一、广西汉人D1S80基因座扩增片段长度多态性(论文文献综述)
李雁达[1](2020)在《延边地区朝鲜族人群20个常染色体STR基因座的遗传多态性研究》文中研究说明目的:通过对延边地区朝鲜族群体常染色体20个STR基因座的遗传多态性调查及统计学分析,调查其等位基因和基因型分布频率以及相关群体遗传学参数,观察20个STR基因座在朝鲜族群体中法医学鉴定适用性。并且通过与国内外其他群体的比对,确定朝鲜族群体的民族遗传特性,为中国朝鲜族群体遗传数据库的建立提供基础数据。方法:收集200名延边地区朝鲜族无关个体的口腔拭子,采用Chelex-100法提取样本DNA。按照PowerPlex21 System试剂盒的使用说明,对获取的DNA样本进行复合扩增,扩增产物用ABI PRISM 3100自动遗传分析仪进行毛细管电泳检测,用GeneMapper ID 3.2基因分析软件和WEN ILS 500 内标进行数据处理和分型。用Modified-Powerstates标准版对20个STR基因座的分型结果进行等位基因和基因型频率、杂合度、个人识别力、基因多样性及非父排除率等法医遗传学参数的统计和Hardy-Weinberg平衡检验。同时,选用POPTREE2软件对朝鲜族与韩国人、日本人及国内汉族、苗族(2个地区)、土家族、哈萨克族、回族、蒙古族、仡佬族、哈尼族、傣族、壮族等13个群体进行遗传多态性对比分析,计算群体之间的遗传距离,并按照Neighbour-Joining(N-J)法设计的研究模式绘制系统进化树和UPGMA法聚类分析。结果:200名延边地区朝鲜族群体的遗传多态性调查结果,20个常染色体STR基因座中共检出220个等位基因,等位基因频率分布于0.003-0.515之间;共检出675种基因型,基因型的频率分布于0.005-0.320之间;多态信息总量(PIC)分布于0.600-0.910之间,杂合度(H)分布于0.640-0.950之间(平均杂合度为0.691),个人识别力(DP)分布于0.809-0.984之间,累计个人识别力(TDP)大于0.999999999,非父排除率(PE)分布于0.342-0.898之间,累计非父排除率(CPE)大于 0.999999999。延边地区朝鲜族与其他13个民族群体遗传多态性对比结果,同民族韩国人群之间的遗传距离最近(0.006),壮族之间的遗传距离最远(0.119)。系统发生树显示结果,延边朝鲜族、韩国人群及日本人归为一类,贵州和云南苗族归为一类,云南壮族、云南哈尼族及云南傣族归为一类,贵州仡佬族、湖南土家族及河南汉族归为一类,宁夏回族、内蒙古蒙古族及新疆哈萨克族归为一类,符合不同民族之间及不同地区之间群体分化规律。结论:PowerPlex21 System系统20个常染色体STR基因座等位基因及基因型频率分布较均匀,具有较高个人识别力和非父排除率,适合中国朝鲜族群体法医学的鉴定和遗传学研究。延边朝鲜族与其他群体之间均存在不同程度的差异性,本次研究结果,不仅为朝鲜族遗传数据库的建立提供基础数据,而且再次阐明了建立群体数据库的必要性。
高红艳[2](2020)在《贵州北部四个民族19个X-STR基因座遗传多态性及群体遗传关系分析》文中认为目的:(1)调查贵州北部地区仡佬族、土家族、汉族和苗族四个民族群体19个X-STR基因座的遗传多态性,为相应群体法医学和群体遗传学的研究和应用提供基础数据。(2)评估19个X-STR组成的复合检测体系在贵州北部地区仡佬族、土家族、汉族和苗族四个民族群体中的法医学应用价值。(3)从19个X-STR遗传标记的角度,探索贵州北部四个民族群体与中国不同地区、民族、语系群体间的遗传关系,为中国人群起源、迁徙过程中基因交流、融合等研究提供参考依据。方法:(1)采集贵州北部地区仡佬族、土家族、汉族和苗族四个民族群体健康无关个体血液样本,共计1494份。(2)采用盐析法提取基因组DNA;使用AGCU X19复合扩增试剂盒扩增19个X-STR基因座(DXS8378,DXS7423,DXS10148,DXS10159,DXS10134,DXS7424,DXS10164,DXS10162,DXS7132,DXS10079,DXS6789,DXS101,DXS10103,DXS10101,HPRTB,DXS6809,DXS10075,DXS10074,DXS10135);采用自动化遗传分析仪对扩增产物进行分型。(3)计算各基因座等位基因频率、Hardy-Weinberg平衡、连锁不平衡、杂合度、多态性信息含量、个人识别率和平均父权排除概率等法医学参数;将19个X-STR基因座按照7个连锁群计算单倍型频率、单倍型法医学参数,以及累计的个人识别率和累计的平均父权排除概率。(4)基于19个X-STR等位基因频率,采用综合的群体遗传分析方法,对贵州北部仡佬族、土家族、汉族和苗族四个民族及25个其他地区民族群体进行遗传关系分析;结合历史学、民族学、语言学等特征,探讨群体起源、迁徙、融合的演化历史。结果:(1)贵州北部地区仡佬族、土家族、汉族和苗族四个群体19个X-STR基因座均符合Hardy-Weinberg平衡;男性个人识别率分布在0.54340.9166、0.52060.9183、0.48320.9171、0.52130.9206之间;女性个人识别率分布在0.70300.9871、0.68970.9875、0.65720.9872、0.67780.9882之间。二联体平均父权排除概率分别为0.86750.9860、0.87830.9863、0.82900.9756、0.85950.9810;三联体平均父权排除概率(Desmarais版)分别为0.92640.9964、0.93270.9931、0.90200.9876、0.92150.9904。