苋菜AmMYB2基因密码子偏好性与进化分析

论文摘要

为了解苋菜AmMYB2基因的密码子使用偏好性、与不同物种中调控色素相关的R2R3-MYB基因的同源关系及异源表达受体,利用Codon W与EMBOSS程序及Excel、SPSS、Origin等软件,分析苋菜与其他物种中调控色素代谢的R2R3-MYB基因的密码子使用偏好性,比较苋菜AmMYB2基因与模式生物的密码子使用频率.结果显示:苋菜AmMYB2基因中,所有密码子的GC、GC1、GC2、GC3含量均低于50%,偏好性较强的密码子有17个（RSCU> 1）,偏好性最强的有7个（RSCU> 2）,其中以A/T结尾的密码子有19个,表明苋菜AmMYB2基因的密码子偏好以A/T结尾,一些氨基酸对密码子的使用具有较强的偏好性;苋菜AmMYB2基因密码子的有效密码子数（Effective number of codons,ENC）值为49.63,苋菜AmMYB2基因的密码子在ENC绘图中的基因位点更接近期望曲线,说明在进化过程中苋菜AmMYB2基因的密码子偏好性受突变压力的影响较大;苋菜基因与甜菜色素代谢相关的R2R3-MYB基因的密码子使用偏好性参数相近,同源关系较近物种密码子使用偏好性具有相似性;从密码子使用频率上分析得出,酵母菌表达系统更适合苋菜AmMYB2基因的异源表达,模式植物拟南芥、烟草、番茄均可作为苋菜AmMYB2基因的遗传转化受体,同苋菜代谢途径相似的甜菜也可以作为苋菜AmMYB2基因的瞬时表达受体.本研究可为苋菜AmMYB2基因功能的进一步研究提供重要参考.（图5表2参31）

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 序列数据来源
•   1.2 数据统计分析
• 2 结果与分析
•   2.1 苋菜AmMYB2基因的密码子使用偏好性分析
•     2.1.1 GC含量及有效密码子数分析
•     2.1.2 苋菜AmMYB2基因同义密码子的相对使用度
•   2.2 不同物种间R2R3-MYB相关基因密码子使用偏好性比较
•     2.2.1 密码子偏好性相关参数的比较
•     2.2.2 基因CDS序列及RSCU值的相关聚类分析
•     2.2.3 R2R3-MYB相关基因中性图的绘制
•     2.2.4 R2R3-MYB相关基因ENC绘图分析
•   2.3 苋菜AmMYB2基因受体系统的选择
• 3 讨论与结论
•   3.1 苋菜AmMYB2密码子偏好性的分析
•   3.2 苋菜AmMYB2的同源比较
•   3.3 苋菜AmMYB2异源表达和遗传转化受体系统的选择

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 彭丽云,王云,孙雪丽,赵春丽,王晓,赖钟雄,刘生财

关键词: 苋菜,基因,密码子偏好性,进化分析

来源: 应用与环境生物学报 2019年03期

年度: 2019

分类: 基础科学,工程科技Ⅰ辑,农业科技

专业: 生物学,园艺

单位: 福建农林大学园艺植物生物工程研究所

基金: 福建省自然科学基金项目(2018J01700),福建农林大学科技创新专项基金(CXZX2017174)资助~~

分类号: Q943.2;S636.4

DOI: 10.19675/j.cnki.1006-687x.2018.09020

页码: 679-686

总页数: 8

文件大小: 1487K

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