导读:本文包含了蛋白序列基序论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:蛋白,基因,门控,序列,电压,核蛋白,序论。
蛋白序列基序论文文献综述
辛高伟,胡熙璕,王克剑,王兴春[1]（2018）在《Cas9蛋白变体VQR高效识别水稻NGAC前间区序列邻近基序》一文中研究指出成簇的规律间隔短回文重复序列及CRISPR相关蛋白(clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated9,CRISPR/Cas9)系统是近年来发展起来并被广泛应用的第叁代基因组编辑工具。但是,该系统的酿脓链球菌Cas9(Streptococcus pyogenes, SpCas9)仅能识别NGG前间区序列邻近基序(protospacer adjacent motif, PAM),极大地限制了基因组编辑的范围。SpCas9变体VQR(D1135V/R1335Q/T1337R)在水稻中可识别NGAA、NGAG和NGAT PAM,但尚不清楚是否能识别NGAC PAM。本研究利用改进后的CRISPR/VQR系统对水稻中3个相对低效的VQR靶位点NAL1-Q1、NAL1-Q2和LPA1-Q进行了编辑,结果表明改进后的CRISPR/VQR系统可以高效编辑这3个靶位点,编辑效率分别为9.75%、43.90%和29.26%。为了明确改进后的CRISPR/VQR系统对NGAC PAM的识别情况,本研究选择水稻叶片宽度调控基因NARROW LEAF 1 (NAL1)中的NAL-C位点和蜡质合成基因GLOSSY1(GL1)中的GL1-C位点进行基因编辑,并获得57株转基因水稻。靶位点PCR扩增及测序结果表明,NAL1-C和GL1-C靶标位点突变的植株分别为27株和44株,突变率分别为47.36%和77.19%;其中NAL1-C/GL1-C双突变植株为26株,双突变率为45.61%。进一步分析表明,CRISPR/VQR系统造成的突变有4种类型,分别为杂合突变、双等位突变、嵌合体突变和纯合突变,其中以杂合突变和双等位突变为主。这些结果表明,改进的CRISPR/VQR系统可以高效编辑水稻NGAC PAM位点,并产生丰富的突变类型。本研究为水稻及其他植物相关基因NGAC PAM位点的编辑提供了理论依据。(本文来源于《遗传》期刊2018年12期）
辛高伟[2]（2018）在《Cas9蛋白变体VQR识别NGAC前间区序列邻近基序的研究》一文中研究指出成簇的规律间隔的短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats)/CRISPR 相关蛋白 9(CRISPR-associated protein 9,Cas9)系统作为第叁代基因组编辑技术,能在多个物种中发挥基因编辑作用。CRISPR-Cas9在进行基因编辑过程中除了需要单链引导RNA(single guide RNA,sgRNA)与基因组上的靶序列碱基互补配对外,还需要基因组上的靶序列附近必须存在几个称之为为前间区序列邻近基序(Protospacer adjacent motif,PAM)特异碱基。广泛应用的酿脓链球菌(Streptococcus pyogenes)SpCas9识别PAM主要为NGG,这限制了基因组编辑范围。前期工作表明SpCas9 变体 VQR(D1135V/R1335Q/T1337R)在水稻(Oryza sativa)中识别 NGAT、NGAA和NGAG叁种PAM,但仍不确定是否可以识别NGAC PAM。在本研究中,选取原始CRISPR-VQR系统基因编辑效率较低的基因外显子上的靶标位点,采用改进后的CRISPR-VQR系统构建相应的基因编辑载体用以敲除上述靶标位点序列。结果表明,与原始CRISPR-VQR系统相比,改进后的CRISPR-VQR系统对上述基因外显子编辑能力得到显着提高。在此基础上,使用改进后的CRISPR-VQR系统构建基因编辑载体成功在水稻中敲除含有PAM为NGAC的靶位点,得到57株转基因植株,测序结果表明VQR可以高效识别NGAC PAM靶序列,进一步补充了 VQR在基因组中的编辑范围。突变位点分析结果表明,基因突变类型以杂合突变和双等位突变为主。为了评估SpCas9对NGA PAM类型靶标位点的编辑能力,选取了上述VQR敲除PAM类型为NGAC的靶标位点用SpCas9进行基因编辑,成功构建了 SpCas9敲除NGAC的靶标位点的基因编辑载体,采用农杆菌侵染法将载体质粒转入水稻内,通过潮霉素筛选获得转基因愈伤组织,提取转基因愈伤组织DNA,对靶标位点进行测序,结果表明SpCas9对NGAC PAM类型靶标位点的的编辑能力相对较低。这些结果表明,改进的CRISPR-VQR系统可以高效编辑水稻NGACPAM位点,并产生丰富的突变类型。本研究不仅为水稻基因NGAC PAM序列的编辑奠定了基础,而且也为其他植物相关位点编辑提供了重要的参考。(本文来源于《山西农业大学》期刊2018-06-01）
