《南京农业大学学报》期刊2018年04期）
张谦[2]（2017）在《天然无内含子mRNA转运出核顺式作用元件的预测与功能鉴定》一文中研究指出背景:mRNA转运出核一直是RNA领域的研究热点与难点,近些年的研究中发现mRNA中存在调控其转运出核的顺式作用元件[1]。在高等生物中,出核转运与剪接过程是关联十分密切的。在mRNA发生剪接过程时,剪接复合体会直接招募出核转运复合体并共同完成剪接与出核两种生命活动[2-5]。删除基因的内含子后,mRNA会因为剪接事件的终止而被阻滞在细胞核内[6]。所以在剪接与转运出核相偶联的mRNA中,内含子就成为转运出核的顺式作用元件[7]。天然无内含子mRNA占全部mRNA的5%,其中包含着像干扰素、组蛋白等对生物体的生命过程非常重要的基因[8]。天然无内含子mRNA其本身因不具有内含子而不会发生剪接过程,那么这些天然无内含子的mRNA是否同样存在转运出核的顺式作用元件呢?本实验室在之前对4个天然无内含子mRNA(HSPB3、IFNα1、IFNβ1,、c-Jun)的研究中,发现4条mRNA中的保守序列CAR-E(促细胞质区域聚集元件)能够促进已阻滞在细胞核内的β-球蛋白c DNA转运出核[9]。那么在更大范围的天然无内含子mRNA中是否同样存在这样功能的顺式作用元件?这些顺式作用元件的结合蛋白是什么?目前的研究依然没有解决这些问题。本文通过对天然无内含子mRNA转运出核机制的研究完善mRNA转运出核机制。方法:1.通过生物信息学比对软件MEME对天然无内含子的mRNA数据库(Intronless Gene Database)进行比对,检索其中存在的共有片段。2.将获取的共有片段与已验证阻滞在细胞核内的β-球蛋白的c DNA进行重组连接,通过原位荧光杂交技术(FISH)寻找可以促进c DNA发生出核转运的片段。3.通过生物信息学软件FIMO对天然无内含子mRNA数据库进行反检索,找到含有促进c DNA出核序列的天然无内含子mRNA,并对其中预测的顺式作用元件进行碱基删除、突变,检测其在天然无内含子mRNA中是否具有促进出核的功能。4.构建预测元件、β-球蛋白c DNA与p CDNA5载体的重组质粒。利用Flp-In系统在FRT-Hela细胞中构建稳转细胞株。并通过MS2-MBP蛋白纯化体系与质谱分析方法确定顺式作用元件的结合蛋白[10]。结果:通过生物信息学软件MEME将679个天然无内含子mRNA数据进行比对,发现其中含有多条共有序列。FISH实验结果显示在预测的顺式作用元件中有4条能够促进β-球蛋白c DNA的mRNA出核转运,我们分别命名为motif1-AS、motif 1V-AS、motif 4-AS、motif 5。天然无内含子mRNA KRN1基因中含有9个预测元件motif1V-AS,其中6个元件位置相近我们将这6个元件整体命名为CAR-C。通过分子克隆的方法将CAR-C进行删除与突变,FISH实验结果显示删除与突变后的KRN1 mRNA会被阻滞在细胞核内。完成稳转细胞构建后我们通过MS2-MBP蛋白结合体系,得到预测元件的结合蛋白,并通过聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)后的银染实验发现促出核元件结合蛋白与非促出核元件结合蛋白存在特异性条带。结论:实验数据表明预测中具有促进β-球蛋白c DNA转运出核功能的元件在天然无内含子mRNA中同样起到促进其转运出核的功能。(本文来源于《大连医科大学》期刊2017-02-01）
严涵薇[3]（2014）在《玉米及其近缘物种无内含子基因的数据库构建与进化研究》一文中研究指出大部分的真核生物基因都被一个或者多个没有编码功能的内含子打断,只有原核生物才主要由没有内含子的单外显子基因构成。由于没有内含子这一特殊结构,使得真核生物中的无内含子基因成为比较基因组学和进化生物学研究的重要材料。因此,研究这类基因对于我们了解相关基因和基因组的进化规律具有重要的意义。尽管关于真核生物中无内含子基因的研究在过去几十年里有过一些报道,但是这些研究往往局限于一到两个物种。本研究在全基因组范围内,鉴定了玉米及其近缘物种的无内含子基因,并从染色体的分布、结构域和功能预测、亚细胞定位预测、基因在基因组内和基因组间的保守性、表达模式等方面进行了系统的研究。在此基础上,进一步的针对玉米中特有的无内含子基因进行序列特征、核苷酸多态性等多方面的分析,以此帮助我们了解特有基因在玉米中行使的特殊功能,同时帮助我们了解家玉米在驯化过程中导致适应性变异产生的机理,为未知功能基因的研究提供基础信息。