宁夏地区一株奶牛源耐甲氧西林金黄色葡萄球菌流行株的高通量测序分析

论文摘要

【背景】耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（Methicillin-resistant Staphylococcus aureus, MRSA）是一种常见的条件性致病菌,由MRSA感染导致的奶牛乳腺炎给奶牛养殖户带来了重大的经济损失。【目的】了解宁夏地区奶牛源MRSA流行株基因组序列特征,为MRSA感染的防治提供理论依据。【方法】采用琼脂扩散法对分离株ld11进行抗菌药物敏感性试验,同时运用Illumina高通量测序平台对其基因组DNA进行高通量测序,使用网络数据库对获得的测序序列进行处理分析。【结果】药敏试验结果显示分离株ld11对头孢噻呋、磺胺异恶唑、氨苄西林、红霉素、庆大霉素、苯唑西林、克林霉素、四环素和多西环素耐药,数据分析显示分离株ld11携带耐药基因aadD、spc、str、blaZ、mecA、cat（pC194）、erm（A）、norA、tet（k）和tet（M）,二者之间有很好的相关性;分离株ld11携带的耐药基因多于MRSA参考菌株,且分离株ld11和MRSA252的亲缘关系较近。COG功能分析和GO注释结果显示,与维持菌体基本功能和菌株生长增殖相关的基因占优势;KEGG通路分析结果显示,属于代谢通路的基因占比最多。从该菌株基因组序列上共检测到4个基因岛、9个疑似的CRISPR序列和1个完整的前噬菌体序列。【结论】揭示了宁夏地区奶牛源MRSA流行株的部分基因组序列信息,为MRSA菌株间基因组序列信息的比较分析及MRSA感染的防控提供参考依据。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料
•     1.1.1 样品来源
•     1.1.2 主要试剂和仪器
•   1.2 方法
•     1.2.1 抗菌药物敏感性测定
•     1.2.2 菌株基因组的提取
•     1.2.3 测序前样品的处理
•     1.2.4 文库质检和测序
•     1.2.5 测序结果的处理
•     1.2.6 基因组基本特征
•     1.2.7 基因功能注释
•     1.2.8 基因岛预测
•     1.2.9 CRISPR分析
•     1.2.1 0 前噬菌体序列分析
• 2 结果与分析
•   2.1 药敏试验结果
•   2.2 基因组基本特征概述
•   2.3 基因功能注释
•   2.4 基因岛预测
•   2.5 CRISPR分析及前噬菌体序列分析
• 3 讨论与结论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 陈程,王曈,常佳伟,万佳宏,王桂琴

关键词: 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌,全基因组测序,序列分析

来源: 微生物学通报 2019年07期

年度: 2019

分类: 基础科学,农业科技

专业: 生物学,畜牧与动物医学

单位: 宁夏大学农学院

基金: 国家自然科学基金(31360626)~~

分类号: S852.611

DOI: 10.13344/j.microbiol.china.180601

页码: 1636-1644

总页数: 9

文件大小: 605K

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