基于生物信息学分析miRNA-195-5p在肝癌中的表达及其临床意义

论文摘要

为了研究miRNA-195-5p在肝癌（liver hepatocellular carcinoma, LIHC）中的表达及对预后的影响,并对其潜在靶基因进行生物学信息学分析,评估miRNA-195-5p在LIHC中的临床意义和诊断价值,本文利用癌症基因组图谱（TCGA）数据库分析miRNA-195-5p在肝癌组织中的表达;利用Kaplan-Meier plotter数据库分析miRNA-195与肝癌患者预后的相关性;利用miRWalk 2.0数据库获取预测的与实验数据支持的miRNA-195-5p的靶基因,同时采用DAVID 6.8数据库对靶基因进行GO和KEGG富集分析,以Cytoscape 3.6.1软件构建靶基因蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并筛选PPI网络中的核心基因;通过公开访问的数据库进一步验证筛选出的核心基因。TCGA数据库分析结果显示, miRNA-195-5p在肝癌组织中的表达水平显著低于正常组织。Kaplan-Meier生存分析显示, miRNA-195低表达LIHC患者的总生存时间明显低于高表达患者。GO分析显示,miRNA-195-5p的靶基因主要显著富集到蛋白质磷酸化、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调节、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的负调节等生物学过程。KEGG分析显示, miRNA-195-5p的靶基因显著富集于癌症相关通路。miRNA-195-5p潜在靶基因所编码蛋白质之间存在复杂的相互作用,其中POLR2A、MIB1、MAPK3、ACACA、ASH1L以及MAP3K3是PPI网络中的核心基因。6个核心基因中,仅MAPK3的蛋白质与m RNA表达水平在LIHC组织中均显著上调。Kaplan-Meier生存分析进一步显示, MAPK3 m RNA水平升高预示LIHC患者总生存时间缩短。以上生物信息学分析结果初步表明, miRNA-195-5p表达下调在肝癌相关的生物学过程中起到重要调控作用,可能与其潜在靶基因MAPK3表达上调有关,这为肝癌的生物标志物研究提供了线索。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 miRNA-195-5p保守性分析
•   1.2 miRNA-195-5p在LIHC中的表达
•   1.3 生存分析
•   1.4 hsa-miRNA-195-5p靶基因预测
•   1.5 hsa-miRNA-195-5p靶基因的生物信息学分析
•   1.6 hsa-miRNA-195-5p靶基因PPI网络构建
•   1.7 hsa-miRNA-195-5p靶基因PPI网络中的核心基因在肝癌组织中的表达分析
• 2 结果
•   2.1 不同物种中miRNA-195-5p的成熟序列
•   2.2 人体各肿瘤组织及相应正常组织中miR-NA-195-5p的表达差异
•   2.3 hsa-miRNA-195表达量与LIHC患者总生存时间的关系
•   2.4 hsa-miRNA-195-5p靶基因预测
•   2.5 hsa-miRNA-195-5p靶基因GO功能富集分析与KEGG信号通路富集分析
•   2.6 靶基因PPI网络构建及核心基因
•   2.7 核心基因的验证
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 宋秀道,马锦

关键词: 肝癌,靶基因,生物信息学,总生存时间

来源: 生命科学研究 2019年02期

年度: 2019

分类: 基础科学,医药卫生科技

专业: 生物学,肿瘤学

单位: 南京中医药大学苏州附属医院苏州市吴门医派研究院,苏州大学附属儿童医院药剂科

基金: 国家自然科学基金资助项目(81801559),苏州市“科教兴卫”青年科技项目(KJXW2016017),“科教强卫工程”江苏省青年医学人才项目(QNRC2016259)

分类号: R735.7;Q811.4

DOI: 10.16605/j.cnki.1007-7847.2019.02.003

页码: 100-107

总页数: 8

文件大小: 1421K

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