本研究获得主要结果如下：1.利用生物信息学的方法,从高粱、玉米、小米、柳枝稷、短柄草这五个禾本科植物中共鉴定了54,336个无内含子基因,并对这些基因的数量及所占基因组中的比例、序列的属性和特征、功能分类、基因在不同的生物种群中的分布等信息进行了详细的注释与比较分析。在整合这些数据资源的基础上,构建了禾本科无内含子基因数据库(PIGD)。数据库以网站的形式公布,提供了BLAST比对、数据浏览、物种间数据比较等多个功能模块。PIGD是现存唯一的植物方面的无内含子基因数据库。2.通过对玉米中的14,623个无内含子基因的染色体分布进行分析,发现每条染色体上无内含子基因与该条染色体上的基因总数(包括无内含子基因和多外显子基因)的比例几乎均为37%。同时,每条染色体上的无内含子基因与玉米染色体的长度也存在线性关系。除此之外,无内含子基因更趋向富集在每条染色体的末端。3.玉米基因组中的无内含子基因主要参与转录产物的翻译过程以及能量代谢途径。亚细胞定位的预测显示无内含子基因定位在细胞核和叶绿体中的数目较多。此外,表达模式的分析表明,大多数的无内含子基因均在多个组织中有表达,并且一般在玉米植株授粉前比授粉后表达量高。4.约26%的玉米无内含子基因有至少一个或一个以上与之同源的无内含子基因,说明超过四分之一的玉米无内含子基因可能由其他的无内含子基因通过基因复制产生。玉米无内含子基因在基因组间的保守性分析发现大量的无内含子基因仅在真核生物中具有同源序列,表明这些基因是在原核生物和真核生物分离后出现的。该研究中还鉴定了2,601个进化保守无内含子基因以及2,323个玉米特有的无内含子基因。5.与玉米基因组中进化保守的无内含子基因相比,玉米特有的无内含子基因的序列具有以下特点：1)染色体分布不平均,在着丝粒区域附近富集较多；2)编码序列的平均长度较短,GC含量低,分子量小,等电点高。功能预测的结果表明,物种特有基因显着富集于胁迫应答相关的功能中。此外,单核苷酸多态性(SNP)分析表明由于玉米特有的无内含子基因中非同义替换数较多,所以该类基因的非同义替换与同义替换的比值(1.83)高于进化保守的无内含子基因中相应的比值(0.87)。从进化速率上来解释,玉米特有的无内含子基因比非特有的基因进化速度要快。综上所述,本文利用生物信息学的方法对玉米及其近缘物种中的无内含子基因进行了系统性的分析,从而进一步揭示了无内含子基因的功能和进化规律。此外,我们从基因组水平上对玉米特有的无内含子基因进行了分析,可能会为物种在分化、表型特征区别于其它生物提供重要线索,同时帮助我们筛选具有重要性状的功能基因。(本文来源于《安徽农业大学》期刊2014-06-01）
王晖,周作民,徐珉,陆丽,许之洋[4]（2004）在《人睾丸无内含子基因LDHL的克隆及初步研究》一文中研究指出本实验室在前期的工作中构建了人睾丸cDNA基因芯片,用其与成人/胚胎睾丸探针差异杂交筛选出一条在成人睾丸高表达的新基因,命名为LDHL(lactate dehydrogenase A—like gene),GenBank接收号为AY009108。LDHL的cDNA全长1 680 bp,开放阅读框1 145 bp,编码一个含381个氨基酸的蛋白质;Microarray杂交结果显示LDHL在成人睾丸有胚胎睾丸的杂交信号强度(本文来源于《21世纪男科学——中华医学会第五次全国男科学学术会议论文集》期刊2004-08-01）
[5]（1996）在《仅表达于成熟CD4~＋和CD8~＋细胞的无内含子的微基因特点》一文中研究指出仅表达于成熟ＣＤ４￣＋和ＣＤ８￣＋细胞的无内含子的微基因特点［英］／Ｓａｌｍｏｎｐ…ＪＩｍｎｌｕｎｏｌ．一１９９６．４．一１８７３～１８７９ＣＤ４基因的表达，在Ｔ细胞发育过程中，有一种复杂的调控模式，将人ＣＤ４（ｈＣＤ４）启动子片段（包括转换基因，核...(本文来源于《国外医学(免疫学分册)》期刊1996年06期）
李晔[6]（1985）在《昆虫的珠蛋白基因无内含子》一文中研究指出西德的Antoine等新发现摇蚊(Chironomus thummi thummi)的血红蛋白基因没有内含子。脊椎动物的红蛋白基因及血红蛋白基因,在同一位置上都有二个内含子,这是自脊椎动物诞生以来,在几亿年进化期间,被稳定地保留下来的。豆科植物也存在与血红蛋白类似的豆血红蛋白,它的基因有3个内含子,其中二个与脊椎动物的非常相似。这可解释为,在远古时期珠蛋白基因是有3个内含子的,其中一个在进化中消失了。摇蚊有12种血红蛋白,其氨基酸顺序与脊椎动物血红蛋白的β链约有16％的氨基酸一致。这与人肌红蛋白和八目鳗珠蛋白的一致度(19％)几乎相同。toine等分析了摇蚊珠蛋白基因中的4个(A、B、c(本文来源于《生物化学与生物物理进展》期刊1985年05期）