(2)19个X-STR基因座作为7个连锁群进行计算,四个民族群体的单倍型频率分布在0.00400.1331、0.00400.1338、0.00400.1765、0.00400.1391之间;单倍型多样性在0.92640.9929、0.93270.9931、0.90200.9876、0.92150.9904之间;男性个人识别率分布在0.93060.9930、0.93620.9931、0.90870.9877、0.92620.9904之间;女性个人识别率分布在0.99100.9999、0.99250.9999、0.98500.9997、0.98990.9998。7个连锁群联合应用时,四个民族群体男性累计的个人识别率分别为1-2.9051×10-12、1-3.2856×10-12、1-1.8676×10-11、1-6.8879×10-12,女性累计的个人识别率分别为1-8.2079×10-22、1-9.8315×10-22、1-3.2112×10-20、1-4.6216×10-21;累计的二联体平均父权排除概率分别为1-3.1736×10-10、1-3.5442×10-10、1-2.3368×10-9、1-7.4986×10-10;累计三联体平均父权排除概率均大于1-2.5766×10-9。(3)群体分析综合结果显示,本研究的四个民族群体紧密聚集在一起,群体遗传距离最近,与汉语族以及壮-侗语族的不同聚类群体重叠分布,与藏族群体显着分离,遗传距离最远。结论:(1)19个X-STR基因座在贵州北部仡佬族、土家族、汉族和苗族四个群体中多数为高度多态性遗传标记,获得的群体遗传学数据在法医学及人类群体遗传学的研究和应用中具有较高应用价值。(2)19个X-STR基因座所在的7个连锁群均为高度多态性的遗传标记,联合应用时具有高度的多态性和法医学系统效能,可满足X染色体遗传标记相关的一些特殊案件和复杂亲缘关系鉴定的需求。(3)29个中国群体遗传关系分析显示出较为明显的民族-语系以及地理聚类的特征。本研究四个民族群体均表现为典型的地理聚集特征,可能与其历史上长时期混居所致的基因融合有关。除藏族外,其他不同群体聚类关系既具有在语系-民族起源上内在联系的独特性,又呈现出随地域分布和人口迁移产生的多群体间相互影响广泛关联的特征。
韩玲[3](2019)在《海南长臂猿种群遗传多样性研究》文中指出海南长臂猿(Nomascus hainanus),是灵长目(Primates)长臂猿科(Hylobatidae)的中国特有种,目前仅分布在海南省霸王岭国家级自然保护区(北纬19°02′19°08′,东经109°02′109°13′),被IUCN评估为极危等级,其种群的生存现状在世界范围内引起了高度的关注。海南长臂猿现存种群27只,属于极小种群,现存的种群是在20世纪70年代末78只的基础上经历了40多年恢复形成的,但仍然处于灭绝的风险,容易受到随机事件和其它外来威胁。目前对该物种现存种群的种群遗传背景了解很少,因此开展这一极小种群的遗传背景研究极其必要,为对该极危物种的保护提供科学合理的建议,以及具有可行性的保护措施。本研究以霸王岭国家级自然保护区的海南长臂猿为研究对象,通过非损伤性遗传取样法,共采集3个家庭群(A、B和C家庭群)海南长臂猿36份新鲜粪便样品,利用10个微卫星分子标记、3对性别鉴定基因和线粒体DNA控制区(D-loop)序列的扩增,完成了准确的个体识别和线粒体DNA控制区(D-loop)序列的扩增,对现存海南长臂猿种群的遗传多样性、有效种群大小、近交程度、个体间亲缘关系等问题进行研究。研究结果表明海南长臂猿极危的另一主要表现是其现存种群遗传多样性水平极低,在种群极度萎缩的50年内遭遇了遗传瓶颈,并且发生了遗传漂变,提示今后对海南长臂猿的保护工作的重点应该是尽可能采取人工的正向干预,迅速恢复其种群数量和遗传多样性,增强生存力。
许泽辉,陈杏园,唐宁[4](2018)在《法医DNA分析的发展和常用STR试剂盒的调查》文中提出法医DNA分析应用现代DNA技术分析DNA遗传标记在群体中的分布与传递规律以确定分析样品的一致性与遗传关系,为侦查破案和司法审判提供证据。现在广泛使用的是复合STR系统和DNA的直接测序分析,短串联重复序列(STR)是一种高度多态性和可遗传性的遗传标记,目前以STR基因座为基础开发了很多试剂盒。本文就法医DNA分析的发展和常用STR试剂盒的调查进行综述。
杨亮[5](2018)在《牡丹江地区汉族人群20个STR基因座遗传多态性研究》文中研究说明目的:利用PowerPlex(?)21 System荧光扩增试剂盒对黑龙江牡丹江地区1399名健康无关汉族人的DNA进行短串联重复序列(Short tandem repeats,STR)检验和数据分析,通过对基因座遗传多态性研究,获得黑龙江省牡丹江地区汉族人群的相应基因频率等遗传学数据,在为中国北方汉族人群STR基因数据库提供基础数据的同时,也为中国汉族人群地区间基因频率差异提供了可靠地参考数据,从而为人群个体识别和亲权鉴定奠定理论基础。方法:在实验中选取建库累积的无直接亲缘关系的黑龙江牡丹江地区汉族常住人口1399人血样卡,经过DNA提取、PCR扩增、3100xL遗传分析仪毛细管电泳,GeneMapper ID v 3.2分析获得STR分型。应用Modified-PowerStats软件进行哈代-温伯格平衡检验(Hardy-Weinberg equilibrium,HWE),经计算得到各基因座的杂合度(Heterozygosity,H)、多态信息含量(Polymorphic information content,PIC)、个体识别率(Individual identification rate,DP)、无关个体偶合率(Unrelated individual identification rate,Pm)、非父排除率(Non-paternal exclusion rate,PE)、典型父权指数(Typical paternity index,TPI),累计个体识别率(Cumulative individual identification rate,TDP)、累计非父排除率(cumulative non-paternal exclusion rate,CPE)。