导读:本文包含了进化分析论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因,基因组,霍尔,系统,密码子,模型,病毒。
进化分析论文文献综述
李国辉,魏清宇,张会永,殷建玫,薛倩[1]（2019）在《基于RAD-seq技术分析边鸡保种群体的遗传进化》一文中研究指出边鸡(Gallus gallus)是我国珍贵的地方鸡遗传资源。从分子水平上探究边鸡保种群的遗传多样性和分子遗传进化,对该品种资源的保护具有重要意义。本研究利用简化基因组测序(restriction-site associated DNA sequence, RAD-seq)检测边鸡群体的SNP标记,通过计算遗传统计量,分析比较边鸡群体与其他地方鸡种群体的遗传差异,并对进化过程中受到选择的基因进行功能注释。结果在边鸡保种群体中鉴定出SNP标记319 723个,保种群体的观察杂合度(observed heterozygosity, Ho)为0.193,核苷酸多样度(Pi)为0.231,近交系数为0.167,近交水平相对较高。连锁不平衡分析表明,边鸡群体各等位基因不存在强烈的连锁不平衡现象。模型聚类结果表明,边鸡与大骨鸡、安义瓦灰鸡及狼山鸡聚为一类,亲缘关系较近。对鉴定出的前200个受到强烈选择的基因进行基因本体论(Gene Ontology, GO)和京都基因与KEGG注释分析,这些差异基因主要富集在代谢、神经受体—配体的相互作用、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase, MAPK)、血管内皮生长因子等信号通路。基因功能分析的结果有助于了解边鸡的抗寒、耐缺氧、繁殖力、神经系统发育和抗逆性等特殊性状形成的分子机理,为我国地方鸡种的遗传进化、种质特性评价及品种保护提供理论依据。(本文来源于《农业生物技术学报》期刊2019年12期）
赵春丽,彭丽云,王晓,陈家兰,王乐[2]（2019）在《苋菜AtGAI基因密码子偏好性与进化分析》一文中研究指出为明确苋菜AtGAI基因密码子的使用特性,采用CodonW、SPSS软件及EMBOSS在线程序分析苋菜AtGAI基因密码子的偏好性,通过中性绘图、ENc绘图和偏倚分析GAI基因密码子偏好性形成的可能原因。结果表明:1)苋菜AtGAI基因的有效密码子数(ENc)、密码子适应指数(CAI)和GC含量分别为50.75、0.195和41.91%,表明其密码子偏好性较弱,偏好使用A/T结尾的密码子;2)CDS序列及RSCU聚类分析表明,苋菜AtGAI基因与双子叶植物中石竹目含甜菜色素的植物偏好性最相近;3)密码子碱基成分和相关性分析发现,GAI基因的密码子偏好性主要受碱基突变的影响;4)密码子使用频率比较分析发现,酵母真核表达系统更适合苋菜AtGAI异源表达,模式植物拟南芥、烟草、番茄和甜菜均可做为苋菜AtGAI基因的遗传转化受体,其中甜菜是其最理想的遗传转化受体。突变压力是GAI基因密码子偏好性形成的主要因素,苋菜AtGAI基因外源表达和遗传转化时需要根据宿主基因偏好性进行密码子优化和改造。(本文来源于《中国农业大学学报》期刊2019年12期）
黄一伟,张红,李文超,黄超洋,黄凰[3]（2019）在《中国大陆地区H9亚型禽流感病毒时空进化分析》一文中研究指出目的从分子水平研究中国大陆地区H9亚型禽流感病毒的起源、进化和地理扩散情况,为禽流感的防控提供科学依据。方法从全球公共流感病毒数据库收集中国大陆地区的H9亚型禽流感病毒HA基因序列,通过对下载的序列进行比对和聚类筛选,得到1997—2018年180株含有准确采样信息的序列,使用BEAST等生物信息学软件分析病毒选择压力、构建贝叶斯法时间进化树以及重建病毒进化时空动态。结果序列的核苷酸差异在0.2%～20.7%之间,氨基酸的差异在0.0%～15.8%之间。编码区的核苷酸替代率分别为:0.540、0.607和1.853。