无内含子的论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
背景:mRNA转运出核一直是RNA领域的研究热点与难点,近些年的研究中发现mRNA中存在调控其转运出核的顺式作用元件[1]。在高等生物中,出核转运与剪接过程是关联十分密切的。在mRNA发生剪接过程时,剪接复合体会直接招募出核转运复合体并共同完成剪接与出核两种生命活动[2-5]。删除基因的内含子后,mRNA会因为剪接事件的终止而被阻滞在细胞核内[6]。所以在剪接与转运出核相偶联的mRNA中,内含子就成为转运出核的顺式作用元件[7]。天然无内含子mRNA占全部mRNA的5%,其中包含着像干扰素、组蛋白等对生物体的生命过程非常重要的基因[8]。天然无内含子mRNA其本身因不具有内含子而不会发生剪接过程,那么这些天然无内含子的mRNA是否同样存在转运出核的顺式作用元件呢?本实验室在之前对4个天然无内含子mRNA(HSPB3、IFNα1、IFNβ1,、c-Jun)的研究中,发现4条mRNA中的保守序列CAR-E(促细胞质区域聚集元件)能够促进已阻滞在细胞核内的β-球蛋白c DNA转运出核[9]。那么在更大范围的天然无内含子mRNA中是否同样存在这样功能的顺式作用元件?这些顺式作用元件的结合蛋白是什么?目前的研究依然没有解决这些问题。本文通过对天然无内含子mRNA转运出核机制的研究完善mRNA转运出核机制。方法:1.通过生物信息学比对软件MEME对天然无内含子的mRNA数据库(Intronless Gene Database)进行比对,检索其中存在的共有片段。2.将获取的共有片段与已验证阻滞在细胞核内的β-球蛋白的c DNA进行重组连接,通过原位荧光杂交技术(FISH)寻找可以促进c DNA发生出核转运的片段。3.通过生物信息学软件FIMO对天然无内含子mRNA数据库进行反检索,找到含有促进c DNA出核序列的天然无内含子mRNA,并对其中预测的顺式作用元件进行碱基删除、突变,检测其在天然无内含子mRNA中是否具有促进出核的功能。4.构建预测元件、β-球蛋白c DNA与p CDNA5载体的重组质粒。利用Flp-In系统在FRT-Hela细胞中构建稳转细胞株。并通过MS2-MBP蛋白纯化体系与质谱分析方法确定顺式作用元件的结合蛋白[10]。结果:通过生物信息学软件MEME将679个天然无内含子mRNA数据进行比对,发现其中含有多条共有序列。FISH实验结果显示在预测的顺式作用元件中有4条能够促进β-球蛋白c DNA的mRNA出核转运,我们分别命名为motif1-AS、motif 1V-AS、motif 4-AS、motif 5。天然无内含子mRNA KRN1基因中含有9个预测元件motif1V-AS,其中6个元件位置相近我们将这6个元件整体命名为CAR-C。通过分子克隆的方法将CAR-C进行删除与突变,FISH实验结果显示删除与突变后的KRN1 mRNA会被阻滞在细胞核内。完成稳转细胞构建后我们通过MS2-MBP蛋白结合体系,得到预测元件的结合蛋白,并通过聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)后的银染实验发现促出核元件结合蛋白与非促出核元件结合蛋白存在特异性条带。结论:实验数据表明预测中具有促进β-球蛋白c DNA转运出核功能的元件在天然无内含子mRNA中同样起到促进其转运出核的功能。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
无内含子的论文参考文献
[1].李傲,崔梦杰,刘众杰,陈立德,贾海峰.葡萄基因组无内含子基因生物信息学及其表达分析[J].南京农业大学学报.2018
[2].张谦.天然无内含子mRNA转运出核顺式作用元件的预测与功能鉴定[D].大连医科大学.2017
[3].严涵薇.玉米及其近缘物种无内含子基因的数据库构建与进化研究[D].安徽农业大学.2014
[4].王晖,周作民,徐珉,陆丽,许之洋.人睾丸无内含子基因LDHL的克隆及初步研究[C].21世纪男科学——中华医学会第五次全国男科学学术会议论文集.2004
[5]..仅表达于成熟CD4~＋和CD8~＋细胞的无内含子的微基因特点[J].国外医学(免疫学分册).1996
[6].李晔.昆虫的珠蛋白基因无内含子[J].生物化学与生物物理进展.1985