山羊椎间盘退变相关基因Sox9密码子偏爱性分析

论文摘要

为了明确Sox9基因密码子的使用特征,揭示山羊和其他物种Sox9基因的进化规律,为建立骨科腰椎间盘退变动物模型提供基础研究试验依据,此研究利用生物信息学软件CodonW、Usage Codon和DNAMAN分析山羊Sox9基因完全编码区密码子偏爱性,比较不同物种Sox9基因密码子偏爱指标,基于完整编码区序列生成了亲缘关系进化聚类图,计算出每个物种Sox9基因的总变异值。分析显示山羊Sox9基因中有26个偏好使用密码子以G/C为第三位碱基;夜猴、家犬、原鸡、大猩猩、人、恒河猴、小家鼠、家兔、绵羊、黑猩猩、婆罗洲猩猩和褐家鼠等12个物种在密码子使用上与山羊Sox9基因基本相似,但是在编码丙氨酸、脯氨酸和苏氨酸等个别氨基酸时,原鸡和小家鼠及褐家鼠与其他物种的密码子偏爱性存在差异。Sox9基因偏好使用以G/C结尾的密码子。亲缘关系进化聚类图和不同物种RSCU值显示Sox9基因密码子偏好性与亲缘关系的远近存在关联性。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 目的基因序列来源
•   1.2 试验方法
•     1.2.1 同义密码子相对使用度的计算
•     1.2.2 密码子偏爱指标Fraction、Frequency、ENc、GC含量、GC3s、A3s、T3s、Fop和CBI值的计算
•     1.2.3 不同物种Sox9基因的聚类分析
• 2 结果与分析
•   2.1 山羊Sox9基因CDS区密码子的偏好性分析
•   2.2 山羊Sox9基因密码子偏爱指标分析
•   2.3 不同物种Sox9基因密码子偏好性分析
•   2.4 不同物种Sox9基因同义密码子相对使用度分析
•   2.5 完全编码区序列的聚类分析
• 3 讨 论
• 4 结 论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 马建青,吴占勇,李祥龙,孔建军,吴春富,徐增年,于晶晶

关键词: 山羊,椎间盘退变基因,基因,密码子偏好性

来源: 家畜生态学报 2019年12期

年度: 2019

分类: 农业科技,医药卫生科技

专业: 基础医学,外科学

单位: 冀中能源邢台矿业集团总医院动物实验室,河北农业大学动物科技学院,河北医科大学实验动物学部,邢台市第三医院腺体外科

基金: 邢台市科技支撑计划项目(2018ZC121)

分类号: R681.5;R-332

页码: 14-21

总页数: 8

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