结果:通过对所检验的1399份样本获得的常染色体STR数据进行分析,在所检测的所有位点中,除去性别位点外,在D3S1358、D1S1656、D6S1043、D13S317、Penta E、D16S539、D18S51、D2S1338、CSF1PO、Penta D、TH01、vWA、D21S11、D7S820、D5S818、TPOX、D8S1179、D12S391、D19S433 和 FGA 共 20 个常染色体 STR 基因座上分别检出了 10、17、19、9、26、8、20、13、11、12、11、9、21、11、10、9、11、14、16和23个等位基因,同时,在对应的基因座上分别检出了 25、73、88、30、165、26、86、69、29、49、26、31、81、37、38、22、44、66、62 和 96 个基因型。经分析,20个常染色体STR基因座均符合HWE。各基因座H值在62.7%~91.0%之间,DP值在0.799~0.987之间,PIC值在0.57~0.91之间,均大于0.5,PE值介于0.324~0.816之间,TPI值在1.34~5.55之间。应用本次实验得到的基因频率,计算得到累计TDP为1-7.86× 10-25,CPE 为 0.999999996。结论:经检测和分析,在所检验的20个基因座中,D3S1358、D1S1656、D6S1043、D13S317、Penta E、D16S539、D18S51、D2S1338、CSF1PO、Penta D、vWA、D21S11、D7S820、D5S818、D8S1179、D12S391、D19S433 和 FGA 这 18 个基因座均为杂合度较高的基因座、具有较高的鉴别力,而TH01、TPOX两个基因座鉴别力、杂合度相对偏低。因此,本次检验所用的PowerPlex(?)21 System荧光扩增试剂盒在黑龙江省牡丹江地区法医学亲权鉴定及个体识别中具有很高的检测效力。在本次实验得到的黑龙江省牡丹江地区汉族人群20个常染色体STR基因座遗传多态性的数据,无论是从等位基因频率、等位基因分型还是从各基因座的鉴别力等都与其他地区人群获得的数据不完全相同,这可以在一定程度上反应出牡丹江地区汉族人口遗传多态性数据在有些方面不符合中国汉族的遗传特征。可以在人类遗传学等方面进行进一步研究。同时,本次实验获得的数据也为今后统计中国汉族人群STR基因座遗传多态性的研究提供了可靠地基础数据,为构建法庭科学DNA数据库和群体遗传学数据库提供了新的基础数据,为黑龙江省牡丹江地区法医学个体识别和亲权鉴定等工作提供新的遗传参数。
周单华[6](2018)在《遵义地区汉族人群23个STR基因座多态性研究与突变分析》文中指出目的:研究遵义汉族人群常染色体23个短串联重复序列(STR)基因座的遗传多态性,评价其在法医学中的应用价值,提供本地区人口进行个体识别和亲子鉴定的基础计算资料,比较了这23个STR基因座在遵义汉族人群与内蒙地区汉族遗传多态性的差异。还观察了Huaxia PlatinumTMM Kit相对Identifiler?Pluss试剂盒新增位点的突变,并分析了遵义地区汉族人群中的稀有等位基因,并与其他人群的基因频率进行对比。方法:收集遵义医学院附属医院法医学鉴定中心20162017年检案中609无关健康个体的信息资料进行统计分析。案检中采集外周血,采用Huaxia PlatinumTMKit、直扩法进行复合多重PCR扩增,扩增产物用3500DX遗传分析仪进行毛细管电泳,GeneMapper?ID软件分析电泳结果。应用Power Statsv1.2软件对23个常染色体STR基因座的法医学遗传参数进行统计、计算。观察、分析人群中的突变和稀有等位基因情况,并用Identifiler?Plus或Goldeneye 20A试剂盒进行确证实验。结果:(1)对来自609个无关个体的23个常染色体STR基因座进行计算,可见等位基因频率范围为0.001到0.524,23个STR基因座等位基因频率均复合正态分布。(2)23个常染色体STR基因座等位基因频率在遵义地区汉族人群中的分布符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),其中,D5S818基因座经Bonferroni校正后达到Hardy-Weinberg平衡。(3)609个无关个体的23个常染色体STR基因座中共检测到272个等位基因和1022个基因型,MP值范围从0.014到0.212,PD值范围从0.788到0.986,PIC范围0.550到0.910,PE值范围为0.325到0.822,Ho值的范围为0.627到0.913,TPI为1.34到5.75,CPD为1-3.77696×10-28,CPE为0.999999999731265,表明所检测STR基因座位点多态性高,鉴别能力强。(4)与内蒙汉族人群比较,遵义地区汉族人群这23个常染色体STR基因座中等位基因数目最少的是TH01,但内蒙汉族还包括TPOX,而遵义地区汉族则另有D3S1358和D16S5392两个基因座等位基因数目也较少。(5)内蒙地区汉族上述23个STR基因座等位基因频率介于0.001到0.521之间,14个基因座的26个等位基因在本研究中未检测到,但在内蒙汉族人群中有分布,17个基因座的34个等位基因在内蒙汉族未检测到,而遵义汉族有分布,但基因频率正态分布情况相似。(6)在本研究涉及的328例三联体和159例二联体检案中,经2种试剂盒验证,共发现18例突变。在遵义汉族人群中首次发现1例三等位基因TPOX(8,9,11)、1例三步突变D13S317(8→11)和1例“off-ladder”等位基因,D21S11(OL=30.3)。结论:(1)Huaxia PlatinumTMM Kit所包含的23个常染色体STR基因座在遵义汉族人群中具有高度遗传多态性,等位基因频率分布达到Hardy-Weinberg平衡,适用于遵义汉族人群进行个体识别和亲子鉴定。(2)遵义地区与内蒙汉族人群上述23个STR基因座的等位基因及其频率分布具有较高的相似性,但也存在一定差异。(3)发现的稀有等位基因和罕见三部突变等丰富了遵义地区汉族人群的遗传信息数据。