王昌河,谢振丽,吕建伟,于志丹,邵淑丽[3]（2012）在《电压感受蛋白的保守基序及其序列分析》一文中研究指出本文旨在研究电压感受蛋白(voltage sensing proteins, VSPs)的保守基序、分析其序列特点并组建其电压感受模型。在UniProt数据库中的检索结果显示,现有的VSPs主要为电压门控型离子通道及电压依赖性磷酸激酶,其共同特点是均含有一个4次跨膜区,分别称为S1～S4 (Segment 1-4)。S1区主要负责其上膜与转运,S2～S4区是其感知膜电位变化的核心。profile-to-profile序列比对结果表明VSPs各跨膜区的保守基序非常相似,尤其是S4跨膜区均含基序[RK]-X(2)-R-X(2)-R-X(2)-[RK],其特点是带正电荷的精氨酸残基(R)与两个疏水性或不带电荷的氨基酸残基交替排列,这是VSPs感知膜电位变化的核心区域。同时,四个跨膜区内均含大量具有较高α-螺旋结构形成倾向性的疏水性氨基酸残基,这可能是VSPs(尤其是带有大量正电荷的S4区域)能在胞膜上稳定存在的主要原因。此外,S3区内带负电荷的天冬氨酸残基(D)的保守性对VSPs感知膜电位变化具有重要意义,天冬氨酸残基与S4区的静电作用还可增加S4区在膜上的稳定性。(本文来源于《生理学报》期刊2012年04期）
汪剑霞[4]（2005）在《桑蚕丝丝心蛋白结晶域SFX序列替代人α-synuclein蛋白GAV基序的初步研究》一文中研究指出桑蚕 Bombyx mori 丝丝心蛋白(silk fibroin)结晶域与人类帕金森综合症的致病蛋白α-突触核蛋白(α-synuclein,简称α-Syn)的积聚原理类似,由一段非常疏水的氨基酸组成的保守序列和一些无规卷曲在一定条件下发生整体的结构转换而导致纤维化所致。研究发现在这两种蛋白中存在的疏水片段是形成β折叠的关键。在体外试验中已经证明α-Syn 蛋白很容易积聚成纤维物,并且其中的66VGGAVVTGV74 序列对其积聚起决定性作用。为了进一步确证这一观点,前人通过基因重组的方法单独表达了α-Syn65(α-Syn 蛋白 N-末端氨基酸残基 1-65)和α-Syn74(α-Syn 蛋白 N-末端氨基酸残基 1-74)蛋白片段并研究其积聚行为,结果表明蛋白质中的局部区域对其整体的积聚行为有调节作用。GAV 基序需要存在于具有无规卷曲的结构的宿主蛋白中才能引发其整体的结构转换,并发生纤维化。α-突触核蛋白的片段为“66VGGAVVTGV74”(简称 GAV 基序)。该基序由 Gly,Ala, Val 叁种氨基酸残基组成,它们在蛋白质的积聚过程中可能起到不同的作用。Gly 最具柔性,有助于序列在溶液中保持无规卷曲状态;Ala 可以诱导形成蛋白质二级结构;而疏水性的 Val 具有很强的形成β-折迭的趋向。在蚕丝丝心蛋白结晶区中含有大量疏水性的、保守性很强的重复序列, 它们主要由 Gly,Ala 和 Val 组成。丝心蛋白结晶域的几段重复片段为 “VGYGAGV” 、“VGAGYGV”、“YGAGVGAGY” 、“GAGAGSGAGA” 和“VGAGYGAGAG”(以上简称 SFX)。而 SFX 是构成β片层的重要成分。桑蚕丝心蛋白由无规卷曲向β折叠的转变及积聚过程中及蚕吐丝过程存在着成核依赖型的机理。由于α-Syn74积聚比α-Syn 更快,过程更典型,为了便于构建质粒,研究α-Syn 蛋白的积聚核心在被其它积聚核心所替换后是否还可以正常纤维化,我们用桑蚕丝丝心蛋白的重复片段替换α-Syn74的核心。利用 pET 载体系列的通用引物 T7 promoter prime和与基因序列特异性结合的引物进行 PCR 反应,然后通过基因上的 Nde I 和BamH I 酶切位点直接双酶切后,将产物插入到 pET-3a 表达载体上。对α-Syn74的 GAV 基序用 SFX 替换,构建出α-Syn74SFX。将α-Syn74SFX 依次用离子交换柱和 FPLC 分子筛柱进行纯化,温育 6 天后,用 THT 荧光和原子力显微镜(atomicforce microscope)检测该重组蛋白的结构,发现α-Syn74SFX 不能纤维化,这说明人α-Syn 蛋白的 GAV 基序在功能上不能被桑蚕 silk fibroin 的 SFX 序列替代,成为证明GAV基序对人α-Syn蛋白的特异积聚行为起重要作用的又一有力证据,为蛋白质淀粉样化的分子机制研究提供了借鉴,也对人工丝蛋白的研究具有指导意义。(本文来源于《安徽农业大学》期刊2005-06-01）