非同义突变率与同义突变率的比值的平均值为0.1789,但是在7个位点上比值大于1。HA基因的平均进化替代率为2.476×10~(-3)替换/位点/年,最早的公共祖先出现在1947.457年。构建的基因进化树的拓扑结构分为多个分支,根节点最有可能的位置是广东省,后验概率为21.7%。基于目前数据的时空动态分析显示,1959—2018年间病毒从广东传播到安徽,再到广西、江苏,再以江苏为中心向周边多个省份传播,最后在多个省份之间出现传播。其中江苏传出的6条路径具有统计学支持。结论 H9亚型禽流感病毒出现的时间可能比国内最早报导的早很多,在中国多个省份之间传播扩散情况复杂,江苏省是传播扩散的一个重要中心。(本文来源于《实用预防医学》期刊2019年12期）
冯震,杨燕,张宁,蒋波,李芳[4]（2019）在《基于gyrB基因的伯克霍尔德菌属核酸测序鉴定与系统进化分析》一文中研究指出目的:建立伯克霍尔德菌属典型菌株DNA促旋酶亚基B(gyrB)基因序列鉴定方法,为该菌属污染物的鉴定和分类提供研究思路和方法依据。方法:选择伯克霍尔德菌属内的典型菌株,以gyrB基因为研究靶点,设计引物,特异性扩增gyrB基因片段,测定核酸序列,并进行聚类比对分析。结果:伯克霍尔德菌属内的典型菌株鉴定的gyrB基因特征序列可满足"种"水平的鉴定。结论:本文建立了基于gyrB基因的伯克霍尔德菌属核酸测序鉴定方法,菌株鉴定的gyrB基因特征序列可满足"种"水平的鉴定,为该菌属污染物的鉴定与风险排查提供方法依据。(本文来源于《药物分析杂志》期刊2019年11期）
何福林,张斌[5]（2019）在《银杏(Ginkgo biloba)GbHsp20基因家族的鉴定及系统进化分析》一文中研究指出Hsp20 (heat shock protein 20, Hsp20)是一个多样、古老和重要的基因家族,存在于所有植物中。Hsp-20有助于蛋白质折迭和防止不可逆的蛋白质聚集,从而赋予生物对高温的耐受性。银杏树是一种活化石,有自己独特的应激防御系统。但是,银杏中GbHsp20基因家族的研究目前还是一片空白。本研究借助银杏基因组数据库,以ACD结构域和分子量为基础,共鉴定了39个GbHsp20基因家族成员,并对其基因结构、基因组定位、系统发育关系和保守基序等特征进行了分析。本研究揭示了银杏和拟南芥Hsp20基因家族成员具有高度的同源性;虽然39个GbHsp20的基因结构存在差异,但蛋白序列高度保守,所有的GbHsp20中都含有基序1或2;将39个Gb Hsp20分为10亚族,每个亚族内的成员具有相似的基序分布特征。这为进一步研究GbHsp20基因家族成员的生物学功能提供一定的参考依据,同时为银杏中其他基因家族研究提供指导。(本文来源于《分子植物育种》期刊2019年22期）
刘玥,陈守坤,王成微,李家伟,李海峰[6]（2019）在《水稻MYB-MYC基因家族的全基因组鉴定、系统进化和表达模式分析》一文中研究指出为了挖掘水稻MYB-MYC基因的功能,通过生物信息学手段对水稻MYB-MYC基因家族进行基因组水平的鉴定,并对其系统进化及表达模式进行分析。本研究在水稻中鉴定到17个MYB-MYC基因,根据系统进化树将它们划分为2个亚家族,不同亚组具有特异的保守基序和基因结构。通过对水稻MYB-MYC基因复制事件的分析发现水稻MYB-MYC基因共产生6个基因复制。此外,转录组数据分析发现水稻MYB-MYC基因在不同组织都存在表达且响应不同非生物胁迫。本试验为水稻MYB-MYC基因功能的研究提供了初步的理论基础。(本文来源于《西北农业学报》期刊2019年11期）