张晓芳[7](2018)在《19个X-STR荧光检测体系的法医学验证及其多态性调查》文中研究表明研究背景自19世纪80年代末90年代初开始,STR分型技术逐渐被广泛应用于法医工作的个体识别和亲权鉴定实践中。作为第二代DNA遗传标记的短串联重复序列(short tandem repeat,STR)也以其在基因组中分布广泛、遗传多态性信息含量高、检测高效快速、数据分析简便以及标准化、自动化程度高等特点,被广泛应用在法医工作实践、目的基因检测及基因诊断、器官移植、动植物育种、基因定位、群体遗传研究、种群进化等实际应用和基础研究领域。与常染色体STR和Y染色体STR复合扩增体系在法医实践中的广泛应用相比,X染色体STR相关复合扩增体系的建立和商品试剂盒的开发一直处于缓慢发展阶段。而X染色体STR在复杂亲权关系和混合疑难检材鉴定实践中有着重要甚至不可替代的作用。目前国际上应用最广泛的是德国QIANGEN公司的ARGUS X12试剂盒。而本文选取的19个X-STR荧光检测体系(即AGCU X19荧光检测体系)较之有着更多的连锁群,更高的分辨率,本研究对该体系进行法医学验证,并收集国内河南汉族、浙江汉族、宁夏回族、新疆维吾尔族、西藏藏族、广西壮族、广西瑶族、广西仫佬族八个民族人群样本进行多态性调查,为法医实践和群体遗传研究提供基础数据。目的对 19 个 X-STR 基因座(DXS7423,DXS10148,DXS8378,DXS10162,DXS7132,DXS10079,DXS10103,DXS10101,HPTRB,DXS10074,DXS10135,DXS10159,DXS10164,DXS10075,DXS6809,DXS6789,DXS7424,DXS101,DXS10134)的复合扩增体系进行法医学应用验证,并针对国内河南汉族、浙江汉族、宁夏回族、新疆维吾尔族、西藏藏族、广西壮族、广西瑶族、广西仫佬族八个民族人群做群体多态性调查,为法医应用提供基础数据。应用X-STR基因座的等位基因分布,对不同地区的人群进行遗传距离计算,分析群体遗传距离,为群体遗传学、人类学、民族学、考古学、非物质文化遗产保护等领域提供重要的参考价值。方法依据 DNA 分析方法科学工作组(Scientific Working Group on DNA Analysis Methods,SWGDAM)验证指南,对19个X-STR荧光检测体系进行法医学验证。采集我国河南汉族、浙江汉族、新疆维吾尔族、西藏藏族、宁夏回族、广西壮族、广西瑶族、广西仫佬族八个民族共计2157份无关个体样本,使用19个X-STR荧光检测体系进行X染色体STR分型检测,计算各基因座等位基因分布、进行基因座独立性检验,统计遗传多态性、个体识别力、非父排除率等法医学参数,统计分析各人群之间遗传距离、亲缘关系和人群迁徙进化。结果体系验证可知,19个X-STR荧光检测体系的灵敏度为0.125ng,对0.0625ng模板量的样本能检出大部分的等位基因。对非人源DNA有无特异性扩增。对法医实践工作常见的抑制剂(300μmol/L血红素浓度、10 mmol/L靛蓝浓度、50μg/μ1腐殖酸浓度、2.5mmol/L的离子、400 μ mol/L血红蛋白浓度、1200 mMEDTA浓度)有较好的耐受性。等位基因片段迁移偏差小于0.2bp,低于遗传分析的0.5bp的分辨容忍度,分型准确。该检测体系在不同实验室不同仪器上对相同样本分型结果抑制,可重复性好。stutter比率低于150%,不影响正常分型,结果可靠。对大部分的常见日常案件检材均可得到完整分型。该体系对混合比例为1:1~1:9的混合样本分型可有效区分优劣势供体。体系PCR反应组分在0.75×~1.25×之间时,仍能得到完整分型,当一种组分降到0.5×时,会出现等位基因丢失,可知该体系对组分浓度变化的容忍尺度大,满足实际需要。PCR循环数梯度实验表明,循环数在28~30次之间,可得到完整分型,且荧光值随循环数的增加而增加,扩增均衡性较好。当循环数大于等于31次时,会出现个别等位基因的荧光渗透,但扩增均衡性仍较好。因此,实际应用时,可依据样本模板量在一定范围内调节PCR的循环次数。该体系在退火温度58℃~62℃之间均可得到可靠结果。60℃时产物片断荧光峰值和特异性最好。当该体系终延伸时间设置为30min时,可以最大程度的减小各等位基因A肩峰。综上所述,依据SWGDAM验证指南,19个X-STR荧光检测体系符合法医实践的要求。在群体多态性调查方面,19个X-STR基因座在国内河南汉族、新疆维吾尔族、西藏藏族、宁夏回族、广西壮族、广西瑶族、广西仫佬族八个民族共计2157份无关个体种检测出353个等位基因,等位基因频率范围在0.0013~0.7094之间,最高的是广西瑶族DXS10164的10等位基因;19个X-STR位点的遗传多态性信息含量在0.4106~0.9277之间。不同人群中处于连锁不平衡状态的配对基因座不同,可位于同一连锁簇、亦可位于不同连锁簇,且并非同一连锁簇内的配对基因座均处于连锁不平衡状态。因此,配对基因座连锁不平衡状态既与物理距离和遗传距离相关,又与群体遗传结构相关。19个X染色体STR基因座作为七个连锁簇联合应用时,该体系在把八个民族人群中的女性累积个体识别力均达到1.000 000 000 000 000,男性累积个体识别力在0.999 999 999 4022650.999 999 999 996 670 之间,累计三联体排除率在 0.999 999 999 1881440.999 999 999 995 949 之间,累计二联体排除率在 0.999 999 942 8634980.999 999 999 638 495之间,均有着较高的个体识别力和非父排除力可为法医实践提供有价值的信息。在本研究八个民族人群的遗传关系分析中,藏族、维吾尔族分为一支,与其他六个民与其他民族遗传关系较远。河南汉族、浙江汉族、宁夏回族、广西壮族、广西仫佬族遗传关系较近。广西三个民族与宁夏回族分于一支,但是广西瑶族与另外三个民族遗传关系较远,可能与采样地点偏远有关。同时,在与日本人、非洲黑人、欧洲高加索人的遗传关系分析中,可得出人种间的遗传关系差异。结论本研究选取的19个X-STR荧光检测体系有较好的灵敏度、种属特异性、混合样本检验能力,重复性、一致性好,分型准确。该体系在八个民族人群的累积个体识别力和非父排除率满足实际应用需要,可以为复杂亲权鉴定和混合样本检验提供有效技术手段。对八个民族人群进行多态新性调查,为法医学应用和群体遗传研究提供基础数据。
