论文摘要
存储是地球科学类软件的重要组成部分,周期性输出中间态和检查点会带来大量的访存操作,不恰当的访存设计会严重影响软件在大规模计算时的性能表现.针对地球科学类软件的存储问题,从软件层面提出一个重叠存储优化方法,通过设置额外的I/O进程隐藏输出过程.该重叠存储优化主要有3个优势:1)将输出和计算操作重叠在一起,实现了输出的重叠化和隐藏化;2)抑制了收集通信的开销,突破了收集操作的通信带宽瓶颈和内存限制;3)能容易地使用各种高级并行输出库函数.利用重叠存储优化了天河二号上的WRF,ROMS_AGRIF,GRAPES,并完成了性能测试.结果表明:经过存储优化后,程序的峰值性能都获得了显著的提升.还讨论了在固定总进程数下,计算进程和I/O进程数的最佳比例是多少.优化后的程序与原版相比,模式专家只需要在配置文件额外设置2个新变量即可使用,十分易于学习.
论文目录
文章来源
类型: 期刊论文
作者: 陈璟锟,杜云飞
关键词: 重叠存储,进程,进程分布,地球科学模拟,大规模并行应用
来源: 计算机研究与发展 2019年04期
年度: 2019
分类: 信息科技,基础科学,工程科技Ⅰ辑
专业: 地质学,矿业工程
单位: 国家超级计算广州中心(中山大学)
基金: 国家重点研发计划项目(2016YFB0201401)~~
分类号: P628
页码: 790-797
总页数: 8
文件大小: 1940K
下载量: 54
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