孙喜元,余龙,吴国俊,范玉新,郑其平[5]（1998）在《利用锌指基序的保守性从人脑组织分离新的C_2H_2型锌指蛋白基因表达序列》一文中研究指出本文利用锌指基序的保守性设计引物,在低严谨条件下扩增人基因组总DNA,获得8个长度呈梯度的PCR扩增产物电泳条带。取其中第2和第3电泳条带,回收DNA片段并将它们克隆,经测序和查新比较,共获得60个含有锌指蛋白基因基序的单一的序列,其中23个为新的锌指蛋白基因DNA片段。以它们为探针,杂交筛选人脑组织cDNA文库,得到初筛cD-NA克隆44个。对其中28个初筛cDNA克隆进行复筛之后,得到20个cDNA单克隆。对这些阳性克隆进行测序,读出18个含有锌指蛋白基因基序的序列,国际联网查新之后,证明其中16个是新的锌指蛋白基因片段。这些新的锌指蛋白基因片段为今后克隆有意义的全长锌指蛋白cDNA提供了重要的实验材料。(本文来源于《实验生物学报》期刊1998年04期）
蛋白序列基序论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
成簇的规律间隔的短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats)/CRISPR 相关蛋白 9(CRISPR-associated protein 9,Cas9)系统作为第叁代基因组编辑技术,能在多个物种中发挥基因编辑作用。CRISPR-Cas9在进行基因编辑过程中除了需要单链引导RNA(single guide RNA,sgRNA)与基因组上的靶序列碱基互补配对外,还需要基因组上的靶序列附近必须存在几个称之为为前间区序列邻近基序(Protospacer adjacent motif,PAM)特异碱基。广泛应用的酿脓链球菌(Streptococcus pyogenes)SpCas9识别PAM主要为NGG,这限制了基因组编辑范围。前期工作表明SpCas9 变体 VQR(D1135V/R1335Q/T1337R)在水稻(Oryza sativa)中识别 NGAT、NGAA和NGAG叁种PAM,但仍不确定是否可以识别NGAC PAM。在本研究中,选取原始CRISPR-VQR系统基因编辑效率较低的基因外显子上的靶标位点,采用改进后的CRISPR-VQR系统构建相应的基因编辑载体用以敲除上述靶标位点序列。结果表明,与原始CRISPR-VQR系统相比,改进后的CRISPR-VQR系统对上述基因外显子编辑能力得到显着提高。在此基础上,使用改进后的CRISPR-VQR系统构建基因编辑载体成功在水稻中敲除含有PAM为NGAC的靶位点,得到57株转基因植株,测序结果表明VQR可以高效识别NGAC PAM靶序列,进一步补充了 VQR在基因组中的编辑范围。突变位点分析结果表明,基因突变类型以杂合突变和双等位突变为主。为了评估SpCas9对NGA PAM类型靶标位点的编辑能力,选取了上述VQR敲除PAM类型为NGAC的靶标位点用SpCas9进行基因编辑,成功构建了 SpCas9敲除NGAC的靶标位点的基因编辑载体,采用农杆菌侵染法将载体质粒转入水稻内,通过潮霉素筛选获得转基因愈伤组织,提取转基因愈伤组织DNA,对靶标位点进行测序,结果表明SpCas9对NGAC PAM类型靶标位点的的编辑能力相对较低。这些结果表明,改进的CRISPR-VQR系统可以高效编辑水稻NGACPAM位点,并产生丰富的突变类型。本研究不仅为水稻基因NGAC PAM序列的编辑奠定了基础,而且也为其他植物相关位点编辑提供了重要的参考。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
蛋白序列基序论文参考文献
[1].辛高伟,胡熙璕,王克剑,王兴春.Cas9蛋白变体VQR高效识别水稻NGAC前间区序列邻近基序[J].遗传.2018
[2].辛高伟.Cas9蛋白变体VQR识别NGAC前间区序列邻近基序的研究[D].山西农业大学.2018
[3].王昌河,谢振丽,吕建伟,于志丹,邵淑丽.电压感受蛋白的保守基序及其序列分析[J].生理学报.2012
[4].汪剑霞.桑蚕丝丝心蛋白结晶域SFX序列替代人α-synuclein蛋白GAV基序的初步研究[D].安徽农业大学.2005
[5].孙喜元,余龙,吴国俊,范玉新,郑其平.利用锌指基序的保守性从人脑组织分离新的C_2H_2型锌指蛋白基因表达序列[J].实验生物学报.1998
论文知识图