王亚丽[8](2017)在《华夏TM白金PCR扩增试剂盒的法医学验证及评估》文中研究指明目的:本文通过验证华夏TM白金PCR扩增试剂盒的各项性能指标,调查其所包含的23个常染色体STR基因座在中国华东地区汉族人群、宁夏地区回族人群以及内蒙古地区蒙古族人群中的遗传多态性;并且通过对中国华东地区汉族与国内外其他人群等位基因频率分布的比较以及与目前国内外常见的7种STR商业化试剂盒的比较,综合评估该试剂盒在法医遗传学中的应用价值。方法:依据中国国家标准(CNS)“法庭科学人类荧光标记STR复合扩增检测试剂质量认证标准”(GA/T815-2009)以及美国DNA分析方法科学工作组(Scientific Working Group on DNA Analysis Methods,SWGDAM)对试剂盒的确证指南,从灵敏度、稳定性、精确性及准确性、再现性及重复性、一致性、案件类型样本研究多个方面对华夏TM白金PCR扩增试剂盒进行验证。应用华夏TM白金PCR扩增试剂盒对650名健康无关个体(500名华东地区汉族、50名宁夏地区回族、100名内蒙古地区蒙古族)进行常染色体STR基因座分型检测,统计分析23个常染色体STR基因座的频率数据及群体遗传学参数。此外,通过已报道的文献资料,收集国内外不同群体的STR基因座频率分布数据,来比较华东地区汉族与国内外其他人群相同STR基因座的等位基因频率分布的差异。通过利用华夏TM白金PCR扩增试剂盒对华东地区汉族人群的检测数据与文献中已报道的7种商业化试剂盒的遗传参数信息进行比较,从而评估该试剂盒的法医学应用价值。结果:1、灵敏度:该试剂盒检测标准品007的灵敏度为0.125ng2ng。2、稳定性:在陈旧样本中,2007年和2015年采集的样本中,等位基因平均检出率分别为99.20%和81.41%。2009年、2010年和2014年采集的陈旧样本均获得完整且准确的分型结果。此外,无菌纱布上的血斑的等位基因平均检出率为99.4%,无菌滤纸片上的血斑的等位基因平均检出率为94.3%。3、精确性及准确性:对该试剂盒中的Allele ladder在3500XL型遗传分析仪中的16道毛细管上同时电泳,结果显示3倍标准差值均在0.20之内,其等位基因片段的平均标准差未超过0.15。此外,对100份血液样本进行电泳分型,共检测到4053个等位基因。结果显示每份样本中每个等位基因与其相应的Allelic ladder等位基因片段长度的差值均在±0.50之内,最大差值为﹣0.41(Penta E)。4、Stutter率计算:在Minus Stutter峰中,其滤过系数在4.09%(Penta D)到15.54%(D10S1043)之间。在Plus Stutter峰中,其滤过系数在4.20%(Penta D)到19.46%(D10S1043)之间。5、重复性:3种标准品(9947A、9948以及007)和2种类型的直扩样本(FTA卡上的血斑和唾液斑)在两个实验室不同的实验人员以及不同的实验仪器上得到完全一致和准确的STR分型结果。6、案件类型样本研究:使用华夏TM白金PCR扩增试剂盒以及ForeseeTM FID23 DNA身份鉴定系统(提取)对模拟案件类型的样本进行STR检测。结果显示两个试剂盒中相同STR基因座分型结果完全一致。7、人群研究:在中国华东地区汉族、宁夏回族以及内蒙古地区蒙古族人群中共检测到的等位基因数分别为282(N=500)、196(N=50)和229个(N=100)。经χ2检验,23个常染色体STR基因座均符合Hardy-Weinbeing平衡。在三个群体中,其个体识别率(DP)值分别在0.7960.986之间、0.7820.968之间以及0.7980.980之间。其多态信息含量(PIC)值分别在0.5590.914之间、0.5790.918之间以及0.5660.912之间。由于各STR基因座之间相互独立,经计算,三个群体的累计个体识别率(CDP)分别为1-4.1E-28、1-2.7E-25以及1-1.5E-26。此外,用Arlequin 3.5软件对中国华东地区汉族与其他不同群体之间等位基因频率进行比较,结果显示华东地区汉族与蒙古族、藏族、彝族和鄂温克族四个人群相同的STR基因座的基因型频率分布的无差异,与其他国内外不同人群的某些基因座上均存在差异。8、与7种常见的商业化STR检测试剂盒比较:华夏TM白金PCR扩增试剂盒含有的基因座个数最多(25个)、其等位基因分型标准品(Ladder)中的等位基因数最多,Sinofiler和Identifier试剂盒所含有基因座个数最少(16个)。华夏TM白金PCR扩增试剂盒(CDP:1-4.1E-28)的CDP值最高,国产试剂盒中,AGCU17+1试剂盒(CDP:1-4.9E-21)的CDP值较低,国外的Identifier(CDP:1-1.5E-17)、Sinofiler试剂盒(CDP:1-5.2E-19)的CDP值最低。结论:华夏TM白金PCR扩增试剂盒作为直接扩增的试剂盒,主要针对中国人群设计、其包含了FBI公布的最新的20个CODIS核心基因座以及中国公安部国家数据库常见的21个基因座。经验证,该试剂盒灵敏度高、重复性好、准确可靠、扩增流程简单快速,45分钟即可完成从免提取样本到扩增的全过程。此外,该试剂盒在中国汉族人群、回族人群以及蒙古族人群中具有良好的遗传多态性;与其他国内外常用的STR商业化检测试剂盒相比,该试剂盒可进一步提供更为丰富的遗传信息,具有更高的亲权鉴定和个体识别能力。总之,华夏TM白金PCR扩增试剂盒可以满足法医学实际应用的需求。
