毛木耳rDNA序列结构及IGS鉴别菌种初探

论文摘要

rDNA序列中的ITS作为DNAbarcode广泛应用于真菌的系统发育与物种辅助鉴定,IGS被认为可以用于种内水平不同菌株的鉴别。有关食用菌rDNA序列的报道较少。本研究对毛木耳Auricularia cornea单核菌株B02进行三代测序与组装,然后用二代测序数据进行校正,得到一个组装效果较好的基因组序列。比对Fibroporia vaillantiir的rDNA序列获得毛木耳rDNA重复单元的完整序列,每个重复单元包含ETS、18S rDNA、ITS1、5.8S rDNA、ITS2、28S rDNA、IGS1、5S rDNA和IGS2,长度分别为398bp、1 790bp、156bp、156bp、206bp、3 432bp、2 247bp、121bp和2 135bp,总长度10 641bp,毛木耳rDNA有310个串联重复单元,转录组和系统发育分析均支持这一结果。与其他已报道的食用菌不同,毛木耳的IGS1、IGS2序列高度保守,其中IGS1的1 400–2 200bp区域在各拷贝之间没有多态性、而在品种之间有较高频率的SNP,这一片段序列有望用于品种鉴别研究。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 供试菌株
•   1.2 DNA提取
•   1.3 基因组测序与组装
•   1.4 rDNA序列结构分析
•   1.5 各rDNA重复单元的多态性分析
•   1.6 rDNA系统发育分析
•   1.7 rDNA拷贝间的多态性分析
•   1.8 不同菌株的IGS多态性检测
• 2 结果与分析
•   2.1 毛木耳基因组
•   2.2 毛木耳rDNA的结构序列
•   2.3 毛木耳系统发育分析
•   2.4 毛木耳rDNA各拷贝之间的多态性分析
•   2.5 品种间IGS1片段多态性分析
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 李冰玉,邓优锦,黄蓉梅,赵琛,文志华,徐伟南,谢宝贵

关键词: 三代测序,转录组,基因间隔区,品种鉴别

来源: 菌物学报 2019年12期

年度: 2019

分类: 基础科学,农业科技

专业: 园艺

单位: 福建农林大学菌物研究中心

基金: 国家现代食用菌产业技术体系(CARS20)~~

分类号: S646.6

DOI: 10.13346/j.mycosystema.190320

页码: 2214-2220

总页数: 7

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