乳头状肾细胞癌差异表达基因和通路生物信息学分析

论文摘要

目的探讨生物信息学分析对乳头状肾细胞癌(PRCC)差异表达基因和通路的意义。方法分析癌症基因组图谱(TCGA)数据库中PRCC的RNA测序数据,应用生物信息学分析筛选差异表达基因,并对候选基因依据功能和信号通路进行富集分析。结果分析TCGA中PRCC和癌旁正常组织的RNA测序数据,筛选4 639个差异表达的基因。对筛选差异表达基因进行基因本体及代谢通路富集分析后得到818个基因本体术语(GO terms)和110条信号通路术语(pathway terms)。结论运用edgeR包以及基因本体及信号通路分析,筛选了PRCC与癌旁正常组织差异表达基因及富集的信号通路。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 实验样本信息收集
•   1.2 筛选PRCC中异常表达的mRNAs
•   1.3 基因本体分析和富集途径分析
•   1.4 基因集富集分析
•   1.5 统计学处理
• 2 结 果
•   2.1 癌与癌旁配对样本差异表达的mRNA
•   2.2 差异表达基因的基因本体分析
•   2.3 信号通路富集分析
•   2.4 基因集富集分析
• 3 讨 论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 崔嘉晗,赵明,牛海涛,王新生

关键词: 肾细胞,基因本体,信号通路,遗传关联研究,计算生物学

来源: 青岛大学学报(医学版) 2019年04期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,泌尿科学,肿瘤学

单位: 青岛大学附属医院泌尿外科

基金: 国家自然科学基金面上项目(81772713)

分类号: R737.11;Q811.4

页码: 402-405+410

总页数: 5

文件大小: 1181K

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