季晶焱[9](2017)在《贵州水族遗传标记多态性调查及族源探究》文中研究表明目的:1.评估CSF1PO、D3S1358、D5S818等22个基因座在贵州水族人群中作为法医学遗传标记的效能。调查DYS390,DYS391,DYS392等23个Y-STR基因座和线粒体DNA在贵州水族群里中的多态性。2.探究贵州水族族源以及与其他16个民族群体之间的遗传差异。方法:1.采集贵州水族无关个体血样400份,采用Chelex-100法提取血样DNA;2.用PowerPlex?Fusion,PowerPlex?Y23扩增体系进行22个常染色体和23个Y染色体的STR复合扩增,扩增产物用ABI 3500遗传分析仪进行毛细管电泳分离,使用Gene mapper ID-X1.3软件进行基因分型;3.对mt DNA进行PCR扩增,序列测定,拼接以及多态性命名;4.使用Powermarker,WinArl3.5,MAGE4.0等软件,统计各群体遗传多态性数据并对群体间遗传结构进行分析。结果:1.完成检测303个样本的22个常染色体基因座,共检出227个等位基因,各等位基因频率分布在0.00360.5324之间,22个STR基因座的杂合度(H)在0.59270.8907之间,多态信息含量(PIC)在0.53140.8819之间,个体识别能力(DP)0.76050.9778之间,非父排除概率(PE)在0.28220.7765之间,匹配概率(PM)在0.02220.2395之间。累积匹配概率(CPM)为3.4968×10-26,累积亲权指数(CPI)为3.4234×108,累积非父排除概率(CPE)为0.99999967585。2.完成检测200样本的Y-STR,共观察到了173个Y-STR单倍型,其中有154个独有单倍型,19个共享单倍型,Y染色体的单倍型差异度(HD)为0.9993;完成检测80个样本的mtDNA,总共观察到了75个mtDNA单倍型,其中有70个独有单倍型,5个共享单倍型。mt DNA基因座的单倍型差异度(HD)为0.9984;3.常染色体方面,贵州水族与广西汉族,广西壮族,广西瑶族之间的等位基因频率没有统计学意义,与其他民族的等位基因频率之间差异有统计学意义(P<0.05)。Y染色体贵州水族与其他民族的等位基因频率之间差异有统计学意义(P<0.05);4.常染色体STR的系统发生树显示16个民族主要分为两个主干,其中一个主干由云南壮族单独构成,另外一个主干由贵州水族与其余14个民族聚合构成。Y-STR的系统发生树显示11个民族主要分为两个主干,其中一个主干由广西瑶族单独构成,另外一个主干由贵州水族与其余9个民族聚合构成。结论:1.PowerPlex?Fusion,PowerPlex?Y23复合扩增体系均满足法医学检案的需要,可用于贵州水族群体个体识别和亲子鉴定;2.线粒体DNA在贵州水族人群中有一定多态性;3.对贵州水族的族源研究结果进一步支持了此前学者提出的“广东广西迁来说”,贵州水族与其他民族群体之间的遗传关系与其语系和语族,地理,历史资料基本吻合;4.研究结果将促进贵州水族的族源研究,同时丰富我国民族研究资料,为后续各民族群体族源的推断以及民族群体间遗传关系的研究提供信息。
杜蔚安[10](2017)在《33个基因座复合扩增体系的构建及其法医学应用研究》文中认为研究背景:当一个刑事案件或治安案件发生时,在法医物证检验中常染色体STR和Y染色体STR通常是分开两次检验的。然而,现有的STR分型技术因受到物证检材的状态、STR基因座复合扩增的个数、扩增体系耐受能力的大小等因素的影响,常染色体和Y染色体分开检验的常规方式因为对检测时间、模板状态等因素的硬性要求导致不能快速高效全面的提供DNA线索,从而可能导致失去有效侦查的最佳机会。此外,复杂的犯罪现场环境如高温、潮湿、微生物等因素可导致收集的现场物证常出现DNA降解、多个个体DNA混合、DNA极其微量等情况,使得常规检验不能获得良好的分型结果。现有的检测体系已无法满足日益增加的刑事案件对于法医DNA快速现场检验的要求,因此研发同时检测常染色体STR和Y染色体STR的复合扩增体系,是目前法医DNA检案的一种迫切需求。目的:构建18个常染色体STR、14个Y-STR和性别鉴定Amelogenin等33个基因座的荧光复合扩增体系,并对该体系进行系统效能验证和法医学参数评估,以期为法医物证检验提供一种更高通量、更稳定可靠的STR复合扩增和检测系统,从而满足公安系统实际检案中对于微量DNA、降解DNA、混合DNA等疑难检材的检测需求。方法:本研究利用高效的热启动Taq DNA聚合酶、多重复合扩增及六色荧光检测技术,在18个常染色体STR和1个性别鉴定基因座Amelogenin的基础上,加入14个Y-STR基因座,引入mini-STR引物设计,优化复合扩增反应体系和PCR反应程序,构建了 33个基因座的荧光复合扩增体系,并对该体系进行系统效能验证和法医学应用价值评估。结果与结论:本研究成功构建了 33个基因座的荧光复合扩增体系。该体系包含有13个mini-STR,灵敏度高,特异性好,重复性高,分型准确。该体系在广东汉族、广西壮族、广西瑶族和广西仡佬族四个群体中的累计匹配概率(CMP)分别为2.39×10-29、1.16×10-28、5.05×10-26 和 2.09×10-28,可为法医学应用提供可靠、稳定和高信息量的技术保障,特别是为公安系统微量、降解、混合等疑难现场检材DNA检验提供了一种新的高效的技术手段。意义:1、在一个反应体系中将常染色体STR和Y染色体STR两种遗传标记同时检测,可提高检验通量、减少检验时间和降低检验成本;2、在一个反应体系中同时检测常染色体STR基因座及更多高多态性的Y染色体STR基因座,既能根据Y染色体基因座信息进行嫌疑人的快速排查,又能根据常染色体基因座信息锁定嫌疑人;3、通过在常染色体STR基因座复合扩增体系加入14个Y-STR基因座,可更好的解决现场案件检材中混合样本的男性成分来源个体数量及分型问题;4、在反应体系中加入的Y-STR基因座可以很好的解决Amelogenin-Y等位基因缺失而造成的性别错判问题;5、通过引入mini-STR引物设计,并对PCR反应体系进行优化,可以提高荧光复合扩增体系的灵敏度以及对降解检材的检出成功率;6、该体系系统效能高,具有很好的兼容性和可靠性,可以为公安系统实际案件中DNA检验和数据库建设提供一种新的技术手段。
