miR-194-5p靶基因预测及信号通路的生物信息学分析

论文摘要

目的应用生物信息学分析miR-194-5p序列,预测其潜在的靶基因及信号通路。方法通过PubMed、NCBI、UCSC等在线数据库查找miR-194-5p碱基序列,借助miRanda、TargetScan和miRDB预测miR-194-5p作用靶点,应用STRING平台和Cytoscape 3.7.0软件构建蛋白互作网络图,运用David在线数据库进行GeneOntology（GO）分析和KEGG信号转导通路富集分析。结果已知的成熟miR-194-5p序列在不同物种间高度保守。蛋白质互作分析显示,miR-194-5p预测的靶基因所编码蛋白质间存在复杂的相互作用,尤其是靶基因HIST1H2BD、CASK、CHD4、CUL4B、DYRK1A等编码的蛋白质起关键作用。GO分析发现其靶基因参与Golgi组织、伤口愈合、细胞对DNA损伤刺激的反应等生物学过程,KEGG分析显示富集在泛素介导的蛋白水解信号通路。结论分析结果初步提示miR-194-5p通过调控靶基因广泛参与多种重要的生物学过程,为后期开展miR-194-5p实验研究提供新的思路与线索。

论文目录

0 引言

1 材料与方法

1.1 miR-194-5p基本信息查找

1.2 miR-194-5p靶基因预测

1.3 PPI网络构建

1.4 GO和KEGG分析

2 结果与分析

2.1 miR-194-5p参与的疾病

2.2 miR-194-5p定位及序列保守性分析

2.3 miR-194-5p的靶基因预测

2.4 靶基因编码蛋白质间的相互作用预测

2.5 靶基因GO分析

2.6 靶基因KEGG分析

3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 谢香莲,涂兴明,汪悦东,朱根福

关键词: 生物信息学,靶基因,信号通路

来源: 世界最新医学信息文摘 2019年59期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学

单位: 广州市荔湾区海龙街社区卫生服务中心,广州中医药大学第三附属医院

基金: 广州市海珠区科技计划项目,项目编号:海科工商信计2018-96

分类号: Q811.4

DOI: 10.19613/j.cnki.1671-3141.2019.59.008

页码: 20-22

总页数: 3

文件大小: 3241K

下载量: 175

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标签：生物信息学论文; 靶基因论文; 信号通路论文;

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