邹伟斌,吕丽珊,赖月辉,牛晓芸,牛贝贝[7]（2019）在《猪伪狂犬病病毒GD株的生物学特性和gB基因进化分析》一文中研究指出为了解猪伪狂犬病病毒(Pseudorabies virus,PRV)变异毒株的生物学特性和gB基因遗传变异特性,本研究对本实验室分离鉴定的变异株PRV GD的一步生长曲线和病毒对小鼠的毒力进行了研究,结果显示PRVGD毒株对KM小鼠的LD50为102.32TCID50。此外,对PRVGD株的gB基因进行了全长扩增,并对gB基因进行了测序和序列分析。研究结果显示,PRVGD株的gB基因与国内外PRV参考株的核苷酸同源性为98.3%～100%,氨基酸同源性为96.8%～99.9%。与经典毒株相比,PRV GD株的gB基因有位点插入、突变和缺失。基于gB基因的系统进化树分析发现,PRV GD株与国内近几年分离鉴定的PRV流行变异毒株如ZJ01、TJ、HeN1和JS-2012株位于同一分支上,同源性较高,亲缘关系较近。与国内外经典毒株均处于不同进化树分支,亲缘关系较远。本研究为PRV流行变异毒株的分子流行病学研究以及针对变异毒株的控制和新型疫苗的研发提供一定的参考价值。(本文来源于《现代畜牧兽医》期刊2019年11期）
季文博,王会,柴志欣,王吉坤,信金伟[8]（2019）在《西藏牦牛mtDNA-Cytb及ZFY基因遗传多样性与系统进化分析》一文中研究指出为进一步了解西藏牦牛的遗传多样性及系统进化关系,通过对申扎、斯布、类乌齐和帕里4个西藏牦牛类群的mtDNA-Cytb基因及ZFY基因部分序列进行克隆及序列分析。结果表明:(1)西藏牦牛Cytb基因全长1 140 bp,共发现SNP位点13个,核苷酸多样性(Pi)为0.00315, Tajima's D值为0.41410(P>0.10),共检出7种单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.709;(2)ZFY基因第11外显子长596 bp,筛查出SNP位点22个,Tajima's D值为0.78287(P>0.10),发现3种单倍型,核苷酸多样性和单倍型多样性分别为0.001066和0.2976;(3)聚类分析及核苷酸同源性分析显示,西藏牦牛与家牦牛的核苷酸同源性最高,与美洲野牛及欧洲野牛的核苷酸同源性次之,与水牛及非洲水牛的核苷酸同源性最低。研究结果表明,西藏牦牛遗传多样性较丰富,进一步支持将西藏牦牛及家牦牛划为牛亚科中独立牦牛属的观点,及牦牛的原始祖先来自于亚欧大陆东北部的观点。(本文来源于《家畜生态学报》期刊2019年11期）
王捷,徐羽,石瑛,王清华,孟志龙[9]（2019）在《念珠藻属植物nifH基因的适应性进化分析》一文中研究指出念珠藻(Nostoc)固氮过程关键在于固氮酶的催化,而固氮酶复合物中的铁蛋白(NifH)是由高度保守的nifH基因编码的,该基因是进化史上现存最古老的功能基因之一。该研究选取念珠藻属及近缘类群的nifH基因序列共40条,采用最大似然法构建系统发育树;运行PAML4.9软件,对nifH基因编码蛋白进行生物信息学分析,并使用分支模型、位点模型和分支-位点模型检测该基因的选择位点,探讨nifH基因的适应性进化特征。结果表明:(1)最大似然树显示内类群中该研究物种共分为6个分支(A、B、C、D、E和F),其中D和E是2个大的分支,每个大分支中又各包含2个特殊的小分支A、F和B、C,其中F分支包含新疆古尔班通古特沙漠采集到的9株念珠藻,A分支包含F分支及该研究测定序列的4株葛仙米,B分支包含本研究测定序列的4株地皮菜和3株未定种的念珠藻,C分支包含NCBI数据库中下载的5株念珠藻、鱼腥藻序列和本研究测定序列的1株念珠藻。(2)在所分析的3种进化模型中,仅通过分支-位点模型检测出14个统计学上显着的正选择位点,即1F、2S、3S、4T、5A、6F、7F、8I、9S、10C、17I、27Y、29D和31R位点,表明念珠藻属植物的nifH基因发生了适应性变化,分支-位点模型是研究藻类基因适应性进化较好的模型。(本文来源于《西北植物学报》期刊2019年11期）