二、广西汉人D1S80基因座扩增片段长度多态性(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、广西汉人D1S80基因座扩增片段长度多态性(论文提纲范文)
(1)延边地区朝鲜族人群20个常染色体STR基因座的遗传多态性研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
英文缩略词注释表 |
第一章 前言 |
1.1 遗传标记在法医学中的应用及进展 |
1.2 常染色体STR基因座 |
1.3 DNA分型的研究与应用 |
1.4 PoWERPLEx21系统 |
1.5 研究目的与意义 |
第二章 材料与方法 |
2.1 材料 |
2.2 实验方法 |
第三章 结果 |
3.1 延边朝鲜族人群20个常染色体STR基因座等位基因频率分布 |
3.2 延边朝鲜族20个常染色体STR基因座基因型分布及H-W平衡检验 |
3.3 延边朝鲜族人群20个常染色体STR基因座的遗传学参数 |
3.4 延边朝鲜族和其他民族间的遗传比较 |
第四章 讨论 |
4.1 延边朝鲜族20个常染色体STR基因座的遗传多态性 |
4.2 延边朝鲜族人群与其他人群的遗传差异 |
第五章 结论 |
附表及附图 |
参考文献 |
致谢 |
(2)贵州北部四个民族19个X-STR基因座遗传多态性及群体遗传关系分析(论文提纲范文)
中英缩略词对照表 |
中文摘要 |
英文摘要 |
前言 |
1 材料与方法 |
2 结果 |
3 讨论 |
4 结论 |
参考文献 |
综述 |
参考文献 |
致谢 |
作者简介 |
附表 |
(3)海南长臂猿种群遗传多样性研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
第一章 前言 |
1.1 极危物种 |
1.2 海南长臂猿研究历史 |
1.3 非损伤性样品遗传多样性研究进展 |
1.4 本研究采取的研究方法 |
1.5 本研究的意义 |
1.6 本研究的内容、目标及解决的科学问题 |
1.7 本研究的特色与创新之处 |
1.8 研究地点概况 |
1.9 海南长臂猿遗传多样性研究面临的主要问题 |
第二章 样品采集工作 |
2.1 研究目的 |
2.2 粪便样品采集 |
2.3 血液样品采集 |
第三章 微卫星的遗传多样性 |
3.1 研究目的 |
3.2 研究材料及方法 |
3.3 PCR扩增 |
3.4 研究结果 |
第四章 线粒体D-Loop区的遗传多样性 |
4.1 研究目的 |
4.2 研究材料及方法 |
4.3 PCR扩增 |
4.4 研究结果 |
第五章 讨论 |
5.1 微卫星的遗传多样性研究结果讨论 |
5.2 线粒体D-loop区遗传多样性研究结果讨论 |
结论 |
参考文献 |
附录 |
攻读硕士学位期间取得的研究成果 |
致谢 |
(4)法医DNA分析的发展和常用STR试剂盒的调查(论文提纲范文)
1 法医DNA分析的发展及应用 |
2 STR在亲权鉴定上的应用 |
3 STR试剂盒的调查研究 |
(5)牡丹江地区汉族人群20个STR基因座遗传多态性研究(论文提纲范文)
摘要 |
英文摘要 |
1 引言 |
1.1 研究的目的和意义 |
1.2 黑龙江省牡丹江地区概况 |
1.2.1 黑龙江省牡丹江地区发展历程 |
1.2.2 牡丹江地区人口的变迁 |
1.2.3 牡丹江地区人口现状 |
1.3 STR作为遗传标记的发展 |
1.3.1 遗传标记的发展历程 |
1.3.2 STR基因座的特点 |
1.3.3 STR多态性产生机制 |
1.3.4 STR在疾病诊断和治疗中的应用 |
1.3.5 STR在法医学个体识别和亲权鉴定中的应用 |
2 材料与方法 |
2.1 实验样本的制备 |
2.2 实验材料制备 |
2.2.1 实验主要使用的设备和仪器 |
2.2.2 实验主要使用的试剂及耗材 |
2.3 实验方法 |
2.3.1 样本打孔 |
2.3.2 样本提取 |
2.3.3 样本扩增 |
2.3.4 样本电泳 |
2.3.5 数据分析 |
2.3.6 统计学分析 |
3 结果与分析 |
3.1 检验的20个常染色体STR基因座信息 |
3.2 检验20个基因座基因频率结果 |
3.3 检验20个基因座HWE分析结果 |
3.4 检验20个基因座杂合度(H)分析结果 |
3.5 检验20个基因座个体识别参数DP、Pm和PIC分析结果 |
3.6 检验20个基因座亲权参数PE、TPI、CPE分析结果 |
4 讨论 |
4.1 地区间等位基因型的差异 |
4.2 各基因座鉴别力的差异 |
4.3 试剂盒的应用 |
5 结论 |
致谢 |
参考文献 |
附录 |
攻读专业硕士学位期间发表的学术论文 |
(6)遵义地区汉族人群23个STR基因座多态性研究与突变分析(论文提纲范文)
中文摘要 |
英文摘要 |
前言 |
第一部分 23个STR基因座的遗传多态性 |
1.材料 |
2.实验方法 |
3.结果 |
第二部分 突变、三等位基因、OL等位基因的检测与确认 |
1 材料 |
2 实验方法 |
3 结果 |
4 讨论 |
5 结论 |
参考文献 |
综述 |
参考文献 |
致谢 |
作者简历 |
(7)19个X-STR荧光检测体系的法医学验证及其多态性调查(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
第一章 前言 |
1.1 法医物证学DNA遗传标记概述 |
1.2 人类X染色体STR概述 |
1.3 本研究思路 |
参考文献 |
第二章 19个X-STR荧光检测体系的法医学验证 |
2.1 材料与方法 |
2.2 结果与讨论 |
2.3 小结 |
参考文献 |
第三章 八个民族19个X-STR遗传多态性研究 |
