Argonaute1敲除前后尖孢镰刀菌转录组分析比较

论文摘要

Argonaute蛋白（AGO）介导的沉默复合体在RNA干扰（RNAi）中起着至关重要的作用。为了探究AGO1在尖孢镰刀菌RNAi中的作用机制,本文以粘团专化型尖孢镰刀菌生理1号小种FOX-A8野生型和其AGO1缺失突变体（FOX-A8-△Ago1）的菌丝和孢子为材料,分别进行了RNA提取、Illumina Hi Seq 2000高通量转录组测序、差异表达基因（DEGs）的显著富集分析;选择菌丝和孢子中的DEGs进行实时荧光定量PCR（Quantitative real-time PCR,qRT-PCR）验证。GO通路注释结果显示,相对于野生型菌株,AGO1缺失突变体菌丝中的醇脱氢酶（NADP+）、孢子中的CAMK/CAMKL/CHK 1蛋白激酶均显著上调; KEGG通路注释结果显示,相对于野生型菌株,AGO1缺失突变体菌丝中与MAPK信号通路相关的基因、孢子中与PLD信号通路相关的基因均显著下调;另外,相对于野生型菌株,编码AGO2的基因下调,但是下调不显著。qRT-PCR检测DEGs的表达模式与RNA-Seq分析结果一致,证实了RNA-Seq结果的可靠性。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 供试菌株及培养基
•     1.1.1 供试菌株
•     1.1.2 培养基
•   1.2 分生孢子制备
•   1.3 总RNA制备
•   1.4 转录组文库的构建及转录组数据的获得
•     1.4.1 cDNA文库的构建及测序
•     1.4.2 测序数据分析
•   1.5 实时荧光定量PCR
• 2 结果与分析
•   2.1 测序数据分析
•   2.2 差异基因的表达分析
•   2.3 不同处理组差异表达基因的分布
•   2.4 GO分析
•   2.5 KEGG分析
•   2.6 差异表达基因qRT-PCR结果分析
• 3 讨论
• 4 结论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 梁丽琴,杜海燕,段江燕,谢丙炎

关键词: 转录组分析,尖孢镰刀菌

来源: 植物病理学报 2019年05期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,农业基础科学,植物保护

单位: 山西师范大学生命科学学院,中国农业科学院蔬菜花卉研究所农业部园艺作物生物学与种质创制重点实验室

基金: 山西省自然科学基金(2015021137),山西师范大学自然科学基金(ZR1518),山西省研究生教改项目(2017jg53)

分类号: S432.44

DOI: 10.13926/j.cnki.apps.000454

页码: 621-631

总页数: 11

文件大小: 1163K

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