赵靓,白彩霞,王小朋,杨侃侃,张达[10]（2019）在《猪细小病毒6型全基因组克隆及遗传进化分析》一文中研究指出对猪细小病毒6型(PPV6)安徽分离株PPV6 AH进行全基因组序列克隆,并进行遗传进化树构建及同源性分析。将病毒基因分10段进行PCR扩增并测序,用SeqMan进行拼接,获得全基因组序列。将PPV6 AH株与GenBank中PPV6其他毒株进行遗传进化分析。结果显示,PPV6 AH基因组全长6 180 bp,与其他国内外15株PPV6全基因的核苷酸序列同源性达到97.1%～99.5%。基于PPV6全基因、NS1及Cap基因构建的遗传进化树显示PPV6 AH株与PPV6 BJ、BJ2、SC及JS株有着共同的进化起源。NS1基因第708、996、1 932核苷酸位点发生突变;Cap基因在第1 205、1 211、1 582、1 614核苷酸位点发生突变;Cap蛋白氨基酸在第402和404位点发生突变。本研究首次报道PPV6在安徽省猪群中存在,该研究结果为安徽地区PPV6的分子遗传进化特征提供了一定的参考。(本文来源于《江苏农业学报》期刊2019年05期）
进化分析论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
为明确苋菜AtGAI基因密码子的使用特性,采用CodonW、SPSS软件及EMBOSS在线程序分析苋菜AtGAI基因密码子的偏好性,通过中性绘图、ENc绘图和偏倚分析GAI基因密码子偏好性形成的可能原因。结果表明:1)苋菜AtGAI基因的有效密码子数(ENc)、密码子适应指数(CAI)和GC含量分别为50.75、0.195和41.91%,表明其密码子偏好性较弱,偏好使用A/T结尾的密码子;2)CDS序列及RSCU聚类分析表明,苋菜AtGAI基因与双子叶植物中石竹目含甜菜色素的植物偏好性最相近;3)密码子碱基成分和相关性分析发现,GAI基因的密码子偏好性主要受碱基突变的影响;4)密码子使用频率比较分析发现,酵母真核表达系统更适合苋菜AtGAI异源表达,模式植物拟南芥、烟草、番茄和甜菜均可做为苋菜AtGAI基因的遗传转化受体,其中甜菜是其最理想的遗传转化受体。突变压力是GAI基因密码子偏好性形成的主要因素,苋菜AtGAI基因外源表达和遗传转化时需要根据宿主基因偏好性进行密码子优化和改造。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
进化分析论文参考文献
[1].李国辉,魏清宇,张会永,殷建玫,薛倩.基于RAD-seq技术分析边鸡保种群体的遗传进化[J].农业生物技术学报.2019
[2].赵春丽,彭丽云,王晓,陈家兰,王乐.苋菜AtGAI基因密码子偏好性与进化分析[J].中国农业大学学报.2019
[3].黄一伟,张红,李文超,黄超洋,黄凰.中国大陆地区H9亚型禽流感病毒时空进化分析[J].实用预防医学.2019
[4].冯震,杨燕,张宁,蒋波,李芳.基于gyrB基因的伯克霍尔德菌属核酸测序鉴定与系统进化分析[J].药物分析杂志.2019
[5].何福林,张斌.银杏(Ginkgobiloba)GbHsp20基因家族的鉴定及系统进化分析[J].分子植物育种.2019
[6].刘玥,陈守坤,王成微,李家伟,李海峰.水稻MYB-MYC基因家族的全基因组鉴定、系统进化和表达模式分析[J].西北农业学报.2019
[7].邹伟斌,吕丽珊,赖月辉,牛晓芸,牛贝贝.猪伪狂犬病病毒GD株的生物学特性和gB基因进化分析[J].现代畜牧兽医.2019
[8].季文博,王会,柴志欣,王吉坤,信金伟.西藏牦牛mtDNA-Cytb及ZFY基因遗传多样性与系统进化分析[J].家畜生态学报.2019
[9].王捷,徐羽,石瑛,王清华,孟志龙.念珠藻属植物nifH基因的适应性进化分析[J].西北植物学报.2019
[10].赵靓,白彩霞,王小朋,杨侃侃,张达.猪细小病毒6型全基因组克隆及遗传进化分析[J].江苏农业学报.2019
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