柯萨奇病毒B5基因组进化存在结构蛋白编码区VP4的重组

论文摘要

目的重组是肠道病毒进化的重要机制,大多数重组事件发生在包括P2和P3的肠道病毒的非编码区中,但是在埃可病毒30株中首次发现了作为蛋白质编码区的VP4区域中的重组,本研究旨在探讨柯萨奇病毒B5（CVB5）中是否存在类似的重组事件。方法从GenBank中检索CVB5的核苷酸序列,分别在5′UTR和VP1区域中进行系统发育分析。此外,跨越5′UTR-VP4-5′VP2的部分基因组用于检测重组并使用序列相似性作图（Similarity plot）来分析重组体。结果 5′UTR和VP1系统发育树显示5′UTR和VP1之间有4个病毒株位于不同簇中,表明这些病毒株中存在重组事件。Similarity plot分析表明,CVB5AY875692的5′UTR-VP4-5′VP2区域存在交叉,序列分析证明VP4区域存在重组位点。结论 CVB5在VP4区域具有重组事件,表明结构蛋白编码区亦可作为CVB5重组的候选基因位点。

论文目录

• 1 资料与方法
•   1.1 一般资料
•   1.2 方法
•     1.2.1 5′UTR与VP1进化分析
•     1.2.2 基因重组的检测
•     1.2.3 基因重组的分析
• 2 结果
•   2.1 VP1进化分析
•   2.2 5′UTR进化分析
•   2.3 基因重组检测
•   2.4 基因重组分析
• 3 讨论
• 4 结论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 答嵘,王伟

关键词: 柯萨奇病毒,基因重组,系统发育分析

来源: 国际检验医学杂志 2019年23期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,基础医学

单位: 西安交通大学第一附属医院检验科,西安交通大学第一附属医院神经外科

基金: 陕西省自然科学基础研究计划项目一般项目（面上）（2019JM-445）,西安交通大学第一附属医院新医疗新技术项目（XJYFY-2016j5）

分类号: R373

页码: 2817-2821

总页数: 5

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