3.1 材料与方法 |
3.2 结果与讨论 |
3.3 小结 |
参考文献 |
全文小结 |
英文缩略词对照表 |
攻读学位期间成果 |
致谢 |
(8)华夏TM白金PCR扩增试剂盒的法医学验证及评估(论文提纲范文)
中文摘要 |
英文摘要 |
前言 |
材料 |
实验方法 |
结果 |
讨论 |
结论 |
参考文献 |
综述 |
参考文献 |
缩略语表 |
攻读学位期间发表文章情况 |
个人简历 |
致谢 |
(9)贵州水族遗传标记多态性调查及族源探究(论文提纲范文)
中文摘要 |
英文摘要 |
略缩词表 |
0 引言 |
1 材料与方法 |
2 实验结果 |
3 讨论 |
4 结论 |
5 创新点 |
参考文献 |
综述 |
参考文献 |
作者简历 |
致谢 |
学位论文数据集 |
(10)33个基因座复合扩增体系的构建及其法医学应用研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
第一章 前言 |
1. STR多态性及其分型原理 |
1.1 STR概述 |
1.2 STR多态性原理 |
1.3 STR分类和命名 |
1.4 STR自动分型原理 |
2. Y-STR遗传标记研究进展 |
2.1 Y-STR概述 |
2.2 Y-STR法医学应用特点 |
3. NGS在法医物证中的应用 |
3.1 NGS概述 |
3.2 NGS测序原理 |
3.3 NGS的法医学应用 |
4. mini-STR的研究进展 |
4.1 mini-STR概述 |
4.2 mini-STR研究进展 |
4.3 mini-STR应用特点 |
5. 混合样本检测进展 |
5.1 混合斑概述 |
5.2 混合斑检测方法 |
5.3 混合斑检测遗传标记 |
6. 多态性STR基因座的选择 |
6.1 常染色体STR基因座的选择 |
6.2 Y-STR基因座的选择 |
7. 本研究技术路线和意义 |
8. 参考文献 |
第二章 33个基因座荧光复合扩增体系的构建 |
1. 材料与方法 |
1.1 主要仪器和设备 |
1.2 主要试剂 |
2. 引物的设计和选择 |
3. 复扩体系的构建 |
3.1. PCR体系的建立与完善 |
3.2. 引物体系的调整 |
3.3. HG19+14Y复合扩增体系构建过程中遇到的问题 |
4. 荧光分子量内标研制 |
4.1 荧光分子量内标引物设计 |
4.2 荧光分子量内标片段组配 |
4.3 荧光分子量内标准确度评价 |
4.4 荧光分子量内标迁移调整 |
5. 6Dye Matrix荧光标准品研制 |
5.1 6Dye Matrix标准品引物设计 |
5.2 6Dye Matrix标准品片段组配 |
5.3 建立6Dye Matrix文件 |
6. 等位基因分型标准品的研制 |
6.1 各基因座人群常见等位基因片段的扩增与纯化 |
6.2 目的等位基因的单克隆 |
6.3 等位基因的制备 |
6.4 HG19+14Y Allelic Ladder电泳评价 |
7. 分型软件编辑和导入 |
7.1 HG19+14Y的Panel和Bins文件编辑 |
7.2 HG19+14Y荧光检测试剂盒的Panel和Bins导入 |
8. 讨论 |
9. 参考文献 |
第三章 33个基因座荧光复合扩增体系的验证 |
1. 材料 |
1.1 主要实验仪器 |
1.2 主要实验试剂 |
1.3 实验样本 |
2. 实验方法 |
2.1 DNA提取 |
2.2 扩增 |
2.3 电泳 |
2.4 数据分析和统计 |
3. 结果与讨论 |
3.1 灵敏度实验 |
3.2 种属特异性实验 |
3.3 混合样本实验 |
3.4 抗抑制剂实验 |
3.5 案件样本平行实验 |
3.6 精确性实验 |
3.7 Stutter研究 |
3.8 重复性实验 |
3.9 PCR条件研究 |
4. 结论 |
5. 参考文献 |
第四章 33个基因座荧光复合扩增体系的法医学应用 |
1. 材料 |
1.1 主要实验仪器 |
1.2 主要实验试剂 |
1.3 实验样本 |
2. 实验方法 |
2.1 样本制备 |
2.2 PCR复合扩增 |
2.3 电泳 |
2.4 数据分析和统计 |
3. 实验结果 |
3.1 四个民族人群常染色体STR基因座等位基因频率分布研究 |
3.2 四个民族人群Y-STR基因座等位基因频率分布研究 |
3.3 法医统计学参数研究 |
4. 讨论 |
5. 参考文献 |
全文小结 |
附件 |
附件1、四个民族的等位基因频率 |
附件2、四个民族的Y-STR等位基因频率 |
英文缩略词注释 |
攻读博士学位期间科研成果 |
致谢 |
四、广西汉人D1S80基因座扩增片段长度多态性(论文参考文献)
- [1]延边地区朝鲜族人群20个常染色体STR基因座的遗传多态性研究[D]. 李雁达. 延边大学, 2020(05)
- [2]贵州北部四个民族19个X-STR基因座遗传多态性及群体遗传关系分析[D]. 高红艳. 遵义医科大学, 2020
- [3]海南长臂猿种群遗传多样性研究[D]. 韩玲. 贵州师范大学, 2019(03)
- [4]法医DNA分析的发展和常用STR试剂盒的调查[J]. 许泽辉,陈杏园,唐宁. 中国优生与遗传杂志, 2018(11)
- [5]牡丹江地区汉族人群20个STR基因座遗传多态性研究[D]. 杨亮. 东北农业大学, 2018(02)
- [6]遵义地区汉族人群23个STR基因座多态性研究与突变分析[D]. 周单华. 遵义医学院, 2018(11)
- [7]19个X-STR荧光检测体系的法医学验证及其多态性调查[D]. 张晓芳. 南方医科大学, 2018(01)
- [8]华夏TM白金PCR扩增试剂盒的法医学验证及评估[D]. 王亚丽. 内蒙古医科大学, 2017(03)
- [9]贵州水族遗传标记多态性调查及族源探究[D]. 季晶焱. 贵州医科大学, 2017(01)
- [10]33个基因座复合扩增体系的构建及其法医学应用研究[D]. 杜蔚安. 南方医科大学, 2017(10)